庐州月光

摘要： KEGG, 简称京都基因组百科全书，包含了许多的数据库，对于研究基因功能来说，KEGG orthology 数据库是最基本的一个数据库； KEGG Orthology 简称KO, 对于每个功能已知的基因，会把和其同源的基因所有基因都归为一类，就是每一个KO, 并赋予一个K number, 用该基因的 阅读全文

摘要： 通过PIL库提供的API接口可以很方便的处理图像，功能十分强大； 最近有一个替换png背景色的需求，替换背景色的同时又不能够覆盖原来的文字，之前利用perl 的CD 模块一直没能够正确处理，最终用PIL 成功的解决了问题 思路就是读取一个文件中的像素点，把背景色对应的像素点全部替换成新的颜色就可以了 阅读全文

摘要： GO是一个同源蛋白的数据库，按照三大类别BP(生物学过程), MF(分子功能), CC(细胞组分) 对基因的产物-蛋白质进行了分类； 在GO数据库中，本质上是一个有向无环图的数据结构，在三大类别之下，又有小的分类层级，一层一层的分类下去； 对于某个具体的GO号来说，代表了一组同源蛋白，拥有相似的结构 阅读全文

摘要： Graphviz 是一款开源的，免费的图结构的可视化软件，只需要描述清楚图中的顶点，边的信息，Graphviz 可以自动化的对图进行布局，生成对应的图片； Graphviz 采用DOT 的这种语言来描述图中的信息； 对于图这种数据结构来说，分为有向图和无向图，本质就是图中两个节点之间的关系有没有方向 阅读全文

摘要： 定义：融合基因是指两个或者多个基因联合起来，一起转录形成一个转录本； 检测的意义：融合基因可以作为某些疾病的特异分子标记，比如 bcr/abl融合基因存在于95%以上的慢性粒细胞白血病患者中； AML1/ETO融合基因主要见于急性粒细胞白血病部分分化型患者中； CBFβ/MYH11融合基因是M4Eo 阅读全文

摘要： 嵌合体序列由来自两条或者多条模板链的序列组成，示意图如下： 在PCR反应中，在延伸阶段，由于不完全延伸，就会导致嵌合体序列的出现，以上图为例， 在扩增序列X的过程中，在序列延伸阶段，只产生了部分X序列延伸阶段就结束了，在下一轮的PCR反应中，这部分序列作为序列Y的引物接着延伸，扩增就会形成X和Y的嵌 阅读全文

摘要： seqtk 是一款针对fasta/fastq 文件进行处理的小程序，有很多的功能，速度很快，很方便； 源代码：https://github.com/lh3/seqtk 安装： git clone https://github.com/lh3/seqtk cd seqtk make 测试： seqtk 阅读全文

摘要： cutadapt 是一款质量过滤的软件， 它可以删除adapter, primer. polyA尾等序列；也可以用来去除低质量序列 源代码： https://github.com/marcelm/cutadapt/ 官方文档：http://cutadapt.readthedocs.org/en/st 阅读全文

摘要： 如果要将数组从小到大排列，简单选择排序的过程是首先从数组中选一个最小的元素放到第一位； 然后从剩下的元素中在选一个最小的元素，放到第二位，依次类推 阅读全文

摘要： 冒泡排序的核心是判断两个相邻元素的位置是否和要求的一致，如果不一致，交换相邻元素的位置 阅读全文