全栈生信 | PyMol使用教程

 

生信全栈，最后一栈肯定就是蛋白了，做到下游离不开蛋白。

• 机制：大部分机制其实就是PPI，你发现一个表型里重要的一个PPI，就是机制；
• 功能：定位了核心蛋白，一个最自然的问题就是蛋白的每个domain的功能是什么，想要成药最好知道蛋白结构；
• 药物：一旦知道蛋白结构，开发和优化药物就变得简单得多了，药物相关的分析就是下一个全栈了；

 

PyMol的定位是什么，一句话就是：蛋白结构的操作的工具箱，瑞士军刀，但本身没有什么高级的分析。

 

如果你要做结构预测，那就用alphafold

如果要做docking，就用其他工具

如果要做MD，也要有对应的工具

 

但做完任何结构的分析，最终都要导入到PyMol里进行分析，因为这个工具就是用来处理蛋白结构文件的。

 

PyMol提供命令行输入，类似SQL语句，非常适合批量操作，也很geek。

 

基本的选择，改变颜色

# 改变PyMol里SOX9某个片段的颜色
color red, SOX9 and resi 98-181

# 改变BAF里nuclesome的颜色
select baf_subunits, BAF and chain A+G+D+B+C+E+F+H
color grey, baf_subunits

select SOX9, SOX9_AF and chain A
color orange, SOX9

# 改变DNA颜色
select dna, resn DA+DT+DG+DC
color pink, dna

select B1, BAF and chain M
color green, B1

　　

改变显示方式

# BAF改为surface显示
show surface, BAF

color skyblue, BAF


set surface_quality, 1
set transparency, 0.2  # 让它稍微透明点


hide surface, dna
show cartoon, dna

save SOX9_BAF_B1.pse

　　

提取溶剂暴露区

# 溶剂暴露区
cmd.get_area("B1", load_b=1)
select exposed_residues, B1 and b > 20
color white, exposed_residues

# BAF 复合物表面中“可能用于结合”的区域
cmd.get_area("B1", load_b=1)
select surface_residues, B1 and b > 1
select exposed_protein, surface_residues and polymer.protein
color white, exposed_protein

save exposed_patch.pdb, exposed_protein

hide surface, B1
show cartoon, B1

# 提取保存蛋白序列
save exposed_patch.pdb, exposed_protein

　　

多序列比对

# Clustal Omega

#-------------------------------

select B1_DNA, dna or histones or B1
save B1_DNA.pdb, B1_DNA

　　

alphafold预测结构

-----

util.cbc

load alphafold/SMARCB1_FL_unrelaxed_alphafold2_multimer_v3_model_1_seed_000.pdb, alpha_B1
align B1, alpha_B1
super B1, alpha_B1

color red, alpha_B1
save B1_PDB_AlphaFold.pse

　　

神器的结构对其，非常有用

-------

# select chain
select B1, chain B
select SOX9, chain A

select true_B1, chain M

# aligh two B1 s
super B1, true_B1
align B1, true_B1

color red, SOX9

save first_trial_align_SOX9_B1.pse

select SOX9_HMG, SOX9 and resi 98-181

color blue, SOX9_HMG