生物信息与育种

摘要： 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列，如何实施？ 找序列 第一步，肯定是找到相关序列。 我从ncbi taxonomy进入，搜索oryza。因为要搜索mRNA核酸序列，从此选择nucleotide，点击Go： 注意，如果你真正想要的是哪些序列。比如，稻属中可能野生稻之类的并非你想要的。这时 阅读全文

摘要： 近期面试了两个生信工程师。 A、B两人都是生物背景的硕士，有大厂经历，工作经验4年多。但基础都很一般，无论是编程、统计学还是专业领域知识，都比较欠缺，应该是属于那种平时重复简单工作，很少主动钻研和学习的类型。 毕竟生物信息的方向太广，他们的背景对我们这个岗位的匹配度其实并不高。但公司也很难找到一个完 阅读全文

摘要： 我已经通过Gemma得到了关联分析的结果，如下。 prefix.log.txt 中包含了一个总的PVE，这不是我们想要的。 那么，如何计算这些位点的表型解释率？ 据了解，有些关联分析软件是可以同时得到这个信息的，比如Tassel。 参考：Whole-genome resequencing of wi 阅读全文

摘要： 知名的拷贝数变异分析工具几乎都是为人类变异检测开发，对于动植物重测序分析有些尴尬。不过好在植物群体研究不必那么精细，用同样的工具也可做分析。 地址：https://github.com/abyzovlab/CNVnator 1.安装 建议直接用conda。 conda create -n cnv c 阅读全文

摘要： 需求 原始文件： data <- data.frame(A = c(rep(111, 3), rep(222, 3)), B = rep(1:2, 3), C = c(5:10)) data # A B C # 1 111 1 5 # 2 111 2 6 # 3 111 1 7 # 4 222 2 阅读全文

摘要： 备注：本文主要来源于知乎《全新的泛基因组解决方案》。关于大豆泛基因组文章解读，请看往期记录《大豆(Soybean, Glycine max)泛基因组2020Cell》。 一、研究内容 泛基因组产品采用从头组装的策略进行泛基因组构建，分析内容包括比较基因组分析、核心基因和非必需基因分析、结构变异（SV 阅读全文

摘要： 问题 一直以来用Eigensoft的smartpca来做群体遗传的PCA分析很顺畅，结果也比较靠谱。 但今天报错如下： $ ~/miniconda3/bin/smartpca -p smartpca.par parameter file: smartpca.par ### THE INPUT PAR 阅读全文

摘要： iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点：系统发育（进化）树绘制小结。最近重用，调图时又发现了些细节，记录下备忘。 1. 注册 不注册也可用，但注册登录可保存树在itol网站上。 2. 去枝长 进化树能展示枝长是最好的，能用来判断材料和群体间的特殊性。但现在大部分文章中的进化树都是去掉了枝长的，也可 阅读全文

摘要： 折腾 数据分析用惯了R，感觉pandas用起来就有点反人类了。今天用python的pandas处理数据时两个数据框硬是合并不起来。 我有两个数据框，列名是未知的，只能知道索引，以及哪两个索引是用做主键合并的。（别问我为啥列名未知，因为我是开发工具）。 思路是这样的，找到主键列，重命名，再合并。 df 阅读全文

摘要： 问题来源 我有两个文件，一个是plink过滤后得到的.fam文件（空格分隔）；另一个是样本对应关系文件（tab分隔）。 文件1： 文件2： 两个文件匹配，awk常规操作。这里我想要保留文件2中和文件1第一二列匹配得到的样本（匹配后文件2的第一列）。当然这里两个文件数目是一样的，所以应该全部匹配才对（ 阅读全文