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摘要： 转自：http://blog.fens.me/r-apply/ 前言 刚开始接触R语言时，会听到各种的R语言使用技巧，其中最重要的一条就是不要用循环，效率特别低，要用向量计算代替循环计算。 那么，这是为什么呢？原因在于R的循环操作for和while，都是基于R语言本身来实现的，而向量操作是基于底层的C语言函数实现的，从性能上来看，就会有比较明显的差距了。那么如何使用C的函数来实现向量计算呢，就是... 阅读全文

摘要： 非常有必要搞清楚统计学种一些常用的分布！！！ 离散型随机变量分布 1.两点分布/伯努利分布 伯努利分布是二项分布在n=1时的特例。一次随机试验，成功概率为p，失败概率为q=1-p。 伯努利分布 2.二项分布 二项分布(Binomial distribution)是n重伯努利试验成功次数的离散概率分布 阅读全文

摘要： Quantitative single-cell rna-seq with unique molecular identifers 这篇文章论证了 scRNA-seq 使用UMI来计算基因表达量的合理性和优势。 这里主要研究如何分析 scRNA-seq 的数据，如何处理ERCC和UMI。 背景： however, losses in cdna synthesis and bias in cdn... 阅读全文

摘要： 转自http://blog.csdn.net/wangtaoking1/article/details/9838571 主要记录一下Shell脚本中的命令的并发和串行执行。 默认的情况下，Shell脚本中的命令是串行执行的，必须等到前一条命令执行完后才执行接下来的命令，但是如果我有一大批的的命令需要执行，而且互相又没有影响的情况下（有影响的话就比较复杂了），那么就要使用命令的并发执行了。 看下... 阅读全文

摘要： 转自：http://blog.csdn.net/wa2003/article/details/45887055 R语言提供了批量处理函数，可以循环遍历某个集合内的所有或部分元素，以简化操作。 这些函数底层是通过C来实现的，所以效率也比手工遍历来的高效。批量处理函数有很重要的apply族函数：lapply sapply apply tapply mapply。apply族函数是高效能计算的运算向量化... 阅读全文

摘要： Bioconductor for Genomic Data Science ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/archive/old_genbank/Bacteria/Halobacterium_sp_uid217/ 下载：AE004437.faa文件 阅读全文

摘要： 全称：fluorescence-activated cell sorting 参考： 利用荧光激活细胞分选技术获取荧光蛋白标记肾小球足细胞 荧光激活细胞分离技术在角膜缘干细胞研究中的应用 【求助】急！问荧光激活细胞分选技术（FACS）能按癌基因分选细胞吗？ 荧光激活细胞分选术分离特定细胞群，实验和临床研究往往需要高纯度的细胞群，荧光激活细胞分选术（FACS）就是一种很好的纯化表型已知细胞群的方法... 阅读全文

摘要： Spike-in Control：添加/加入（某种物质）的对照（组）在某些情况下，待检验样本中不含待测物质或者含有但是浓度很低，为了证明自己建立的方法能对样本中待测物质进行有效的检测，可在待检样本中加入一定量的待测物质（外标）来进行该方法检测能力的验证。有时，这种加入外标的物质，也可用作为阳性对照。请楼主结合具体的语言环境来确定准确的意思。以下是对楼下战友提供的wiki中关于RNA Spike-i... 阅读全文

摘要： Molecular Diversity of Midbrain Development in Mouse, Human, and Stem Cells 本文作者的官网：Ventral midbrain 顺便找到了：Download all the data and Python Notebooks from GitHub to reproduce the main figures. GitHub：... 阅读全文

摘要： 与之对应的是single cell RNA-Seq，后面也会有类似文章。 参考：https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作业：RNA-seq基础入门传送门 资料：RNA-seq Data Analysis-A Practical App 阅读全文

摘要： 参考： 诱导性多能干细胞 Induced pluripotent stem cell Induced Pluripotent Stem Cells: Problems and Advantages when Applying them in Regenerative Medicine Induced pluripotency: history, mechanisms, and applica... 阅读全文

摘要： 转自生信技能树微信公众号，作者果子 距离上次的承诺已经过去了1月，今天就来补上上回的坑。说实话，现在大部分公众号已经创作乏力，我估摸着已经1个月没有点开关注的公众号了，因为在上一个月我就发现，已经没有什么能够让我虎躯一震，要知道在以前我可是每天刷新，不断收藏的，要不然印象笔记里面也不会有1万多条笔记，以前不知道如何分享，权当做自己的精囊，写错了是锦囊，都是在师妹困难的时候发挥作用，而现在，微信允许... 阅读全文

摘要： 说来惭愧，居然没有在Linux安装R的经验，因为一直很少用R，用也是在win平台。 下载路径：https://cran.rstudio.com/src/base/R-3/ 强烈建议不要安装最新的R，除非你有特殊需求，否则你会遇到一大堆问题（加载动态库、包兼容性）。 package 'rhdf5' is not available (for R version 3.2.5) 版本太低也不好，一般选择... 阅读全文

摘要： mismatch到底只是一个碱基替换，还是也包括了插入缺失？ If two sequences in an alignment share a common ancestor, mismatches can be interpreted as point mutations and gaps as indels (that is, insertion or deletion mutations) ... 阅读全文

摘要： 什么是高通量测序技术中的多重测序？ 多重测序是指将带有特殊分子标签（barcode或者index）的不同来源的DNA标本，放入一个反应体系进行测序的方法。与一次检测一种来源的DNA相比,多重检测通过分子标签来区分不同的DNA标本，从而在提高测序的高效性的同时也确保测序的准确性。 人类个体的基因组是30亿个碱基对，即3Gb（3 giga base pairs，即3X109碱基对）。目前的高通量测序仪... 阅读全文

摘要： 自己电脑上还是有个自己的虚拟机比较方便，之前用的Ubuntu，发现卡得不行。 现在装了个轻量级的Lubuntu，速度提升了不少。 1.下载Lubuntu，安装。 2.进入，设置root密码，初始化root密码，sudo passwd 3.安装VM-tools，解压到指定目录，安装就好。perl vmware-install.real.pl 3.开启ssh，sudo apt-get install ... 阅读全文

摘要： C/C++的速度是Python和perl所无法比拟的，尤其对于处理超大的生物信息学文件来说。 最近在写一个最简单的fastq cut工具，Python简直慢到不能忍，8G的fastq.gz文件的cut需要6-7个小时，而C++则只需要15-20min，简直就不在一个量级。 当然，听说Python有个cpython机制，可以加快速度，但和纯C++还是有差距的。 C++的编译比较复杂，这里只能做个... 阅读全文

摘要： 基本格式 : * * * * * command 分　时　日　月　周　命令 第1列表示分钟1～59 每分钟用*或者 */1表示 第2列表示小时1～23（0表示0点） 第3列表示日期1～31 第4列表示月份1～12 第5列标识号星期0～6（0表示星期天） 第6列要运行的命令 crontab文件的一些例子： 30 21 * * * /usr/local/etc/rc.d/lightt... 阅读全文

摘要： 1.以前的方法如果是要获得程序运行的当前目录所在位置，那么可以使用os模块的os.getcwd()函数。如果是要获得当前执行的脚本的所在目录位置，那么需要使用sys模块的sys.path[0]变量或者sys.argv[0]来获得。实际上sys.path是Python会去寻找模块的搜索路径列表，sys.path[0]和sys.argv[0]是一回事因为Python会自动把sys.argv[0]加入s... 阅读全文