庐州月光

摘要： 在数据分析中，经常需要下载物种的参考基因组序列，这时有很多数据库可以选择，比如NCBI, Ensembl, UCSC这三个通用的数据库，或者该物种特有的数据库， 比如模式生物拟南芥等有专门的数据库。 在NCBI, Ensembl 和 UCSC中对于同一个物种，编号不统一，在这里整理一下它们之间的关系 阅读全文

摘要： circos可以用来绘制圈图，能够对染色体上的数据进行可视化，首先需要一个染色体的文件 染色体的文件如下，每列之间空格分隔 chr - chr1 1 0 227556264 chr1 chr - chr2 2 0 192460366 chr2 chr - chr3 3 0 192294377 chr 阅读全文

摘要： 今天看到一个perl面向对象编程的例子，充分体现了如何对数据进行封装；自己模仿写一个读取配置文件的例子, 配置文件的内容如下samtools_binary = /usr/bin/samtools用=分隔，保存了每个软件可执行文件的绝对路径;下面用perl 模块进行配置文件的读取, 模块名为confi... 阅读全文

摘要： 今天用cummeRbund 对cuffdiff的结果进行可视化， 一直报错，之前跑的好好的，找了半天原因， 原来出现在read.table这个函数上；read.table有一个参数check.names , 其默认值为TRUE,它会自动将变量名转换成唯一的字符型向量其通过调用make.names函数... 阅读全文

摘要： 今天需要在perl中实现一个字母表， 总不能把26个字母一个一个写出来，于是查资料，可以利用ascii码转换把数字转换成对应的字母chr函数可以利用ascii编码把数字转换成对应的字母perl -e 'print map {chr} 65..91;' 阅读全文

摘要： perl的文件句柄不仅支持普通文件， 还支持管道，今天需要统计一个fastq文件中的序列数和碱基数，而NGS的fastq文件一般都是gzip压缩的，所以需要读取压缩文件中的内容，代码如下：my ($fastq) = @ARGV:my ($reads, $bases) = cal_sequence_i... 阅读全文

摘要： perl 中数字和字符串的比较操作符是不一样的 ；其中 == 用于比较数字是否相等；eq 用于比较字符串是否相等；今天找程序里的bug,结果就是这个操作符用错，哎，赶紧记一下！ 阅读全文

摘要： 之前一直以为chomp函数只是去掉字符串末尾的\n, 但是今天写程序遇到一个bug,最后的原因就处在chomp上；读取fasta文件,内容如下：>1ATGCTAGCTACGTACGTACGTTTTTTTTT>2ACGATCGACGATCGTACGTACGTACGATT>3ATGCATGCTATACA... 阅读全文

摘要： RSQLite 可以在R中方便的创建sqlite数据库，并进行检索， 这个R包依赖于DBI包github 上的地址：https://github.com/rstats-db/RSQLitegithub上的简介详细的介绍了如何用RSQLite 创建一个数据库并检索数据基本用法：library(RSQL... 阅读全文

摘要： do.call 函数是一个高阶函数， 其第一个参数为一个函数名，或者匿名函数，第二个参数是一个list 对象， 其实是参数列表比如读取文件test.txt, 内容为read.table(input, sep="\t")可以写作do.call(read.table, list(file="test.t... 阅读全文