当前标签：分析工具

bcftools或vcftools提取指定区段或者多个指定位置的vcf文件（extract specified position ）

橙子牛奶糖 2018-06-22 14:47 阅读:20722 评论:0 推荐:0

vcf文件去除非变异的基因型（use GATK exclude nonvariant in vcf format,0|0,0/0）

橙子牛奶糖 2018-06-22 14:37 阅读:1484 评论:0 推荐:0

使用bcftools提取指定样本的vcf文件（extract specified samples in vcf format）

橙子牛奶糖 2018-06-22 10:21 阅读:12100 评论:2 推荐:0

利用SHAPEIT将vcf文件进行基因型（genotype）定相（phasing）：查看两个突变是否来源于同一条链（染色体或父本或母本），two mutations carried by the same read

橙子牛奶糖 2018-06-20 16:38 阅读:6582 评论:0 推荐:0

解决samtools报错：[main_samview] region "chr2:20,100,000-20,200,000" specifies an unknown reference name. Continue anyway.

橙子牛奶糖 2018-06-15 17:17 阅读:1854 评论:0 推荐:0

bcftools将vcf生成bgzip和index格式

橙子牛奶糖 2018-06-07 17:05 阅读:11165 评论:0 推荐:0

plink: 等位型计数（allele count）

橙子牛奶糖 2018-05-21 21:45 阅读:2072 评论:0 推荐:0

plink:ped格式转换为bed格式

橙子牛奶糖 2018-05-06 17:19 阅读:4159 评论:0 推荐:0

plink提取指定样本和指定SNP的数据（keep，extract函数）

橙子牛奶糖 2018-05-04 16:47 阅读:19231 评论:0 推荐:1

文献笔记：Genome-wide associations for birth weight and correlations with adult disease

橙子牛奶糖 2018-04-28 19:27 阅读:989 评论:0 推荐:1

snpeff注释变异（variants）

橙子牛奶糖 2018-04-27 15:13 阅读:1042 评论:0 推荐:0

plink格式文件转化为vcf文件（VCF versions convert）

橙子牛奶糖 2018-03-15 16:17 阅读:9381 评论:0 推荐:4

使用vcftools或者gcta计算群体间固定指数（Fixation index，FST）

橙子牛奶糖 2018-03-15 11:22 阅读:9542 评论:5 推荐:1

计算基因上外显子碱基覆盖度（exon coverage depth）：Samtool工具使用

橙子牛奶糖 2018-02-05 15:58 阅读:1353 评论:1 推荐:0

Methods for follow-up research of exome analysis：外显子后续分析研究思路总结

橙子牛奶糖 2017-12-20 14:09 阅读:795 评论:1 推荐:1

蛋白质结构模型和功能预测：Swiss-model工具的使用

橙子牛奶糖 2017-12-01 17:07 阅读:20586 评论:0 推荐:0

蛋白质结构模型和功能预测：I-TASSER工具的使用

橙子牛奶糖 2017-11-27 11:15 阅读:12800 评论:10 推荐:2

预测氨基酸替换的致病性及分子机制：MutPred工具的使用

橙子牛奶糖 2017-11-22 17:27 阅读:2316 评论:6 推荐:0

plink, vcftool计算等位基因频率（allele frequency，vcf）

橙子牛奶糖 2017-09-20 23:17 阅读:19178 评论:4 推荐:0

解决跑twoBitToFa时出现“/admin/exe/linux.x86_64/twoBitToFa: Permission denied”的问题

橙子牛奶糖 2016-12-27 18:43 阅读:474 评论:0 推荐:0