2026年1月20日
scBert的输入是什么?怎么构造的，有例子吗？
摘要： scBert的输入是什么?怎么构造的，有例子吗？ 1. scBERT 的输入是什么？ scBERT 的输入是单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）数据中单个细胞的基因表达谱。 原始数据形式：原本是连续变量，代表单个细胞中数万个基因的表达水平。 序列长度：由于使用了 Performer 架构，sc 阅读全文
posted @ 2026-01-20 18:28 ylifs 阅读(57) 评论(0) 推荐(0)
多模态Transformer模型联合学习序列与多组学模态 行业进展如何？
摘要： 通过训练Transformer模型整合多种组学数据类型，可利用注意力机制与跨模态表示，弥合不同数据模态之间的鸿沟，如DNA序列、RNA谱型(单细胞RNA测序)、染色质可及性(单细胞ATAC测序)和蛋白质组学。 为此，多项研究已基于单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序谱型训练Transformer模型 阅读全文
posted @ 2026-01-20 00:37 ylifs 阅读(47) 评论(0) 推荐(0)
scRNA-seq数据是什么？
摘要： scRNA-seq（单细胞转录组测序）是目前生物医学领域最核心的数据类型之一，而将 Transformer 应用于该数据是近年来的重磅技术突破（如 scBERT, scGPT, Geneformer 等）。 以下为你深度拆解 scRNA-seq 数据的本质，以及主流 Transformer 模型是如 阅读全文
posted @ 2026-01-20 00:11 ylifs 阅读(109) 评论(0) 推荐(0)
scATAC-seq是什么?
摘要： 第一部分：什么是 scATAC-seq？ 全称：Single-cell Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing 核心通俗理解：它是给单细胞做“X光片”，看细胞核里的 DNA 哪里是“松弛”的（开放的），哪里是“缠绕”的（ 阅读全文
posted @ 2026-01-20 00:07 ylifs 阅读(162) 评论(0) 推荐(0)
2026年1月19日
当两个分布的0值具有特殊物理意义，怎么进行对齐 ?
摘要： 通常，当数据的 0值具有特殊物理意义（例如：0表示无反应，正负表示相反的效果）时，我们不能简单地进行全局缩放，因为那可能会导致0点漂移。 需要以 0 为锚点，分别拉伸： 负半轴部分：将蛋白质的负值最小值（Lower Bound）拉伸至 DNA 的负值最小值。 正半轴部分：将蛋白质的正值最大值（Upp 阅读全文
posted @ 2026-01-19 23:37 ylifs 阅读(16) 评论(0) 推荐(0)
2026年1月13日
集群卡顿分析
摘要： 分析CPU的占用 htop 分析存储服务器的占用 nfsiostat 1 如果像这样读写都非常高，一旦存储服务器无法处理这种吞吐量，就会造成卡顿。 分析当前目录的占用 du -h --max-depth=1 阅读全文
posted @ 2026-01-13 16:31 ylifs 阅读(8) 评论(0) 推荐(0)
2026年1月11日
1.11-Actons
摘要： 食物 看评论吃了一家附近的热卤，确实非常好吃。 吃了路边一个蒸粉，也是非常好。 科研 进行了消融实验了，在ProteinGym验证了当前策略的有效性，具体而言，cosmic还好，但是ProteinGym数据集的性能差得太远。 四个数据集都进行了测试 ClinVar的效果最好，sota。 Cosmic 阅读全文
posted @ 2026-01-11 18:51 ylifs 阅读(13) 评论(0) 推荐(0)
2026年1月8日
国产ARM服务器使用排雷
摘要： 这类吃补贴的属于非商业，特别难用，一定要找文档。 根据文档，成功激活使用pytorch #!/bin/bash nvidia-smi module load miniforge3/24.1 source activate py310-torch240 python gpu.py sh train_c 阅读全文
posted @ 2026-01-08 21:11 ylifs 阅读(14) 评论(0) 推荐(0)
2025年12月31日
非编码变异一般不会影响转录的蛋白质的结果，那这种情况下它是怎么构成致病的呢
摘要： 传统的遗传学研究大多集中在外显子（编码蛋白质的区域），因为那里的变异会直接改变蛋白质的“图纸”。 然而，人体基因组中只有约 1.5% 是编码区的，剩下的 98.5% 曾被认为是“垃圾 DNA”。现在我们知道，这些非编码区就像是细胞内的“精密控制系统”。即使蛋白质的“图纸”（序列）没变，但如果“施工时 阅读全文
posted @ 2025-12-31 00:16 ylifs 阅读(54) 评论(0) 推荐(0)
2025年12月28日
Z分布转换
摘要： ## 分布转换！！ import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt import seaborn as sns from scipy.stats import norm import os def Dist 阅读全文
posted @ 2025-12-28 20:29 ylifs 阅读(17) 评论(0) 推荐(0)