小鲨鱼2018

2023年4月26日

摘要： 01、下载 git clone https://github.com/billzt/readfq.git 02、编译 gcc -o kseq_fastq_base kseq_fastq_base.c -lz 03、统计fastq文件的reads数目和碱基数目 #!/bin/bash for i in 阅读全文

posted @ 2023-04-26 08:52 小鲨鱼2018 阅读(480) 评论(0) 推荐(0)

kseq_fastq_base.c:1:10: fatal error: zlib.h: No such file or directory

摘要： 01、ubuntu系统： (py38) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/software/readfq# lsb_release -a No LSB modules are available. Distributor ID: Ubuntu Description: Ubunt 阅读全文

posted @ 2023-04-26 08:51 小鲨鱼2018 阅读(44) 评论(0) 推荐(0)

2023年4月25日

linux 中批量删除指定的行

摘要： 001、 (py38) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 07 (py38) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# cat index.txt ## 计划批量删除的行号阅读全文

posted @ 2023-04-25 22:36 小鲨鱼2018 阅读(310) 评论(0) 推荐(0)

linux 中setfacl 命令

摘要： 001、 setfacl -m u:user2:r-x /public/home/user1 ## 授予user2对user1家目录的读和执行的权限来源：劳老师用户user1对用户user2授权访问例子：(1)授权user2可读写执行user1的家目录下的所有文件setfacl -m u:use 阅读全文

posted @ 2023-04-25 15:51 小鲨鱼2018 阅读(462) 评论(0) 推荐(0)

使用conda 安装lumpy软件

摘要： 001、安装 conda create -n Py27 python=2.7 conda activate Py27 conda install -c bioconda lumpy-sv conda install -c bioconda samblaster 002、版本测试 (Py27) ro 阅读全文

posted @ 2023-04-25 14:53 小鲨鱼2018 阅读(594) 评论(0) 推荐(0)

2023年4月24日

ERROR: pip's dependency resolver does not currently take into account all the packages that are installed. This behaviour is the source of the following dependency conflicts

摘要： 01、报错如下： 02、解决方法： python -m pip install --upgrade pip 阅读全文

posted @ 2023-04-24 16:08 小鲨鱼2018 阅读(1095) 评论(0) 推荐(0)

multiqc软件的安装

摘要： 001、 pip install multiqc 002、测试版本 multiqc --version 阅读全文

posted @ 2023-04-24 16:04 小鲨鱼2018 阅读(292) 评论(0) 推荐(0)

iqtree软件的安装

摘要： 001、 conda install -c bioconda iqtree 002、查看版本 iqtree --version 阅读全文

posted @ 2023-04-24 15:48 小鲨鱼2018 阅读(1015) 评论(0) 推荐(0)

mafft 软件的安装

摘要： 001、 conda install -c bioconda mafft 002、查看版本 (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# mafft --version v7.310 (2017/Mar/17) 阅读全文

posted @ 2023-04-24 15:46 小鲨鱼2018 阅读(446) 评论(0) 推荐(0)

2023年4月23日

plink 软件中 --set-missing-var-ids参数实现对缺失的snp位点命名

摘要： 001、测试数据 (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# ls a.map a.ped (base) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# cat a.map 1 OAR19_64675012.1 0 85204 1 OAR19_6 阅读全文

posted @ 2023-04-23 00:27 小鲨鱼2018 阅读(310) 评论(0) 推荐(0)

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