小鲨鱼2018

2022年8月2日

摘要： 001、 root@PC1:/home/test2# ls a.txt root@PC1:/home/test2# cat a.txt aa dd ss dd ff xv ef 33 cc xx ee ww df ff zc xx xx ff er ed ww xx xx ee er uy vv r 阅读全文

posted @ 2022-08-02 23:12 小鲨鱼2018 阅读(651) 评论(0) 推荐(0)

ggplot2 绘图调整画布的大小

摘要： 001、 library(cowplot) library(ggplot2) a <- ggplot(mtcars, aes(x = mpg)) + geom_histogram(binwidth = 4) + theme(plot.margin=unit(c(1, 1, 1, 1),'cm')) 阅读全文

posted @ 2022-08-02 00:12 小鲨鱼2018 阅读(4897) 评论(0) 推荐(0)

2022年8月1日

根据位点的物理位置、重组率计算遗传距离

摘要： 001、shell root@PC1:/home/test2/test# ls genetic_map.txt root@PC1:/home/test2/test# head genetic_map.txt | column -t position COMBINED_rate(cM/Mb) Gene 阅读全文

posted @ 2022-08-01 17:52 小鲨鱼2018 阅读(532) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 tar.lzma 文件的解压、压缩

摘要： 001、解压 .tar.lzma文件 root@PC1:/home/test2/test# ls test_chr22.tar.lzma ## 增加 -k 参数保留源文件 unlzma -k test_chr22.tar.lzma root@PC1:/home/test2/test# unlzma 阅读全文

posted @ 2022-08-01 12:06 小鲨鱼2018 阅读(936) 评论(0) 推荐(0)

module: command not found

摘要： 001、 module: command not found 002、 root@PC1:/home/test# cat /proc/version Linux version 5.15.0-41-generic (buildd@lcy02-amd64-105) (gcc (Ubuntu 9.4.0 阅读全文

posted @ 2022-08-01 01:03 小鲨鱼2018 阅读(996) 评论(0) 推荐(0)

2022年7月31日

使用GCTA （REML）来估计SNP（性状？）-遗传力

摘要： 001、 root@PC1:/home/test# ls gwas_test.bed gwas_test.bim gwas_test.fam root@PC1:/home/test# gcta64 --bfile gwas_test --make-grm --out gmat 1> /dev/nul 阅读全文

posted @ 2022-07-31 23:39 小鲨鱼2018 阅读(442) 评论(0) 推荐(0)

求矩阵的协方差矩阵

摘要： 001、在统计学与概率论中，（矩阵的）协方差矩阵的每个元素是各个向量元素之间（列向量）的协方差，是从标量随机变量到高维度随机向量的自然推广。矩阵中的数据按行排列与按列排列求出的协方差矩阵是不同的，这里默认数据是按行排列。即每一行是一个observaTIon（or sample），那么每一列就是一阅读全文

posted @ 2022-07-31 20:43 小鲨鱼2018 阅读(424) 评论(0) 推荐(0)

R语言中计算协方差、相关系数。

摘要： 001、 1.协方差方差是描述自身偏离其均值的程度。协方差用来描述两个变量间的变化关系,协方差用来度量两个随机变量关系的统计量： <span class="mrow"><span class="mi"><img src="https://img2022.cnblog 阅读全文

posted @ 2022-07-31 12:32 小鲨鱼2018 阅读(2286) 评论(0) 推荐(0)

使用rMVP进行gwas分析

摘要： 001、 library(rMVP) MVP.Data(fileBed="gwas_test",filePhe="phenotype.txt",fileKin=TRUE,filePC=TRUE,out="mvp") ## gwas_test为plink二进制格式的文件名， phenotype.txt 阅读全文

posted @ 2022-07-31 11:02 小鲨鱼2018 阅读(2333) 评论(6) 推荐(0)

使用 emmax 进行GWAS分析

摘要： 001、 root@PC1:/home/test# ls gwas_test.map gwas_test.ped root@PC1:/home/test# plink --file gwas_test --recode 12 transpose --out emmax_format 1> /dev/ 阅读全文

posted @ 2022-07-31 01:40 小鲨鱼2018 阅读(824) 评论(0) 推荐(0)

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