asakarum

摘要： [Chennan01@login ~]$ Trinity /data1/home/Chennan01/miniforge3/bin/Trinity: Perl lib version (5.26.2) doesn't match executable '/data1/home/Chennan01/m 阅读全文

摘要： 1. 基因组序列换行 seqtk seq -l 60 ori_genome.fa genome.fa 2. 基因注释gff转换为gtf gffread -T -o genes.gtf genes.gff3 3. 判断基因注释水平 # -c表示打印匹配的行数 grep -c "gene" gene.m 阅读全文

摘要： mamba create -n str python=3.7 how_are_we_stranded_here mamba activate str mamba env export >check_strandness.yaml mamba deactivate mamba env remove - 阅读全文

摘要： 数据准备：（1）测序数据（2）参考基因组的DNA序列、基因注释、蛋白序列 #预处理 # 序列：一条序列推荐60或80个碱基一行 seqtk seq -l 60 genome.fa genome-60.fa # 基因注释：gff转gtf gffread -T -o genes.gtf genes.gf 阅读全文

摘要： singularity build --sandbox how_are_we_stranded_here ubuntu_22.04.sif singularity shell -w -f how_are_we_stranded_here/ apt-get update apt-get install 阅读全文

摘要： 集群资源使用情况 qstat -Q # 查看所有队列名和使用情况 qstat -Qf small_q # 队列具体资源分配 pbsnodes -a # 查看所有节点使用情况 一、test1-snakemake7-基本逻辑 当前目录含有Snakefile、raw_data（放测序数据），在当前目录下运 阅读全文

摘要： 不用创建文件夹，跑过的文件不会重新再跑一遍 1.跑流程主要文件 snakefile：流程 config.yaml：流程的配置文件 env.yml：环境配置 2.通过导入导出conda环境快速部署 # 1.下载mambaforge wget https://github.com/conda-forge 阅读全文

摘要： # 1.使用 fastp 质控 mamba install -c bioconda fastp fastp -i raw_data/Cs1_rep1_1.fastq.gz \ -I raw_data/Cs1_rep1_2.fastq.gz \ -o clean_data/Cs1_rep1_1.fas 阅读全文

摘要： 检索“singularityCE”，不想折腾建议安装singularity3.8版本 安装singularity需要root，构建容器需要root或fakeroot，运行则不用 一、制作镜像（使用conda）=763m 最终制作的镜像较大 1.下载基础镜像 检索“singularity librar 阅读全文

摘要： 参考文献： Cohen, Lianne B et al. “A genome-wide survey reveals a diverse array of enhancers coordinate the Drosophila innate immune response.” bioRxiv : t 阅读全文