小鲨鱼2018

2023年2月16日

摘要： 001、卸载旧版本vim [root@PC1 home]# yum remove vim* -y 002、下载安装包 wget https://github.com/vim/vim/archive/refs/tags/v9.0.1313.zip 003、解压。。。。安装 yum install g 阅读全文

posted @ 2023-02-16 21:59 小鲨鱼2018 阅读(1343) 评论(0) 推荐(1)

Linux 中设置vim编辑器编写shell脚本自动缩进

摘要： 001、打开vim的配置文件：vim ~/.vimrc 然后在其末尾增加如下内容，然后保存退出： if has("autocmd") filetype indent on autocmd FileType * setlocal ts=4 sts=4 sw=4 ai et nu autocmd F 阅读全文

posted @ 2023-02-16 20:29 小鲨鱼2018 阅读(362) 评论(0) 推荐(0)

linux 中vim 编辑器退格键无法删除

摘要： 001、问题 vim 进入插入模式后，按退格键无法删除： 002、解决方法 echo "set backspace=2" >> ~/.vimrc ## 启用退格键的删除功能 003、测试，没有问题阅读全文

posted @ 2023-02-16 20:15 小鲨鱼2018 阅读(1380) 评论(0) 推荐(0)

trimmomatic 质控报错：Error: Unable to detect quality encoding

摘要： 001、问题利用trimmomatic 质控报错：Error: Unable to detect quality encoding 报错原因：不能判断质量质体系。 002、解决方法查看同批次数据质控log文件，查看识别的质量体系，如下：然后再命令行中增加：-phred33 或者 -phred6 阅读全文

posted @ 2023-02-16 15:30 小鲨鱼2018 阅读(543) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 grep命令中的 -F 选项

摘要：因为grep是支持正则表达式的，[ ] ，这两个左右括号，可能属于非法匹配。 -F选项使正则匹配失效？ 001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 1359 kkkk 1[36]0 qqqq 1361 jjjj 阅读全文

posted @ 2023-02-16 11:58 小鲨鱼2018 阅读(654) 评论(0) 推荐(0)

2023年2月15日

linux 中 grep命令的-x选项

摘要： grep中的-x选项表示当前行只存在匹配项时才输出。 001、 [b20223040323@admin1 test]$ ls a.txt [b20223040323@admin1 test]$ cat a.txt ## 测试数据 ID3-A CCNYL1-B COQ10B-A ID3 DLD-1 [ 阅读全文

posted @ 2023-02-15 23:16 小鲨鱼2018 阅读(505) 评论(0) 推荐(0)

linux 中查看/tmp目录的可用容量

摘要： 001、/tmp在根目录/下挂载，因此/tmp的可用容量实际就是根目录/的可用容量。 [root@PC1 liujiaxin02]# df -h Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on /dev/mapper/centos-root 50G 5.6G 4 阅读全文

posted @ 2023-02-15 16:16 小鲨鱼2018 阅读(1410) 评论(0) 推荐(1)

2023年2月11日

在命令行终端中指定标准输出和标准错误输出

摘要： 001、单独指定标准输出和标准错误输出 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 3 7 3 6 3 7 6 0 3 0 [root@PC1 test]# awk '{print $1/$2}' a.txt 1> xx 阅读全文

posted @ 2023-02-11 23:42 小鲨鱼2018 阅读(224) 评论(0) 推荐(0)

1G=1024Mb 1Mb=1024kb 1kb=1000bp

摘要：一直纠结这种单位换算，是1024还是1000，原来是这样计算的。来源：https://www.jianshu.com/p/6da01c23d1c0 阅读全文

posted @ 2023-02-11 23:05 小鲨鱼2018 阅读(1399) 评论(0) 推荐(0)

samtools 实现对bam文件统计测序深度和比对率

摘要： 001、利用samtools计算每一个位点的测序深度 [b20223040323@admin1 test]$ ls ## 测试bam文件 SRR21814498.sorted.markdup.bam SRR21814498.sorted.markdup.bam.bai [b20223040323@a 阅读全文

posted @ 2023-02-11 22:44 小鲨鱼2018 阅读(2481) 评论(0) 推荐(1)

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