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KEGG富集分析散点图.md

输入数据格式 pathway = read.table("kegg.result",header=T,sep="\t") pp = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway)) Pathwy是ID,richFactor是富集的基因数目除以背景的基因数目 改变点的大小 ...

raisok 发布于 2019-06-13 08:37 评论(0)阅读(78)
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画相关性热图

数据格式如下 Sample CM11 CM12 CM13 CM21 CM22 CM23 CM31 CM32 CM33 CM11 1 0.9627369 0.9884578 0.9841946 0.9762492 0.983613 0.9575127 0.743262 0.6178 CM12 0.96 ...

raisok 发布于 2019-06-12 16:24 评论(0)阅读(49)
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链家广州二手房的数据与分析——爬取数据

之前在博客分享了利用 R 和 rvest 包爬虫的基础方法。现在就来实战一下:爬取链家网广州 40,000+ 套二手房的数据。 之前在 "Web Scraping with R" 说过的爬虫方法在这篇中就不在赘述了。这里就分享怎么样爬取网站中翻页的数据。 Web Scraping across Mu ...

yukiwu 发布于 2019-06-07 11:27 评论(0)阅读(104)
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Web Scraping with R: How to Fill Missing Value (爬虫:如何处理缺失值)

网络上有大量的信息与数据。我们可以利用爬虫技术来获取这些巨大的数据资源。 这次用 IMDb 网站的 "2018年100部最欢迎的电影" 来练练手,顺便总结一下 R 爬虫的方法。 Preparation 感谢 Hadley Wickham 大大,我们有 包可以用。因此爬虫前先安装并加载 包。 Down ...

yukiwu 发布于 2019-06-05 13:00 评论(0)阅读(42)
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Rust所有权语义模型

编程语言的内存管理,大概可以分为自动和手动两种。 自动管理就是用 GC(垃圾回收)来自动管理内存,像 Java、Ruby、Golang、Elixir 等语言都依赖于 GC。而 C/C++ 却是依赖于手工管理内存,程序员使用 malloc 和 free 函数来分配释放内存。 GC技术经过这么多年的发展 ...

tiana_Z 发布于 2019-06-04 14:42 评论(0)阅读(20)
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Word Cloud (词云) - R

在前面已经陆续总结了如何用 "Python" 和 "JavaScript" 创建词云了,今天要说的是 R。其实 SPSS 和 SAS 的 Word Cloud 扩展模板都是基于 R 实现的。 Create Word Cloud via R 1) 准备文本。 我们再…再次使用上次保存的 Word Cl ...

yukiwu 发布于 2019-06-02 18:18 评论(0)阅读(19)
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数据框筛选特定的子集

a=read.table(file = "H_V75_ENSG,T,P_type-mart_export.txt",header = TRUE,sep = "\t")#以数据框格式读取原文件pro_cod=a[a$Gene.Biotype=="protein_coding",]#筛选出数据框中第四列 ...

杜泽乾 发布于 2019-05-31 10:51 评论(0)阅读(42)
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R数据分析(一)

R语言特点: 主要用于统计分析、图表显示。 属于解释型语言。支持模块化编程。 应用:数据科学、统计计算、机器学习 学习方法: 做笔记,记重点或者心得 手动实践,加深理解 坚持练习,利用身边数据进行应用分析 理解扩展包和函数背后的原理 运行R语言的三种方式: 在console中执行交互式命令(用于比较 ...

程霜灵 发布于 2019-05-13 20:57 评论(0)阅读(115)
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R语言dataframe的常用操作总结

前言:近段时间学习R语言用到最多的数据格式就是data.frame,现对data.frame常用操作进行总结,其中函数大部分来自dplyr包,该包由Hadley Wickham所作,主要用于数据的清洗和整理。 一、创建 data.frame创建较为容易,调用data.frame函数即可。本文创建一个 ...

