生物信息与育种

摘要： mGWAS（metabolome based genome wide association studies）的研究方法和GWAS类似，只是将代谢物含量作为表型性状来与基因位点进行关联。但同时它也有自己独特的优势，首先，因为表型测定是比较复杂的，尤其是数量性状表型，极易受环境影响，人为测量可能会有偏 阅读全文

摘要： 前言 关于蛋白质组学，你是不是已经听了太多公司的宣讲，介绍了一大堆的技术名词，反而越听越懵懂，脑袋一团乱麻？就和传话游戏一样，当我们接收了多手信息以后，得到的信息就越不准确。那么，何不自己看一看第一手信息呢？比如说DIA。 这里只推荐两篇综述。 第一篇是蛋白质组学泰山北斗的Ruedi Aeberso 阅读全文

摘要： 简介 Atom 是 Github 开源的文本编辑器，相当于半个IDE。其特点如下： （1）免费开源，多平台支持（Windows、Mac、Linux）； （2）界面美观、现代化，使用舒适； （3）多文件管理（文件树列表功能）； （4）设置管理很方便，不用像Sublime需要自己手动安装第三方管理插件； 阅读全文

摘要： 最近打算开始写一个多组学（包括宏基因组/16S/转录组/蛋白组/代谢组）关联分析的R包，避免重复造轮子，在开始之前随便在网上调研了下目前已有的R包工具，部分罗列如下： 1. mixOmics 应该是在多组学领域知名度最高的一个R包，有专门的团队，做了十余年了，引用量也比较高。 官网： "http:/ 阅读全文

摘要： 华大的春季培训课程之一： "人类群体基因组学研究进展和策略" ，很好的扫盲课程（侵删）。 阅读全文

摘要： 华大的春季培训课程之一： "https://ke.qq.com/course/1128997?taid=7160092735650341" ，我认为讲得很好，介绍全面而详细，加了一些个人经验（侵删）。 流程众多，对于结果会有一些差异，尤其是对低频变异。如果很关注低频位点，可多种几款流程比较。 实际上 阅读全文

摘要： [toc] 这个需求还是很常见的，因为我们在处理数据的时候无法全面考虑到数据框中含有哪些类型的数据，比如含有NA、NaN或Inf，甚至是一些乱七八糟的字符串。这时不论做统计分析还是作图，都会带来意想不到的错误。为防止这种现象发生，有必要在分析数据前将这些含有特殊字符的行去掉。 1. 去掉指定列中包含 阅读全文

摘要： WGS/WES Mapping to Variant Calls Version 1.0 "htslib" 官网上给的一个 "WGS/WES的流程" 。关于htslib、samtools和bcftools之间的关系，可以在 "sanger官网" 查看其解释： HTSlib is a software 阅读全文

摘要： 推荐R语言界的国内大佬于淼写的代谢组学workflow，包含了大部分代谢组学（以及暴露组）的数据分析方法。 "Meta Workflow" 主要内容包括： Sample collection Pretreatment Principles of metabolomics data analysis 阅读全文

摘要： 宏蛋白质组数据分析相对较难，不同于常规蛋白质组分析，因为数据库太大，无法直接进行搜库匹配，需要对数据库进行优化。整理了几个发表的宏蛋白搜库分析工具。具体效果如何，还需要测试。 1.ProteoStorm 发表： "ProteoStorm: An Ultrafast Metaproteomics Da 阅读全文