随笔分类 - 文献
摘要：目录图形泛基因组的构建图泛构建方法获取和合并PAV变异图泛的存储格式线性参考基因组坐标的恢复图泛的可视化图泛的注释基因结构注释图泛的变异注释结构变异鉴定与基因分型图泛比对软件的优势图泛的应用功能元件的鉴定现有物种中的图泛规模基于图泛的GWAS未来应用结论与未来展望 图形泛基因组（图泛）以节点和路径的
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摘要：目录结构变异SV基于单个参考基因组鉴定SV通过构建泛基因组来鉴定SV转座元件与作物改良的相关性利用pan-genome进行QTL定位和GWAS利用pan-genome进行基因组预测泛基因组应用育种的挑战与机遇多倍体基因组的复杂性研究不足的作物基因组资源快速驯化新物种 结构变异SV 基于单个参考基因组
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摘要：[toc] >搜集一些主要农作物的已定位、克隆的重要功能基因，以供应用开发。 参考一些文章，不必自己一一去找，当然这只是极少的一部分。 # 农作物分子标记开发和利用研究进展 DNA分子标记是实现作物精准育种、提高育种效率的关键技术, 先后经历了以分子杂交、PCR扩增及可视化检测、高通量测序及序列解码
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摘要：很久没有更新了。感谢各位，我还在，来填坑。 Communications Biology｜浙江省农业科学院卢立志：中国地方鸡种重测序和甲基化分析为物种保护提供新的思路 Analysis of genome and methylation changes in Chinese indigenous c
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摘要：International Journal of Molecular Sciences（IF=6.208）| 中科院植物研究所孙小芹：“常香粳1813“染色体水平基因组揭示香粳和非香粳稻间的基因组变异 Chromosome-Level Genome Assembly of a Fragrant Ja
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摘要：Science Bulletin | 中国农科院作科所徐建龙&邱丽娟：大豆种质资源组学数据库SoyFGBv2.0搭建 A general model for “germplasm-omics” data sharing and mining: a case study of SoyFGB v2.0
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摘要：Hortic Res | 武汉大学李家儒：盾叶薯蓣高质量基因组解析与薯蓣皂苷生物合成进化 **The genome of Dioscorea zingiberensis sheds light on the biosynthesis, origin and evolution of the medi
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摘要：从杂交基因组到杂种优势性状输出：挑战与机遇 From hybrid genomes to heterotic trait output: Challenges and opportunities. Current Opinion in Plant Biology 2022, 66:102193 北京
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摘要：群体遗传中的驯化起源和基因流（基因漂移）分析是顶刊杂志最关注的亮点之一，能部分解答这方面的问题，IF应该就不会低。 这里选取几篇近几年的相关研究，以借鉴用。 MP (2019) | 全球油菜种质资源全基因组测序揭示了其生态型差异的遗传基础 Whole-genome resequencing of a
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摘要：Science | 农科院作科所周文彬：水稻中转录因子OsDREB1C同时提高光合作用效率和氮素利用效率 A transcriptional regulator that boosts grain yields and shortens the growth duration of rice 该研究
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摘要：最近很久没有更新，实在是生活中事情太多，节奏完全被打乱了。 PBJ | 中国农业科学院棉花研究所揭示表达新等位基因动态调控棉花纤维长度的分子机理 Expressed- genes and their new alleles identification during fibre elongation
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摘要：PBJ | 中科院遗传发育所田志喜：克隆调控大豆籽粒大小和品质的重要基因 Natural allelic variation of GmST05 controlling seed size and quality in soybean 该研究通过对1800多份大豆种质资源籽粒厚度性状的全基因组关联分
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摘要：变异、基因表达和表型三者之间的关系很复杂，近期研究相关，头都想破了。然而很早以前就有人研究并总结过了。这里贴一个2015年发表NG上的TWAS综述，备忘。 TWAS研究路线： SNP、基因表达和表型三者之间的关系类型划分： Gusev A et al., Integrative approaches
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摘要：Cell | 黄学辉/黄三文/韩斌/李家洋受邀发表作物驯化育种的遗传学研究综述 The integrated genomics of crop domestication and breeding 该论文系统梳理了近十年作物遗传学领域的重要研究进展，包括对作物遗传信息的读取（作物参考基因组和群体基因
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摘要：Nature | 瑞典隆德食品科学组织：燕麦基因组为健康谷物提供新见解 The mosaic oat genome gives insights into a uniquely healthy cereal crop 栽培燕麦 (Avena sativa L.) 是一种异源六倍体 (AACCDD,
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摘要：Nature Genetics | 福建农林大学等：揭示植物基因枪介导的转基因过程及番木瓜的驯化历史 SunUp and Sunset genomes revealed impact of particle bombardment mediated transformation and domest
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摘要：Plant Com | 浙大张国平&湖南农大吴德志：解析盐生植物海大麦基因组及其耐盐机制 The genome and gene editing system of sea barleygrass provide a novel platform for cereal domestication a
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摘要：NG | 农科院油料所伍晓明&诺禾：揭示现代油菜遗传改良的基因组学基础 Genomic selection and genetic architecture of agronomic traits during modern rapeseed breeding 基于418份现代油菜种质高深度重测序数
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摘要：The Crop Journal | 农科院深圳基因组所钱前&商连光&胡冠菁：利用GWAS和转录组解析水稻高温胁迫响应基因及其表达模式 Identifying candidate genes and patterns of heat-stress response in rice using a g
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摘要：Genome Research | 上海交大&农科院作科所徐建龙：基于三代测序数据的水稻泛基因组构建及分析 Long-read sequencing of 111 rice genomes reveals significantly larger pan-genomes 该研究通过引入一系列新方法处
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