HuskySir 发布于 2019-05-09 22:44 评论(0)阅读(1112)
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解决新版本R3.6.0不能加载devtools包问题

首先是看到下面这个文章想试着练习一下,结果第一步就卡住了,无法加载devtools包,繁体字都冒出来了......汗!(没有截图,但过程痛苦不堪~) https://www.sohu.com/a/122630261_468636 在网上遍寻不着此题的答案,但根据热心网友的回答,我大概懂了一点里面的门 ...

lynnPP 发布于 2019-05-01 23:21 评论(0)阅读(680)
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D02-R语言基础学习

R语言基础学习——D02 20190423内容纲要: 1、前言 2、向量操作 (1)常规操作 (2)不定长向量计算 (3)序列 (4)向量的删除与保留 3、列表详解 (1)列表的索引 (2)列表得元素属性 (3)更改列表元素 (4)删除列表元素 (5)合并两个列表 (6)将列表转换为向量 4、推荐 ...

m1racle 发布于 2019-04-23 00:13 评论(0)阅读(177)
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Patchwork(2013年)--CNV检测方法流程

文章题目:Patchwork: allele-specific copy number analysis of whole-genome sequenced tumor tissue 特点: 可以检测配对样本,也可以检测带reference的tumor样本。但是没有考虑肿瘤异质性问题。使用DNAco ...

luxliy 发布于 2019-03-15 09:44 评论(0)阅读(143)
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R语言入门 :基本数据结构

关于R语言基本数据结构的简要学习(向量、矩阵、数组、数据框、列表) ...

HuskySir 发布于 2019-03-14 14:25 评论(0)阅读(283)
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R语言读入数据库的中英名词互译测试并计分脚本(考试用)

1. 分子生物学中英文.csv,输入文件,两列,以tab键分隔的txt文本,没有列名 2. 错误的名解.csv, 如果在测试中拼写错误,会写出到这个文件,可用这个容易犯错的名词进行新的测试 3. 注意加载data.table包,因为R语言readline函数,使用脚本不能很好交互,暂时只能在R交互模 ...

ywliao 发布于 2019-03-08 21:00 评论(0)阅读(143)
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相关不是因果,哪又是啥?

[TOC] 近期广泛阅读券商关于 宏观高频数据 的研报,发现了两点不足: 就研究手段而言,比较粗放,普遍停留在仅仅比较数据相关系数的层面; 就理论高度而言,很少探讨数据背后的因果关联。 不过有些理念先进的券商团队已经开始从 产业链传导 的角度试图细致的描述数据间的关联,这正好契合了下面这篇文章的核心 ...

xuruilong100 发布于 2019-02-25 23:17 评论(0)阅读(214)
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在 R 中估计 GARCH 参数存在的问题(基于 rugarch 包)

[toc] 在 R 中估计 GARCH 参数存在的问题(基于 rugarch 包) 本文翻译自《Problems in Estimating GARCH Parameters in R (Part 2; rugarch)》 原文链接:https://ntguardian.wordpress.com/ ...

xuruilong100 发布于 2019-02-19 23:25 评论(0)阅读(397)
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RxJS 实现摩斯密码(Morse) 【内附脑图】

参加 2018 ngChina 开发者大会,特别喜欢 Michael Hladky 奥地利帅哥的 RxJS 分享,现在拿出来好好学习工作坊的内容(工作坊Demo地址),结合这个示例,做了一个改进版本,实现更简洁,逻辑更直观。 一、摩斯密码是什么? 了解者可跳过次章节 摩斯密码(Morse),是一种时 ...

Worktile 发布于 2019-02-19 11:15 评论(0)阅读(91)
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R语言的数据输入

既然了解了R语言的基本数据类型,那么如何将庞大的数据送入R语言进行处理呢?送入的数据又是如何在R语言中进行存储的呢?处理这些数据的方法又有那些呢?下面我们一起来探讨一下。 首先,数据输入最直接最直观的方法就是键盘输入,在上面几篇都已经讲到,利用c创建向量,利用matrix创建矩阵,利用data.fr ...

ZhiboZhao 发布于 2019-01-31 17:05 评论(0)阅读(344)
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R 语言的Dataframe常用操作

上节我们简单介绍了Dataframe的定义,这节我们具体来看一下Dataframe的操作 首先,数据框的创建函数为 data.frame( ),参考R语言的帮助文档,我们来了解一下data.frame( )的具体用法: 当然,后面还有很多参数的具体用法,在此不做一一赘述,主要用到的就是前两个。首先, ...

ZhiboZhao 发布于 2019-01-31 11:36 评论(0)阅读(1191)
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R 脚本读取汇总 Excel 表格数据

用 xlsx 和 rJava 包,打开 Excel 文件,读取各表格数据,再写入到汇总表 ...

韭白 发布于 2019-01-25 12:04 评论(2)阅读(301)