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生物信息与育种
生信、AI、大数据与育种相关,微信公众号:生物信息与育种
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2020年4月23日
Docker初试
摘要: 1. docker是啥? 自行Google或百度去。。。 "https://yeasy.gitbooks.io/docker_practice/introduction/what.html" 重要概念: 镜像 image :一个特殊的 root 文件系统,除了提供容器运行时所需的程序、库、资源、配置
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posted @ 2020-04-23 11:40 生物信息与育种
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2020年4月22日
eggNOG 5.0数据库介绍
摘要: [toc] 1. eggNOG简介 最近考虑到所用的一些数据库太旧了,需要更新。在整理的时候发现eggNOG数据库在去年的时候已经做了一次更新 "eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated ortho
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posted @ 2020-04-22 17:47 生物信息与育种
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2020年4月20日
【Python小试】将核酸序列翻译成氨基酸序列
摘要: 三联密码表 测试 结果 MFGDAT_R
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posted @ 2020-04-20 23:25 生物信息与育种
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【Python小试】统计一条核酸序列中频数非0或为2的双核苷酸
摘要: 概念 双核苷酸由任意2个碱基组成 测试1 测试2 结果 AA AT AC TG
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posted @ 2020-04-20 23:24 生物信息与育种
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【Python小试】判断一条序列GC含量高低
摘要: 题目: 随便给定一条序列,如果GC含量超过65%,则认为高。 编程: 测试 解析 Python提供了__future__模块,把下一个新版本的特性导入到当前版本,于是我们就可以在当前版本中测试一些新版本的特性。 主要解决python2版本中和python3不同的一些问题,如print、整数除法、wi
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posted @ 2020-04-20 23:23 生物信息与育种
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【Python小试】去除核酸特定长度的接头序列
摘要: 输入 input.txt 编码 输出 trimmed.txt
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posted @ 2020-04-20 23:22 生物信息与育种
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【Python小试】根据外显子位置生成CDS序列
摘要: 已知 genomic_dna.txt exons.txt 编码 结果 coding_sequence.txt
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posted @ 2020-04-20 23:21 生物信息与育种
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2020年4月19日
【讲座】朱正江——基于LC-MS的非靶向代谢组学
摘要: 本次课程主题为《基于LC MS的非靶向代谢组学》,主要分为 代谢组学简介 、 代谢组学技术简介 、 非靶向代谢组学方法和数据采集 、 非靶向代谢组学数据分析 和 代谢物结构鉴定 几个方面。 一、代谢组简介 基因组学——What can happen;转录组学——What appears to be
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posted @ 2020-04-19 18:00 生物信息与育种
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【MetDNA】基于代谢反应网络的大规模代谢物结构鉴定新算法
摘要: 代谢是生命体内化学反应的总称,其所包含的代谢物变化规律可直接反映生命体的健康状态。非靶向代谢组学(untargeted metabolomics)可以在系统水平测量生命体内生理或病理状态下所有代谢物的含量变化,为研究其生物学机理提供依据。液相色谱 质谱联用(LC MS)技术是代谢组学研究的主要工具之
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posted @ 2020-04-19 17:59 生物信息与育种
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【讲座】詹显全——Proteoforms在肿瘤中应用
摘要: Proteoforms/Protein species这个概念还是比较有意义的。 人类结构基因组测序接近尾声,人们就从 结构基因组学研究转向功能基因组学 研究,即对转录组和蛋白质组进行研究。1995年正式提出了”蛋白质组”和”蛋白质组学”的概念,距今已有25年历史了。 蛋白质组学的主要技术包括蛋白质
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posted @ 2020-04-19 17:57 生物信息与育种
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