小鲨鱼2018

2023年5月17日

摘要： 001、列出所有环境 [root@PC1 software]# conda info -e # conda environments: # base * /root/anaconda3 busco-py3.7 /root/anaconda3/envs/busco-py3.7 002、进入指定环境 [ 阅读全文

posted @ 2023-05-17 21:36 小鲨鱼2018 阅读(423) 评论(0) 推荐(0)

ubuntu22.04中配置静态IP

摘要： 001、进入该目录 root@utuntu01:~# cd /etc/netplan/ ## 进入该目录 root@utuntu01:/etc/netplan# ls 01-network-manager-all.yaml root@utuntu01:/etc/netplan# 002、备份配置文件阅读全文

posted @ 2023-05-17 20:58 小鲨鱼2018 阅读(9904) 评论(1) 推荐(1)

2023年5月16日

python 中 read_table 函数

摘要： 001、 [root@PC1 test3]# ls a.txt [root@PC1 test3]# cat a.txt ## 测试文件 10 2 3 0 3 6 6 12 1 1 5 1 2 2 2 4 2 26 8 3 33 34 5 3 [root@PC1 test3]# python ## 启阅读全文

posted @ 2023-05-16 23:54 小鲨鱼2018 阅读(231) 评论(0) 推荐(0)

Linux 中 shell 脚本实现根据gff 计算每一个基因的最长转录本

摘要： 001、生成基因名称的列表 awk -F "\t" '$3 == "gene" && $NF ~ /gene=/ {print $NF}' chr1.gff | sed 's/$.*$$gene=[^;]\+$$.*$/\2/' | sort | uniq > gene.list 002 阅读全文

posted @ 2023-05-16 22:27 小鲨鱼2018 阅读(258) 评论(0) 推荐(0)

linux 中 sed命令实现仅保留匹配字段的内容

摘要： 001、 [root@PC1 test4]# ls a.txt [root@PC1 test4]# cat a.txt ## 测试数据 gbkey=mRNA;gene=ATP5O;model;evidence;Supporting [root@PC1 test4]# sed 's/$.*$\(g 阅读全文

posted @ 2023-05-16 18:34 小鲨鱼2018 阅读(621) 评论(0) 推荐(0)

linux 中给pip配置源

摘要： 001、 [root@PC1 ~]# pip config list 002、 [root@PC1 ~]# cd ~ [root@PC1 ~]# ls -a . .bash_history .bashrc .cshrc Documents .ICEauthority Music Public .tc 阅读全文

posted @ 2023-05-16 01:07 小鲨鱼2018 阅读(856) 评论(0) 推荐(0)

2023年5月15日

python 中 pyfaidx 模块统计fasta文件每一条染色体的长度

摘要： 001、python版本和 pip版本 a、python版本 [root@PC1 pip]# python --version Python 3.11.3 b、pip版本 [root@PC1 Python-3.11.3]# pip --version pip 23.1.2 from /usr/lo 阅读全文

posted @ 2023-05-15 23:11 小鲨鱼2018 阅读(78) 评论(0) 推荐(0)

ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command output.

摘要： 001、在利用python2.7环境下利用pip安装pyfaidx模块时报如下错误： ERROR: Command errored out with exit status 1: python setup.py egg_info Check the logs for full command out 阅读全文

posted @ 2023-05-15 23:00 小鲨鱼2018 阅读(1419) 评论(0) 推荐(0)

bash: pip: command not found...

摘要： python2.7中安装pip命令 001、 [root@PC1 test]# pip bash: pip: command not found... 002、 [root@PC1 test]# cat /etc/redhat-release 003、 [root@PC1 software]# cu 阅读全文

posted @ 2023-05-15 13:20 小鲨鱼2018 阅读(65) 评论(0) 推荐(0)

seqkit 软件的安装

摘要： 001 下载静态软件 wget https://github.com/shenwei356/seqkit/releases/download/v2.4.0/seqkit_linux_amd64.tar.gz 002、解压 tar -xzvf seqkit_linux_amd64.tar.gz 003 阅读全文

posted @ 2023-05-15 12:43 小鲨鱼2018 阅读(818) 评论(0) 推荐(0)

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