生物信息与育种

2020年3月16日

摘要：当我们测完序拿到原始数据之后，第一件事肯定是进行rawdata进行过滤。质控过滤软件如fastqc、multiQC、trimmomatic等。得到基因组的clean reads后，无非两件事，一是denovo组装，构建参考序列；二是重测序，分析变异及后续基因表达定量、功能等下游分析。 1. 基因组阅读全文

posted @ 2020-03-16 18:11 生物信息与育种阅读(3086) 评论(0) 推荐(0)

2020终于解决Chrome浏览器“崩溃啦”的问题！

摘要： Google的chrome莫名其妙突然所有页面都显示“喔唷崩溃啦”，各种插件在右下角弹出报错！这个问题我之前遇到过一次，后来通过改快捷方式的名字解决了。可是这次，隔离回来上班，打开电脑，又一次出现这种现象。折腾了一上午，各种方法都试过了，最后终于解决了。尝试失败的方法网上虽然有很多回答，但历史阅读全文

posted @ 2020-03-16 11:57 生物信息与育种阅读(19863) 评论(2) 推荐(2)

2020年3月12日

蛋白组DIA分析：Spectronaut软件使用指南

摘要：官方文档： "https://biognosys.com/media.ashx/spectronautmanual.pdf" 0. 准备 Spectronaut软件是蛋白组DIA分析最常用的谱图解析软件之一，优点是定量准确，缺点是高额收费，window版本，速度慢。一起来简单了解下用法。这是它的界阅读全文

posted @ 2020-03-12 16:11 生物信息与育种阅读(9154) 评论(2) 推荐(0)

2020年3月9日

【蛋白质基因组】Proteogenomics方法介绍及分析思路

摘要：概念利用蛋白质组学数据，结合基因组数据(DNA)、转录组数据(RNA)来研究基因组注释问题，被称为蛋白质基因组学。“蛋白质基因组学”一词由Jaffe 等于2004 年首次提出，作者采用串联质谱数据匹配DNA翻译得到氨基酸序列的方法，在仅有810 kb 大小的细菌基因组上直接鉴定开放阅读框(open 阅读全文

posted @ 2020-03-09 22:49 生物信息与育种阅读(4004) 评论(0) 推荐(0)

【ThermoRawFileParser】质谱raw格式转换mgf

摘要：众所周知， "Proteowizard MSconvert" 用于质谱原始数据的格式转换，但主要平台是windows，要想在Linux上运行需要打Docker或Wine，对于普通用户来说还是很困难的，想想质谱的数据动辄上百Gb要进行转换相当麻烦。比利时根特大学Dr. Lennart Martens 阅读全文

posted @ 2020-03-09 22:48 生物信息与育种阅读(6560) 评论(0) 推荐(1)

【R读取报错】解决: Can't bind data because some arguments have the same name

摘要：最近读取一个数据时，报如标题的错误。这是因为select函数对于有重复列名的数据框，选择不了。（即使不选择重复的列也会报此错误）。可以用以下脚本查下重复的列名：发现有两个Protein_ID的列。如何解决呢？可改用readr读取，会智能解析。 all % dplyr::select(Prot 阅读全文

posted @ 2020-03-09 22:46 生物信息与育种阅读(641) 评论(0) 推荐(0)

【shell】循环将字符串写入数组中？

摘要： `bash shell`脚本语法怪异，其他语言循环写入数组或列表都很简单实现，或有相应函数来做。以下用两种方法来实现：方法一 c=0 for i in ;do pre= filelist[$c]="$pre" ((c++)) done echo $c for i in ${filelist[@] 阅读全文

posted @ 2020-03-09 22:44 生物信息与育种阅读(4221) 评论(0) 推荐(0)

【Linux】tmux安装（非root）及其使用

摘要： tmux（terminal multiplexer）是Linux上的终端复用神器。 1. 安装（1）下载下载及其依赖软件。（2）安装先安装依赖，再安装tmux。（3）设置环境设置环境变量。 2. 常用命令使用 tmux的结构包括会话(session)、窗口(window)、窗格(pa 阅读全文

posted @ 2020-03-09 22:39 生物信息与育种阅读(4847) 评论(0) 推荐(0)

2020年2月23日

Python Cheatsheet

摘要： Comprehensive Python Cheatsheet =============================== "Download text file" , "Buy PDF" , "Fork me on GitHub" or "Check out FAQ" . Contents 1 阅读全文

posted @ 2020-02-23 21:14 生物信息与育种阅读(600) 评论(0) 推荐(0)

R语言与医学统计图形-【34】绘制统计表格

摘要：表的绘制，主要是临床三线表。 1.tableone包 table1结果： table2结果：快速导出tableone产出的表格。 ReporteRs包安装失败。 2.table1包修饰表格。进一步细节修饰。这个包更多使用参考： "临床三线表" 阅读全文

posted @ 2020-02-23 21:13 生物信息与育种阅读(1829) 评论(0) 推荐(0)

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