生物信息与育种

摘要： Hortic Res | 武汉大学李家儒：盾叶薯蓣高质量基因组解析与薯蓣皂苷生物合成进化 **The genome of Dioscorea zingiberensis sheds light on the biosynthesis, origin and evolution of the medi 阅读全文

摘要： 限制智能育种的最大因素无疑仍是成本。 现代育种真的已经能动辄几百上千群体测序来进行辅助育种了吗？实际育种中恐怕芯片测序的钱都舍不得花，成本如何降低？ 水稻已组装或重测序近万份骨干系材料，如何有效利用到育种？每年品比、区试积累的大量数据如何积累、规范并辅助育种？ 未测序材料及后续无数后代材料，单样几十 阅读全文

摘要： 从杂交基因组到杂种优势性状输出：挑战与机遇 From hybrid genomes to heterotic trait output: Challenges and opportunities. Current Opinion in Plant Biology 2022, 66:102193 北京 阅读全文

摘要： 围绕故事设计实验 统计学意义-实验重复的重要性 避免数据堆积 自己完成数据后期挖掘工作 让数据说话-寻找突破口 图形让我们更好理解数据 讨论-深入了解数据背后的故事 来自海南大学夏志强老师的建议 阅读全文

摘要： [toc] # 1.GO富集 ## 使用orgDb 通过使用Bioconductor的AnnotationHub在线检索并抓取OrgDb。 [非模式基因GO富集分析：以玉米为例+使用OrgDb](https://guangchuangyu.github.io/cn/2017/07/clusterpr 阅读全文

摘要： KASP的特点 在过去30 年中，分子标记从低通量限制性片段长度多态性（RFLP）开始，到最近达到的基于NGS 技术的SNP 标记，已经经历了三代。竞争性等位基因特异性PCR（kompetitive allele-specific PCR，KASP）是一种基于荧光的同质基因分型技术，最初由英国KBi 阅读全文

摘要： 问题描述 客户一个测序原始数据在百度网盘上待分析。一般思路是下载到本地，再转移到服务器。但这样相当于数据转移两次，如果客户不给你账号密码，可能还得转移三次。而百度网盘这尿性，下载会很慢很慢。 解决方案 网上查了下，百度网盘提供了一个开放的api，使用服务器的命令行即可直接下载数据。 pip inst 阅读全文

摘要： 1. SNP芯片 目前最常用的全基因组SNP分型方法，主流的SNP芯片： Illumina Infinium技术。全基因组扩增，不需PCR，采用50 mer寡核苷酸探针退火，利用特异荧光基团判定基因型。 Axiom原位光刻技术（原Affymetrix公司，后被Thermo收购）。需对DNA定量后进行 阅读全文

摘要： 目前水稻、小麦和玉米等作物GS应用主要在两个有代表性的国际组织开展，一是国际玉米小麦改良中心（CIMMYT），二是国际水稻所（IRRI），这两个都是国际农业研究协商小组（CGIAR）下属16个国际农业研究中心之一。本文（Genomic Prediction: Progress and Perspec 阅读全文

摘要： 问题描述 测序公司产出的数据到阿里云OSS，随手一个数据链接。 直接复制到本地浏览器没问题： 但在服务器用wget或curl却出现403 Forbidden： 解决 URL 里面包含特殊字符 比如 &，导致 URL 被截断，造成请求 URL 不完整，OSS 中不存在对应的文件信息，所以访问被拒绝提示 阅读全文