生物信息与育种

2020年2月23日

摘要： 1.生存曲线基础包survival+扩展包survminer。 survival包内置肺癌数据集lung。生存曲线进一步修饰。其他类型生存曲线绘制。 fun参数默认pct (survival probability in percentage)，即累计生存率，此外fun还可设为cumhaz（c 阅读全文

posted @ 2020-02-23 21:11 生物信息与育种阅读(4863) 评论(0) 推荐(0)

R语言与医学统计图形-【32】海盗图、词云图、日历图

摘要： 1.海盗图参数众多，其语法与基础包类似。基础图。散点图展示年龄分布，盒形图展示平均年龄，beans展示年龄大致分布，越胖越集中。不同主题的海盗图。设置透明度。自定义坐标轴。 2.词云图 3.日历图可展示随时间的变化。如一年中每一天的大气污染物数据。只展示前3个月的数据。从上看出计阅读全文

posted @ 2020-02-23 21:10 生物信息与育种阅读(1587) 评论(0) 推荐(0)

R语言与医学统计图形-【31】动态交互绘图

摘要： 1.plotly包动态散点图其他动态图 2. recharts包接近基础绘图语法。散点图其他动态图 3. rChart包语法近似于lattice绘图系统。在R中实现Polychart、Morris、NVD3等多个js绘图库。 "https://github.com/ramnathv/rC 阅读全文

posted @ 2020-02-23 21:08 生物信息与育种阅读(1190) 评论(0) 推荐(0)

2020年2月14日

Linux非root安装Python3以及解决SSL问题

摘要：说明接上一篇。 "【Linux】非root安装Python3及其包管理" 上一篇虽然成功安装了Python3及一些常用的模块，但因为一直装不上SSL模块，导致一些包无法安装，尝试了不少方法都失败了（网上好多教程都是错误的，或者是只针对有root权限的用户）。这次重新编译Python3，并一次性解决阅读全文

posted @ 2020-02-14 16:25 生物信息与育种阅读(2440) 评论(1) 推荐(1)

【Linux】非root安装Python3及其包管理

摘要： 1. Python 3.8.1安装源码安装常规操作： make后没报错，但出现了如下提示：下载libssl（替代openssl） "https://ftp.openbsd.org/pub/OpenBSD/LibreSSL/" 源码编译安装成功。我想指定libssl来编译python3，做了如下尝阅读全文

posted @ 2020-02-14 16:23 生物信息与育种阅读(2456) 评论(0) 推荐(0)

Pycharm的简单配置和使用

摘要：外观 Ctrl+滚轮改变字体大小：file -> Setting ->Editor-〉General -> Mouse；字体、颜色：file->settings->Editor；主题：file->settings->Editor->appearance->theme 注释颜色：File-->Se 阅读全文

posted @ 2020-02-14 16:20 生物信息与育种阅读(880) 评论(0) 推荐(0)

R语言与医学统计图形-【28】ggplot2扩展包ggrepel、ggsci、gganimate、ggpubr

摘要： ggplot2绘图系统——扩展包ggrepel、ggsci、gganimate、ggpubr等部分扩展包可在CRAN直接下载，有些需借助devtools包从Github下载。 1. ggrepel包用来在图上添加文字和标签，相比geom_text和geom_label函数，能将重叠的标签分开，并阅读全文

posted @ 2020-02-14 16:17 生物信息与育种阅读(2532) 评论(0) 推荐(0)

R语言与医学统计图形-【29】地图的绘制

摘要： R绘制地图原理： R使用一个个多边形（polygon）来表示每个区域，通过顺次连接GIS数据提供的每个区域多边形的坐标来逐点绘制这些多边形，所以理论上只要得到GIS数据就可绘制相应的地图。地图绘制说明：必须使用完整的中国地图（包含台湾及南海九段线）； R中大部分包对于中国地图支持不佳，论文发表中阅读全文

posted @ 2020-02-14 16:16 生物信息与育种阅读(1572) 评论(0) 推荐(0)

R语言与医学统计图形-【30】流行病学数据可视化

摘要： sjPlot包适用于社会科学、流行病学中调查数据可视化，且能和SPSS数据无缝对接（流行病学问卷调查录入Epidata软件后，都会转成SPSS格式或EXCEL格式保存）。辅助包sjmisc进行数据转换，配合sjPlot一起使用。 1.频数分布直方图 2.分组频数图 3.横向堆栈条图调查问卷可视阅读全文

posted @ 2020-02-14 16:15 生物信息与育种阅读(1337) 评论(0) 推荐(0)

R语言与医学统计图形-【27】ggplot2图形组合、字体、保存

摘要： ggplot2绘图系统——图形组合、字体选择、保存输出 1.图形组合一页多图在基础包中利用par和layout函数来切分画布。 ggplot2是先铺好网格背景，再进行绘图，所以要通过切分网格背景来实现一页多图。 gridExtra包（grid扩展包）可用于图形排列组合、表格对象排列组合、规则多边形阅读全文

posted @ 2020-02-14 16:14 生物信息与育种阅读(2390) 评论(0) 推荐(0)

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