庐州月光

摘要： 在R中，stdin() 对应标准输入流 ， stdout() 对应标准输出流，stderr() 对应标准错误流1) 从标准输入流中读取数据在R的交互式环境中，R>a <- read.table(stdin())0:a1:b2:c按ctrl + D 结束输入，但是这个好像只在交互式环境中有用，在Rsc... 阅读全文

摘要： Spreadsheet::WriteExcel 是一个跨平台的生成excel文件的模块， 可以方便的设置单元格内容， 样式， sheet 的名称；但是默认情况下中文会乱码， 需要用Encode模块进行编码转换；#!/usr/bin/perluse warnings;use strict;use Sp... 阅读全文

摘要： 准备测试文件 test.fq, 包含4条fastq 文件，碱基编码格式为phred64;@FC12044_91407_8_200_406_24NTTAGCTCCCACCTTAAGATGTTTA+FC12044_91407_8_200_406_24SXXTXXXXXXXXXTTSUXSSXKTMQ@F... 阅读全文

摘要： 今天用fastx_tookit 时遇到问题， 我的fastq 文件的碱基质量值格式为phred33, 而fastq_tookit 默认碱基质量值的格式为phred64,所以报错了，提示我的fastq文件中包含非法的碱基质量值，逗号逗号的在ascii 码表中对应的十进制数字为44， 按照phred 3... 阅读全文

摘要： 下载地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/agarwala/windowmasker/在这个目录下其中windowmasker 为linux 平台的可执行文件windowmasker 只需要根据基因组序列本身，就可以识别并标记高重复序列和低复杂度序列，其有两种工作模式，... 阅读全文

摘要： 今天安装一个pandoc, 官方只提供了一个deb 的二进制包，为了在redhat 上安装,需要将deb 包转换成rpm 包。使用工具alien ：http://ftp.de.debian.org/debian/pool/main/a/alien/选择最新版本的alien 源代码包下载安装wget ... 阅读全文

摘要： 1) 安装 bedtools 提供了3种安装方式 从google code 下载源代码进行安装 利用系统中的包管理工具进行安装， 比如cnetos 下的yum, ubuntu下的apt-get, mac 下的homebrew 从github下载源代码，进行安装 由于访问不了google code,又 阅读全文

摘要： cython 的主要用途是加速python 代码的执行速度，手段有很多种，最简单的一种就是将变量声明成静态类型：比如用python 代码写的计算素数的函数，最大计算1000个：def primes(kmax): p = range(1000) res = [] if kmax >... 阅读全文

摘要： python 是一门动态类型的语音，其开发速度比C，C++等静态语言块， 但是速度慢很多， 而cython 通过混合C和python 的语法，可以提高python代码的运行速度1） 安装cython直接通过pip install cython 安装2） 测试cython的源代码文件的后缀名为.pyx... 阅读全文

摘要： 通过sys 模块的sys_info可以返回当前python 的版本信息， 其返回值是一个元组， 比如（2, 6， 6， 'final', 0）;表示当前版本为2.6.6 , 我们可以利用这个变量的值判断python版本；#!/usr/bin/pythonimport sysif sys.versio... 阅读全文