小鲨鱼2018

2023年4月29日

摘要： 001、直接下载静态执行程序 github地址： wget https://github.com/dellytools/delly/releases/download/v1.1.6/delly_v1.1.6_linux_x86_64bit 002、添加执行权限 chmod +x delly_v1.1 阅读全文

posted @ 2023-04-29 12:10 小鲨鱼2018 阅读(263) 评论(0) 推荐(0)

ReadAlignChunk_processChunks.cpp:204:processChunks EXITING because of FATAL ERROR in input reads: wrong read ID line format

摘要： 001、 star报错 002、解决方法 fastq文件为压缩格式，运行时需添加该参数： --readFilesCommand zcat 阅读全文

posted @ 2023-04-29 11:06 小鲨鱼2018 阅读(638) 评论(0) 推荐(0)

2023年4月28日

kallisto 软件的安装

摘要： 01、 conda install kallisto -c bioconda 02、调用测试 root@DESKTOP-A31BQ38:~/anaconda3/bin# kallisto --help | head Error: invalid command --help kallisto 0.4 阅读全文

posted @ 2023-04-28 23:58 小鲨鱼2018 阅读(226) 评论(0) 推荐(0)

stringtie 软件的安装

摘要： 001、conda直接安装 conda install -c bioconda stringtie 002、调用测试 root@DESKTOP-A31BQ38:~/anaconda3/bin# ./stringtie --help | head StringTie v2.1.7 usage: str 阅读全文

posted @ 2023-04-28 23:52 小鲨鱼2018 阅读(998) 评论(0) 推荐(0)

featurecounts软件的安装

摘要： 001、官网：https://subread.sourceforge.net/ 下载： 02、解压 tar -xzvf subread-2.0.5-Linux-x86_64.tar.gz 03、进入以下目录： cd subread-2.0.5-Linux-x86_64/ 04、调用测试 ./fea 阅读全文

posted @ 2023-04-28 21:20 小鲨鱼2018 阅读(693) 评论(0) 推荐(0)

/usr/bin/env: ‘python’: No such file or directory

摘要： 01、问题 02、解决方法 a、 root@DESKTOP-A31BQ38:/home/software/gatk-4.4.0.0# which python3 ## 确定已经安装python; 或者执行 which python，输出python可调用路径 /usr/bin/python3 b、阅读全文

posted @ 2023-04-28 21:03 小鲨鱼2018 阅读(654) 评论(0) 推荐(0)

tar (child): bzip2: Cannot exec: No such file or directory

摘要： 01、问题 02、ubuntu系统 root@DESKTOP-A31BQ38:/home/software# lsb_release -a 03、解决方法 root@DESKTOP-A31BQ38:/home/software# apt install bzip2 参考：https://blog.c 阅读全文

posted @ 2023-04-28 20:38 小鲨鱼2018 阅读(353) 评论(0) 推荐(0)

2023年4月27日

R语言中数据框除以向量

摘要： R语言中数据框除以向量，规则是数据框中的元素按照列依次递增，除数向量循环递增。 001、 a <- c(20, 10, 6, 8) b <- c(2, 4, 12, 8) c <- c(6, 8, 14, 14) dat <- data.frame(a, b, c) dat idx <- c(2, 阅读全文

posted @ 2023-04-27 16:47 小鲨鱼2018 阅读(141) 评论(0) 推荐(0)

2023年4月26日

linux 中批量提取指定的列

摘要： 001、 (py38) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# ls a.txt index.txt record.sh (py38) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 阅读全文

posted @ 2023-04-26 15:05 小鲨鱼2018 阅读(130) 评论(0) 推荐(0)

linux 中实现批量删除指定的列

摘要： 001、 (py38) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# ls a.txt index.txt record.sh (py38) root@DESKTOP-IDT9S0E:/home/test# cat a.txt ## 测试数据 01 02 03 04 05 06 阅读全文

posted @ 2023-04-26 14:54 小鲨鱼2018 阅读(189) 评论(0) 推荐(0)

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