生物信息与育种

摘要： 问题 宿主机网络正常，能ping通。但进入docker容器后，无法ping通，yum任何东西都报如下错误： [root@a4742adb2225 yum.repos.d]# yum install vim Loaded plugins: fastestmirror, ovl Could not re 阅读全文

摘要： 问题 Linux环境下，使用conda成功安装了R4。但提示‘utils’和‘stats’包未找到，如下： R version 4.1.3 (2022-03-10) -- "One Push-Up" Copyright (C) 2022 The R Foundation for Statistica 阅读全文

摘要： 变异、基因表达和表型三者之间的关系很复杂，近期研究相关，头都想破了。然而很早以前就有人研究并总结过了。这里贴一个2015年发表NG上的TWAS综述，备忘。 TWAS研究路线： SNP、基因表达和表型三者之间的关系类型划分： Gusev A et al., Integrative approaches 阅读全文

摘要： Cell | 黄学辉/黄三文/韩斌/李家洋受邀发表作物驯化育种的遗传学研究综述 The integrated genomics of crop domestication and breeding 该论文系统梳理了近十年作物遗传学领域的重要研究进展，包括对作物遗传信息的读取（作物参考基因组和群体基因 阅读全文

摘要： 由临床蛋白质组学转化医学界的黑马——西湖欧米公司（西湖大学郭天南创办）组织的科技论文写作，主要针对蛋白质组学领域。 目前由Torsten Juelich培训英文写作的基本语法与规范。往期视频可在西湖欧米官网或者微信视频号观看。 https://westlakeomics.com/news/styli 阅读全文

摘要： BQSR vs. VQSR BQSR (Base Quality Score Recalibration)表示碱基质量值重校正。简言之，这是一个检测系统性错误的数据预处理步骤，用于检查测序仪估计每个碱基检测的准确性。 主要考虑了碱基在reads中的位置、上下文环境和原始质量值这三个因素，首先计算出原 阅读全文

摘要： 给一起学习基因组云计算的小伙伴推荐一本书，《Genomics in the Cloud：Using Docker, GATK, and WDL in Terra》，作者是GATK社区管理员，2020年出版，还算比较新吧。 Github地址： genomics-in-the-cloud 本书涵盖内容： 阅读全文

摘要： Nature | 瑞典隆德食品科学组织：燕麦基因组为健康谷物提供新见解 The mosaic oat genome gives insights into a uniquely healthy cereal crop 栽培燕麦 (Avena sativa L.) 是一种异源六倍体 (AACCDD, 阅读全文

摘要： 简介 R包SpATS （Spatial Analysis of field Trials with Splines） 通过使用P-splines方法，校正植物育种田间试验中的空间异质性，如不同田间地块的管理措施（施肥打药等）或其他各种不稳定的空间趋势带来的影响。 以使用二维（2-D）平滑表面模拟随机 阅读全文

摘要： 最近调研，总结了一些公司推出的基因组计算加速产品和方案。简单罗列下几个平台，主要针对GATK流程加速。 腾讯云：双螺旋 2017年发布，一体化的数据管理PaaS平台，可进行传、存、算、管等工作。 加速原理：FPGA极光异构系统。 30x WGS运行时间：2.8h。 http://www.baiema 阅读全文