GROMACS 2025.4安装（非root用户）

一、准备条件

centos7只能安装24年miniconda，再升级

1. 安装最新版本的C和C++编译器。

conda activate
conda install -c conda-forge cxx-compiler c-compiler

2. CMake 3.28或更高版本。

conda install cmake

3. 安装

tar -xvf gromacs-2025.4.tar.gz
cd gromacs-2025.4
mkdir build
cd build
# 指定安装目录，后面就不用sudo
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/data1/home/Chennan01/software/gromacs
make
make check
sudo make install
source /data1/home/Chennan01/software/gromacs/bin/GMXRC

4. mpi跨节点计算[可选]

# （1）到openmpi下载，https://www.open-mpi.org/
tar -xvf openmpi-5.0.9.tar.gz
cd openmpi-5.0.9/

# （2）构建
./configure --prefix=/data1/home/Chennan01/software/openmpi
    //报错：configure: error: Could not run a simple Fortran program.  Aborting.
    conda activate
    conda install gfortran -c conda-forge
    conda deactivate

# （3）编译
make -j4

# （4）安装
make install

5. 安装

tar -xvf gromacs-2025.4.tar.gz
cd gromacs-2025.4
mkdir build
cd build

cmake .. -DGMX_MPI=on -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/data1/home/Chennan01/software/gromacs2
//多了一个mpi选项

make -j4
make check -j6 
make install
source /data1/home/Chennan01/software/gromacs2/bin/GMXRC