小鲨鱼2018

2022年8月11日

摘要： 001、单精度 #include <stdio.h> int main(void) { float i; puts("please input an float number."); printf("float i = "); scanf("%f", &i); ## 此处使用%f printf("i 阅读全文

posted @ 2022-08-11 00:26 小鲨鱼2018 阅读(2822) 评论(0) 推荐(0)

2022年8月10日

使用python根据SNP变异检测vcf文件中的碱基突变信息并替换参考基因组中相应位置的单碱基

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta b.vcf test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >NC_000964.3 Bacillus subtilis subsp. 阅读全文

posted @ 2022-08-10 22:57 小鲨鱼2018 阅读(558) 评论(0) 推荐(0)

linux 中shell脚本统计fasta文件每一个scafflod的碱基总数目

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTCCGTT 阅读全文

posted @ 2022-08-10 01:24 小鲨鱼2018 阅读(201) 评论(0) 推荐(0)

linux 中shell将fasta文件的每一个scafflod的所有碱基整合为一行

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试fasta文件 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTCCGTT 阅读全文

posted @ 2022-08-10 01:21 小鲨鱼2018 阅读(267) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 shell 将fasta文件依据scafold 拆分为单独的文件

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta (base) root@PC1:/home/test2# sed '$a tag_tag' a.fasta -i ## 在fasta末尾添加一个标记tag_tag (base) root@PC1:/home/t 阅读全文

posted @ 2022-08-10 01:05 小鲨鱼2018 阅读(125) 评论(0) 推荐(0)

python 中根据基因位置信息在基因组fasta文件中获取对应的基因序列

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta list.txt test.py (base) root@PC1:/home/test2# head a.fasta ## 基因组fasta文件 >NC_000964.3 Bacillus subtilis s 阅读全文

posted @ 2022-08-10 00:13 小鲨鱼2018 阅读(809) 评论(0) 推荐(0)

2022年8月9日

python中截取序列的反向互补序列

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test3# ls test.py (base) root@PC1:/home/test3# cat test.py ## 测试程序 #!/usr/bin/python def com_trs(str): list1 = [] str = rev 阅读全文

posted @ 2022-08-09 23:13 小鲨鱼2018 阅读(97) 评论(0) 推荐(0)

python 中列表内循环结构

摘要： 001、列表中 >>> list1 = list(range(11,20)) >>> list1 ## 测试列表 [11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19] >>> select = [2, 3, 7] ## 索引 >>> [list1[k] for k in sele 阅读全文

posted @ 2022-08-09 22:48 小鲨鱼2018 阅读(313) 评论(0) 推荐(0)

使用python以滑动窗口方式统计基因组fasta文件中各序列的各碱基（如GC碱基）平均含量

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta test.py (base) root@PC1:/home/test2# head a.fasta ## 测试数据 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTC 阅读全文

posted @ 2022-08-09 21:18 小鲨鱼2018 阅读(1019) 评论(0) 推荐(0)

python 中将文本中多个连续的制表符或空格替换为一个制表符

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.txt test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat a.txt ## 测试数据 e d d f k d d e k d f j e f j (base) root@PC1:/home/ 阅读全文

posted @ 2022-08-09 17:09 小鲨鱼2018 阅读(513) 评论(0) 推荐(0)

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