小鲨鱼2018

2022年8月9日

摘要： 001、 >>> import re ## 导入re包 >>> str = "aaaabbbbccccdddaaakkkk" ## 测试字符串 >>> re.sub(r"([ab])\1+", "Q", str) ## 将多个连续的a和b替换为一个Q 'QQccccdddQkkkk' 002、 >> 阅读全文

posted @ 2022-08-09 16:53 小鲨鱼2018 阅读(680) 评论(0) 推荐(0)

python 中实现文本的转置

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls outcome.ped test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat outcome.ped ## 测试文件 1 G G C C G G 2 G G G C G G 3 G G C C G 阅读全文

posted @ 2022-08-09 15:06 小鲨鱼2018 阅读(236) 评论(0) 推荐(0)

python 中文件打开后只能调用一次？？

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# cat outcome.ped ## 测试文件 1 G G C C G G 2 G G G C G G 3 G G C C G G 4 G G C C G G 5 G G C C G G 6 G G C C G G 7 G G C 阅读全文

posted @ 2022-08-09 15:00 小鲨鱼2018 阅读(178) 评论(0) 推荐(0)

python 中实现将fasta文件碱基按照每行指定数目输出

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试数据 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTCCTCC 阅读全文

posted @ 2022-08-09 13:04 小鲨鱼2018 阅读(148) 评论(0) 推荐(0)

python 中如何删除行首的空格或者tab

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test3# ls a.txt test.py (base) root@PC1:/home/test3# cat a.txt ## 测试数据 ddd ff ff jkj jj dffffffgg dgfggggg k fff iyyee (bas 阅读全文

posted @ 2022-08-09 12:45 小鲨鱼2018 阅读(557) 评论(0) 推荐(0)

python 中如何删除空行

摘要： 001、 (base) root@PC1:/home/test3# ls a.txt test.py (base) root@PC1:/home/test3# cat a.txt ## 测试数据 ddd ff ff jkj jj dffffffgg dgfggggg (base) root@PC1: 阅读全文

posted @ 2022-08-09 12:40 小鲨鱼2018 阅读(728) 评论(0) 推荐(0)

python 中实现 fasta文件每一个scaffold的碱基按照一行输出

摘要： 001、字典实现 (base) root@PC1:/home/test2# ls a.fasta test.py (base) root@PC1:/home/test2# cat a.fasta ## 测试数据 >scaffold_1 CCCGGGTAAAACGGGTCTTCAAGAAAACGCTC 阅读全文

posted @ 2022-08-09 11:41 小鲨鱼2018 阅读(98) 评论(0) 推荐(0)

2022年8月8日

pip install 慢的解决方法

摘要： 001、问题 pip install慢 002、解决方法临时修改在 pip install 包名 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple。例如： pip install scipy -i https://pypi.tuna.tsinghua.ed 阅读全文

posted @ 2022-08-08 23:18 小鲨鱼2018 阅读(346) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 conda创建虚拟环境的常规操作

摘要： 001、 (base) root@ubuntu01pc1:~# conda --version conda 4.12.0 (base) root@ubuntu01pc1:~# python --version Python 3.9.12 002、创建python3.8环境 conda create 阅读全文

posted @ 2022-08-08 22:21 小鲨鱼2018 阅读(1622) 评论(0) 推荐(0)

linux 中conda 更换国内源

摘要： 001、 (base) root@ubuntu01pc1:~# conda --version ## conda版本 conda 4.12.0 002、在终端执行如何命令 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn 阅读全文

posted @ 2022-08-08 21:03 小鲨鱼2018 阅读(1398) 评论(0) 推荐(0)

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