测序中Q20 Q30 Q40

你能给别人讲清楚这个概念吗?

二代测序中,每测一个碱基会给出一个相应的质量值,这个质量值是衡量测序准确度的。碱基的质量值13,错误率为5%,20的错误率为1%,30的错误率为0.1%。行业中Q20与Q30则表示质量值≧20或30的碱基所占百分比。例如一共测了1G的数据量,其中有0.9G的碱基质量值大于或等于20,那么Q20则为90%。
        Q20值是指的测序过程碱基识别(Base Calling)过程中,对所识别的碱基给出的错误概率。
        质量值是Q20,则错误识别的概率是1%,即错误率1%,或者正确率是99%;
        质量值是Q30,则错误识别的概率是0.1%,即错误率0.1%,或者正确率是99.9%;
        质量值是Q40,则错误识别的概率是0.01%,即错误率0.01%,或者正确率是99.99%;

首先,碱基质量值是衡量测序质量的重要指标,质量值(Q)越高代表碱基被测错的概率(P)越小,其计算公式为Q=-10lgP。例如,Q20和Q30分别代表碱基被测错的概率为1%和1‰。Illumina官方一般以Q30作为评价标准,以目前最常用的HiSeq 2000平台2×100PE测序为例,Illumina官方保证大于80%碱基准确度达Q30,而千年基因在合同中严格保证大于85%碱基准确度达Q30。

总结:

测序时每个碱基都会有质量值,我们设定一个阈值:20或30,如果低于这个阈值就表示碱基基本是测序错误的碱基,对测序的每个碱基做统计,如果

测序时每个碱基都会有质量值,如碱基质量值为20则表示该碱基的错误率为,10^(20/(-10))=0.01=1%(根据Q=-10lgP计算)

行业中,为了评估下机reads测序的准确度,我们会评估Q20或Q30(及所有碱基质量值大于20或30所占的比例),一般合同中要严格保证Q30至少达到85%。

是不是明白了呢?

posted @ 2017-01-09 14:40  Life·Intelligence  阅读(33157)  评论(0编辑  收藏  举报
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