生物信息与育种

2022年5月16日

【动植物研究动态】20220515文献解读

摘要： Nature Genetics | 福建农林大学等：揭示植物基因枪介导的转基因过程及番木瓜的驯化历史 SunUp and Sunset genomes revealed impact of particle bombardment mediated transformation and domest 阅读全文

posted @ 2022-05-16 11:48 生物信息与育种阅读(209) 评论(0) 推荐(0)

【WDL】8. 实践：本地/集群运行

摘要： WDL可以使用本地、集群、云端三种模式来跑流程，本地运行是不需要服务器后台配置文件，而另外两种需要配置文件。本地运行下载cromwell和womtool到本地服务器，地址：https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases 不建议下载最新版本，阅读全文

posted @ 2022-05-16 11:44 生物信息与育种阅读(695) 评论(0) 推荐(0)

2022年5月15日

【报告笔记】提高全基因组选择精度的策略和应用研究

摘要：这个报告来自扬州大学徐辰武老师，比较系统地总结了他们在GS应用于作物（主要是水稻）方面的研究，值得一看。动物育种一般只考虑加性效应，而在植物育种中，除了加性效应，往往还需考虑显性和上位性效应，尤其是对杂交种预测。 MV-ADV：其他性状对目标性状有影响，作为协变量处理。以上是测试群体有表型的情况阅读全文

posted @ 2022-05-15 23:07 生物信息与育种阅读(262) 评论(1) 推荐(0)

2022年5月14日

【WDL】7. 实践：GATK calling变异（人类）

摘要：功能使用BWA + GATK进行变异检测的最佳实践流程，且优化为按染色体切分，并行进行变异检测和BQSR步骤，加快分析进度。流程图 input.json { "wgs.apply_bqsr.cpu": 32, "wgs.apply_bqsr.disks": "local-disk 250 clo 阅读全文

posted @ 2022-05-14 17:04 生物信息与育种阅读(385) 评论(0) 推荐(0)

【WDL】6. 实践：fastp质控测序数据

摘要：功能输入（Pair End）测序序列文件，利用fastp进行QC和质量过滤（包括质量QC统计，Adapter去除，序列trimming，过滤等），生成Clean Reads文件，以及html的报告。 input.json { "fastp.pair_end.adapter_sequence": " 阅读全文

posted @ 2022-05-14 17:02 生物信息与育种阅读(503) 评论(0) 推荐(0)

2022年5月11日

【WDL】5. 实践与建议

摘要： WDL开发工具IDE介绍 vim-wdl插件：https://github.com/broadinstitute/vim-wdl Vscode插件：推荐语法校验：WOMtool https://cromwell.readthedocs.io/en/stable/WOMtool/ 脚本实践应用示例阅读全文

posted @ 2022-05-11 23:59 生物信息与育种阅读(340) 评论(0) 推荐(0)

【WDL】3. 变量类型

摘要：变量 WDL的变量不同于一般语言变量，应该叫“占位符”——一旦赋值之后，不能在后续运行中变化 “先声明，再使用”，变量类型有严格规定，主要体现在String和File 变量可出现在workflow和task，也可以在runtime属性中，使用变量，提高流程灵活性基础数据类型 File File是指阅读全文

posted @ 2022-05-11 23:58 生物信息与育种阅读(278) 评论(0) 推荐(0)

【WDL】4. 内置函数

摘要：内置函数主要分为三大类：输入输出：stdout, stderr,read_tsv 信息获取类：defined, glob, basename, select_first 变量操作：prefix, sub WDL函数的目的主要在于粘合task，不要用于一般的数据处理操作（放在task中处理）输入输阅读全文

posted @ 2022-05-11 23:58 生物信息与育种阅读(389) 评论(0) 推荐(0)

【WDL】1. 语言介绍

摘要： WDL（Workflow Description Language）Broad Institute推出，描述流程。解决的核心问题：复杂问题的执行和资源管理。将更多精力放在如何实现功能（如比对、处理、绘图等），而作业运行（执行顺序、软件版本记录等）交给WDL。语法定义参考Python。版本：d 阅读全文

posted @ 2022-05-11 23:57 生物信息与育种阅读(573) 评论(0) 推荐(0)

【WDL】2. 基础结构

摘要： WDL语言基本概念两级结构：workflow, task runtime：镜像，memory等 output可以没有，如重命名等操作。 A、B无顺序要求 WDL脚本基本结构 task 1. 输入文件、数值、字符串等信息 task fastq_to_bam{ File fastq File ref 阅读全文

posted @ 2022-05-11 23:57 生物信息与育种阅读(388) 评论(0) 推荐(1)

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