SeqBreed：一个用于复杂性状基因组预测的 Python 工具

本文介绍了一个名为SeqBreed的Python工具，用于评估基因组预测在复杂情况下的表现。该工具可以模拟任何数量的由任意数量的因果位点决定的复杂表型，可实现了GBLUP、SSGBLUP、PBLUP等，并支持多种基因组预测方法和复杂染色体类型。作者使用了果蝇和四倍体马铃薯的数据集进行了测试，并展示了SeqBreed的功能和可视化工具。该工具是一个灵活且易于使用的优化基因组预测或全基因组关联研究的工具，代码开放并可自由修改。

软件、文档和示例：
https://github.com/miguelperezenciso/SeqBreed

文章优点

• SeqBreed是一款独特的遗传模拟软件，它提供了多种功能来模拟复杂性状的基因漂变。
• 内置了多种遗传漂变方法，并支持模拟多倍体基因组。
• 可以交互式地生成新个体，并提供结果的图形化展示。
• 易于使用和安装，且在GitHub网站上有多个示例可供参考。
• 特别适合用于教育目的。

未来展望

• SeqBreed将继续发展，增加更多的遗传架构以概括现有的遗传结构（例如印记和共显性），并集成机器学习工具（如scikit和keras）来进行遗传评估。
• SeqBreed将开发一个基于HTML界面的教育工具，并改进输出和绘图功能。
• 对于大规模模拟，SeqBreed可能不如AlphaSim或pSBVB等Fortran程序高效。因此，需要进一步探索如何提高SeqBreed的效率。