摘要：
参考文献： Cohen, Lianne B et al. “A genome-wide survey reveals a diverse array of enhancers coordinate the Drosophila innate immune response.” bioRxiv : t 阅读全文
posted @ 2026-02-01 16:20
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摘要：
安装软件 # 安装snakemake mamba install snakemake # 安装流程PeakSnake git clone http://git.genek.cn:3333/zhxd2/PeakSnake.git cd PeakSnake # 下载用到的软件 wget http://f 阅读全文
posted @ 2026-01-12 19:15
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软件准备 # hisat2安装 conda install hisat2 -y hisat # perl环境报错 conda install -c conda-forge perl=5.26.2 -y 问题：Perl模块Fcntl的共享库Fcntl.so无法加载，原因是未定义符号Perl_newSV 阅读全文
posted @ 2025-12-21 03:06
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摘要：
三、下载参考基因组 1.常用参考基因组数据库： Ensembl（人、动物）：https://ftp.ensembl.org/pub/ EnsemblGenomes（植物、细菌、真菌、其他）：https://ftp.ensemblgenomes.org/pub/ NCBI：https://ftp.nc 阅读全文
posted @ 2025-12-20 20:10
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摘要：
二、准备样本信息表 将测序文件重命名为更易理解的编号 1. excel上完成 （1）将run selector表格复制到excel，保留有用的列 （2）使用CONCAT合并字符串 2. linux命令生成 （1）样本名生成 # bash shell脚本 # 两组，每组4个时期，3个重复 for pr 阅读全文
posted @ 2025-12-20 19:57
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摘要：
准备数据 （一）测序数据（.fastq）：测序公司数据或从数据库下载 （二）数据信息表（sample.txt）：每一个样本名称、所属分组、存储路径 （三）参考基因组序列（genome.fasta）、基因注释（genes.gtf）、蛋白序列（proteins.fasta） 一、下载测序数据（RNA-S 阅读全文
posted @ 2025-12-15 02:40
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文献名称：Transcriptome analysis of an apple (Malus × domestica) yellow fruit somatic mutation identifies a gene network module highly associated with anth 阅读全文
posted @ 2025-12-15 02:39
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（1）原始数据：SRA （2）表达数据库：GEO 芯片 测序 GEO RNA-Seq数据挖掘工具：GREIN （3）肿瘤数据库：TCGA 表达 变异 甲基化 （4）人各组织表达数据库：GTEx 基于TCGA和GTEx的数据挖掘工具：GEPIA2 阅读全文
posted @ 2025-12-15 02:39
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一、差异表达分析：找关键样本和关键基因 1. 差异表达分析 哪些基因在两组样本中有明显表达差异？【获得基因集合】 （1）差异表达基因筛选 FC：fold change，>1上调，<1下调log2FC：>0上调，<0下调 差异表达基因组内差异小，组间差异大 筛选条件： Padj＜0.05 |log2F 阅读全文
posted @ 2025-12-15 02:39
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一、准备 1. 三张表：样本特征信息、表达矩阵、基因注释信息 2. 表达矩阵 获得方法： 表达芯片：敏感度低、范围小、只检测已知转录本、低成本 RNA-seq： 二、测序数据标准分析：获得表达矩阵 1.spliced alignment比对 （1）比对到基因组 将转录本（RNA）比对到参考基因组（D 阅读全文
posted @ 2025-12-15 02:38
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