当前标签：分析工具

SNPEFF提取vcf指定的染色体和位置（position）, SNP位点

橙子牛奶糖 2019-09-10 09:34 阅读:2333 评论:0 推荐:0

查询、下载GWAS目录数据的R包(gwasrapidd)

橙子牛奶糖 2019-08-28 21:26 阅读:3153 评论:0 推荐:1

LD SCore计算基因多效性、遗传度、遗传相关性(the LD Score regression intercept, heritability and genetic correlation)

橙子牛奶糖 2019-08-08 15:21 阅读:9444 评论:36 推荐:2

基因型数据正负链怎么翻转(snp flip)

橙子牛奶糖 2019-07-30 17:16 阅读:2164 评论:2 推荐:2

有相关性就有因果关系吗，教你玩转孟德尔随机化分析（mendelian randomization ）

橙子牛奶糖 2019-07-22 11:01 阅读:20097 评论:0 推荐:2

一行命令学会全基因组关联分析(GWAS)的meta分析

橙子牛奶糖 2019-05-23 16:09 阅读:6908 评论:2 推荐:3

plink修改正负链(--flip, change the positive and negative stand)

橙子牛奶糖 2019-05-21 10:25 阅读:1160 评论:0 推荐:2

GWAS: 网页版的基因型填充（genotype imputation）

橙子牛奶糖 2019-05-08 10:15 阅读:3266 评论:7 推荐:1

GWAS后续分析：多基因风险评分(Polygenic Risk Score)的计算

橙子牛奶糖 2019-04-11 10:59 阅读:18540 评论:1 推荐:3

GWAS：拒绝假阳性之case和control数量比例严重失衡的解决方案（SAIGE模型的应用）

橙子牛奶糖 2019-04-02 11:49 阅读:4264 评论:7 推荐:3

GWAS后续分析：LocusZoom图的绘制

橙子牛奶糖 2019-03-25 16:13 阅读:10613 评论:9 推荐:1

GWAS群体分层 (Population stratification)：利用plink对基因型进行PCA

橙子牛奶糖 2019-03-06 17:07 阅读:9980 评论:2 推荐:2

GWAS: 曼哈顿图，QQ plot 图，膨胀系数（ manhattan、Genomic Inflation Factor）

橙子牛奶糖 2019-01-25 11:27 阅读:18809 评论:18 推荐:2

shapeit提取或去除指定SNP和样本（shapeit extract or exclude SNP, sample）

橙子牛奶糖 2019-01-17 18:07 阅读:1298 评论:0 推荐:1

plink合并文件并更新SNP位置（merge file, update SNP position）

橙子牛奶糖 2019-01-16 11:49 阅读:10828 评论:8 推荐:1

GWAS分析基本流程及分析思路

橙子牛奶糖 2018-12-17 10:02 阅读:41053 评论:9 推荐:4

用popart构建常染色体单倍型网络（Autosomal haplotypes network construction with popart）

橙子牛奶糖 2018-10-30 19:22 阅读:6806 评论:4 推荐:0

使用bedtools提取vcf多个位置的变异（extract multi-region of genotypes by bedtools）

橙子牛奶糖 2018-07-25 22:49 阅读:4338 评论:0 推荐:0

将vcf文件转化为plink格式并且保持phasing状态

橙子牛奶糖 2018-07-08 14:31 阅读:2773 评论:0 推荐:0

bcftools 或 gatk 或 vcf-merge 或 plink 合并vcf文件

橙子牛奶糖 2018-07-06 15:10 阅读:5741 评论:5 推荐:2