生物信息与育种

摘要： 近期面试的生信工程师。 福建农林大学的生物信息硕士毕业，在某基因检测大厂下的一家福州子公司做生信研发。 读书期间做农口，毕业两年一直做医口，非交付岗位，属于与医院合作发文的形式。主要是利用一些经典机器学习方法筛选疾病标志物。 优点是编程基础尚可，能用机器学习做一些分析，技术原理掌握的也还行，性格内向 阅读全文

摘要： 软件的安装 Python版McScan（jcvi工具包）：https://github.com/tanghaibao/jcvi 以前只有python2，现在已有python3版本，建议用py3。安装可用pip： pip install jcvi ##或开发版 pip install git+git: 阅读全文

摘要： 近期又面试了两个生信工程师。 面试者A，两年工作经验，在大厂呆过，做过科服、病原感染、肿瘤检测分析，其中动植物重测序交付项目较多。非科班出身，硕士也是湿实验，自学生信，但能独立搭建流程，做一些数据挖掘，会一点机器学习，还学了C语言。和他交流下来，基础是可以的，具备多项技能。虽然现在做的方向和我们岗位 阅读全文

摘要： 1. 矩阵相关性计算方法 base::cor/cor.test R基础函数cor或cor.test都可计算相关性系数，但cor可直接计算矩阵的相关性，而cor.test不可。 两者计算非矩阵时，cor仅得到相关系数，而cor.test还能得到pvalue。 library(ggplot2) cor( 阅读全文

摘要： 主成分方差解释率计算 通常，求得了PCA降维后的特征值，我们就可以绘图，但各个维度的方差解释率没有得到，就无法获得PC坐标的百分比。 有些工具的结果是提供了维度标准差的，如ggbiplot绘图时，直接会给你算出各个坐标的方差解释率。但我觉得这类工具绘图远不如ggplot本身，此时，就需要自己计算。 阅读全文

摘要： 1. ncRNA 非编码RNA(Non-coding RNA, ncRNA) 包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA 和microRNA 等不编码蛋白质的RNA，它们转录后直接在RNA 水平上就能行使各自的生物学功能，并不需要翻译成蛋白质。 2. 软件 tRNA注释 一般用tRNAscan 阅读全文

摘要： 创建一个新用户，并配置使用。 create_usr.sh： #/usr/bin/bash user=$1 password="123" useradd ${user} -g meta -d /ifs4/meta/${user}; echo $password| passwd --stdin ${us 阅读全文

摘要： 两台服务器间文件如何传输？对于小文件，可以先从Linux服务器传到window，再传到另一台服务器。对于大的文件，如测序数据、比对文件等。这样的方法显然太笨。 scp一个命令就能解决。 一、上传 常规操作 从当前服务器上传到另一个服务器。 # 文件 $ scp file yourname@192.1 阅读全文

摘要： 问题一：各区域注释之和大于变异总数？ snpEff的结果很简单，但常常遇到如下问题。 我的SNP总数： 但是，注释的exon、intron和intergenic之和2,278,570就已经大于了总SNP数。 我大概能知道是什么原因。一个snp会落在多个基因上，所以既有可能落在exon，又有可能落在i 阅读全文

摘要： 用过很多服务器，但一直没自己挂载过磁盘，因为待挂载的磁盘上都有数据，生怕一不小心把别人的弄坏了。 今天恰好有几块新的磁盘，供我尝试下。 首先查看下磁盘： $ df -h 文件系统 容量 已用 可用 已用% 挂载点 /dev/mapper/centos-root 5.4T 6.6G 5.4T 1% / 阅读全文