生物信息与育种

摘要： PIC指的是一个标记用于在群体检测多态性的价值。在芯片开发中可作为一个重要指标。 计算一 PIC取决于检测的等位基因的数目和它们的频率分布。其值等于1减去所有等位基因频率的平方的总和。例如，一个微卫星标记的两个等位基因的PIC频率各为0.5，应为1-[（0.5）2 +（0.5）2]= 0.5，而两个 阅读全文

摘要：  ![0002.jpg](https://upload-images.jianshu.io/upload_images/7 阅读全文

摘要： 需求 想要把在linux终端操作的习惯改到本机上来。理由如下： linux下的vim对于编程调试不是很方便； 编程与命令不能很好链接，经常要多开几个window或sessions； vim的自动补全不太好使（应该是我没修炼到家）； xshell最近更新的版本导致了之前的习惯操作受到严重限制（如vim 阅读全文

摘要： 需求 R默认带文本的编号不是按数字来排序的，这会对数据排序造成一定影响。如paste0("sample",1:10)在列中排序不是按1-100，而是按ASCII排序。 > sort(paste0("sample",1:10)) [1] "sample1" "sample10" "sample2" " 阅读全文

摘要： International Journal of Molecular Sciences（IF=6.208）| 中科院植物研究所孙小芹：“常香粳1813“染色体水平基因组揭示香粳和非香粳稻间的基因组变异 Chromosome-Level Genome Assembly of a Fragrant Ja 阅读全文

摘要： 不同基因组版本的位置（坐标）对应关系，在数据分析环节经常用到。 位置对应关系通常通过比对来获取，而信息一般存储在chain文件中。 对于人类、小鼠等模式生物而言，UCSC已经提供了不同版本的chain文件。 对于非模式生物，往往需要先自己制作chian文件，再通过ncbi的remap，UCSC的li 阅读全文

摘要： 问题 Outlook 2016一直好好地，最近打开弹窗“需要更新才能启动”，收不了邮件。 解决 在Microsoft官网下载KB5002051补丁，安装重启后问题解决。 https://docs.microsoft.com/en-us/officeupdates/outlook-updates-ms 阅读全文

摘要： 问题 之前的conda环境好好地，最近不知为何被破坏了，运行即报错： /miniconda3/opt/lib/R/bin/exec/R: /miniconda3/opt/lib/R/bin/exec/../../lib/../../libgomp.so.1: version `GOMP_4.0' n 阅读全文

摘要： GMOD（Generic Model Organism Database） 是专为生物学家创建的开源项目，生物学家用作存储库和工具的交互应用程序和数据库的集合。 连通性是GMOD的关键。生物信息学应用程序和数据库大量产生，但其中许多工具很少使用，因为用户可能缺乏将工具连接到他们数据所需的资源或专业知 阅读全文

摘要： Science Bulletin | 中国农科院作科所徐建龙&邱丽娟：大豆种质资源组学数据库SoyFGBv2.0搭建 A general model for “germplasm-omics” data sharing and mining: a case study of SoyFGB v2.0 阅读全文