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摘要： 引言 近年来，以GPT-4为代表的基础模型（Foundation Models），或称大语言模型（LLMs），通过在海量文本数据上进行自监督预训练，学会了理解和生成人类语言的强大能力，并彻底改变了自然语言处理领域。这一成功范式迅速启发了其他科学领域的研究者。如果将DNA序列——这段由A, T, C, 阅读全文

摘要： conda activate evo2 cd ~/evo2_contrast_enhanced/notebooks/clinvar/utils CUDA_VISIBLE_DEVICES=1,2 python evo2run.py 根据需要修改 或者是nohup conda activate evo2 阅读全文

摘要： 简单而言就是 pos要少一位数 pos=row["pos"]-1 seq = genome[chrom][pos] from pyensembl import EnsemblRelease from pyfaidx import Fasta ensembl = EnsemblRelease(110) 阅读全文

摘要： 版本选择 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Windows-x86_64.exe 直接选择最新版本即可。 自动配置环境变量 一点要选择Just me才能自动配置环境变量！！ 重装前要删除 阅读全文

摘要： 核心记忆口诀：“正常叙述用正体，特殊对象用斜体，标题重点可加粗” 一、什么时候用 正体 ？ 正体就是默认字体，是论文的“正文”。 简单说：除了下面提到的“特殊情况”，其他所有文字都用正体。 必须用正体的常见情况： 论文的绝大部分文字：摘要、引言、章节正文、结论、致谢等。 单位符号：kg（千克）、s（ 阅读全文

摘要： 情景 存在一个Linux服务器，只开放22端口。通过ssh转发将服务转发到中转服务器。 命令 ssh -L 0.0.0.0:8888:localhost:80 liuyang@172.24.52.208 -p 22 nohup sudo autossh -M 0 -o "ServerAliveInt 阅读全文

摘要： import builtins import sys # 保存原始的print函数 original_print = print # 重写print函数 def new_print(*args, **kwargs): # 调用原始print函数输出到控制台 original_print(*args, 阅读全文

摘要： https://github1s.com/lucaone/LucaOne/blob/master/src/models/lucaone_gplm.py LucaOne模型架构详解 LucaOne是一个统一的基因-蛋白质多模态基础模型，其架构设计体现了对生物序列本质的深刻理解。模型的核心目标是打破基因 阅读全文

摘要： https://github1s.com/lucaone/LucaOne/blob/master/src/models/alphabet.py#L1-L205 通过定义词汇表，就能输入蛋白质或者DNA。 这段代码定义了 LucaOne模型的词汇表系统(Alphabet类)，是模型处理不同生物分子序列 阅读全文

摘要： 多线程用于IO、网络请求等地方，只要不是CPU密集型，都可以直接使用多线程。 线程锁在代码中发挥着关键的保护作用，让我详细解释它的工作原理： 锁的作用机制 1. 基本工作原理 with lock: if ensp_id in ensp_to_seq: return True 执行流程： 线程A进入w 阅读全文