asaca_r - 博客园

转录组分析（八）：文献复现——比对

摘要：软件准备 # hisat2安装 conda install hisat2 -y hisat # perl环境报错 conda install -c conda-forge perl=5.26.2 -y 问题：Perl模块Fcntl的共享库Fcntl.so无法加载，原因是未定义符号Perl_newSV 阅读全文

posted @ 2025-12-21 03:06 asaca_r 阅读(6) 评论(0) 推荐(0)

转录组分析（七）：数据准备——参考基因组、基因注释、gtf格式转换（gffread）

摘要：三、下载参考基因组常用参考基因组数据库： Ensembl（人、动物）：https://ftp.ensembl.org/pub/ EnsemblGenomes（植物、细菌、真菌、其他）：https://ftp.ensemblgenomes.org/pub/ NCBI：https://ftp.ncbi 阅读全文

posted @ 2025-12-20 20:10 asaca_r 阅读(47) 评论(0) 推荐(0)

转录组分析（六）：数据准备——样本信息表

摘要：二、准备样本信息表将测序文件重命名为更易理解的编号 1. excel上完成（1）将run selector表格复制到excel，保留有用的列（2）使用CONCAT合并字符串 2. linux命令生成（1）样本名生成 # bash shell脚本 # 两组，每组4个时期，3个重复 for pr 阅读全文

posted @ 2025-12-20 19:57 asaca_r 阅读(5) 评论(0) 推荐(0)

转录组分析（五）：测序数据批量下载（RNA-Seq）

摘要：准备数据（一）测序数据（.fastq）：测序公司数据或从数据库下载（二）数据信息表（sample.txt）：每一个样本名称、所属分组、存储路径（三）参考基因组序列（genome.fasta）、基因注释（genes.gtf）、蛋白序列（proteins.fasta）一、下载测序数据（RNA-S 阅读全文

posted @ 2025-12-15 02:40 asaca_r 阅读(11) 评论(0) 推荐(0)

转录组分析（四）：文献分析思路

摘要：文献名称：Transcriptome analysis of an apple (Malus × domestica) yellow fruit somatic mutation identifies a gene network module highly associated with anth 阅读全文

posted @ 2025-12-15 02:39 asaca_r 阅读(18) 评论(0) 推荐(0)

转录组分析（三）：常用数据库、工具

摘要：（1）原始数据：SRA （2）表达数据库：GEO 芯片测序 GEO RNA-Seq数据挖掘工具：GREIN （3）肿瘤数据库：TCGA 表达变异甲基化（4）人各组织表达数据库：GTEx 基于TCGA和GTEx的数据挖掘工具：GEPIA2 阅读全文

posted @ 2025-12-15 02:39 asaca_r 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)

转录组分析（二）：差异表达分析、功能分析、表达验证

摘要：一、差异表达分析：找关键样本和关键基因 1. 差异表达分析哪些基因在两组样本中有明显表达差异？【获得基因集合】（1）差异表达基因筛选 FC：fold change，>1上调，<1下调log2FC：>0上调，<0下调差异表达基因组内差异小，组间差异大筛选条件： Padj＜0.05 |log2F 阅读全文

posted @ 2025-12-15 02:39 asaca_r 阅读(51) 评论(0) 推荐(0)

转录组分析（一）：比对、表达定量、标准化

摘要：一、准备 1. 三张表：样本特征信息、表达矩阵、基因注释信息 2. 表达矩阵获得方法：表达芯片：敏感度低、范围小、只检测已知转录本、低成本 RNA-seq：二、测序数据标准分析：获得表达矩阵 1.spliced alignment比对（1）比对到基因组将转录本（RNA）比对到参考基因组（D 阅读全文

posted @ 2025-12-15 02:38 asaca_r 阅读(44) 评论(0) 推荐(0)

（六）日志文件报错信息保存、后台运行、查看进程、别名

摘要：一、日志文件日志文件是运行程序时屏幕打印出来的东西。 # 一、分离输出。1可以省略 sh run.sh 1>run.log 2>run.err //1是标准输出，2是错误输出命令 > output.txt 2> error.txt # 二、合并输出 sh run.sh 1>run.log 2>& 阅读全文

posted @ 2025-12-12 14:32 asaca_r 阅读(3) 评论(0) 推荐(0)

GROMACS 2025.4安装（非root用户）

摘要：一、准备条件 centos7只能安装24年miniconda，再升级 1. 安装最新版本的C和C++编译器。 conda activate conda install -c conda-forge cxx-compiler c-compiler 2. CMake 3.28或更高版本。 conda i 阅读全文

posted @ 2025-12-10 20:50 asaca_r 阅读(6) 评论(0) 推荐(0)