庐州月光

摘要： text函数用来在一张图表上添加文字，只需要指定对应的x和y坐标，以及需要添加的文字内容就可以了 基本用法： 效果图如下： 支持同时创建多个text标签 代码示例： 效果图如下： 参数调整： col : 设置文字的颜色 代码示例： 效果图如下： cex : 设置文字的大小 代码示例： 效果图如下： 阅读全文

摘要： rect 函数用来在一张图上添加矩形，只需要指定左下角和右上角的坐标的位置，就可以画出一个矩形 基本用法： 效果图如下： xleft, ybottom, xright, ytop 支持一次设置多个值，同时创建多个矩形，用法如下： 效果图如下： 参数设置： border : 设置矩形边框的颜色，默认为 阅读全文

摘要： arrows 函数用来在一张图表上添加箭头，只需要分别指定起始坐标和终止坐标，就可以添加箭头了，还可以通过一些属性对箭头的形状，大小进行调整 基本用法： xo, yo 指定起始点的x和y坐标，x1, y1 指定终止点的x和y坐标， 代码示例如下： 效果如下： x0, y0,x1,y1 支持一次设置多 阅读全文

摘要： abline 函数的作用是在一张图表上添加直线, 可以是一条斜线，通过x或y轴的交点和斜率来确定位置；也可以是一条水平或者垂直的线，只需要指定与x轴或y轴交点的位置就可以了 常见用法： 1）添加直线 水平线： 通过h 参数设置直线与y轴的交点就可以了，代码示例如下： 效果如下： 垂直线： 通过v 参 阅读全文

摘要： 在R语言中，par 函数可以设置图形边距，其中oma 参数设置outer margin, mar 参数设置margin, 这些边距有什么不同呢，通过box函数可以直观的看到 box 默认在当前图形绘制边框，第一个参数which = "plot", 所以在当前图形上绘制边框 which 的值除了plo 阅读全文

摘要： find_circ 通过识别junction reads 来预测circRNA 和参考基因组比对完之后，首先剔除和基因组完全比对的reads,保留没比对上的reads, 这部分reads 直接比是比对不上基因组的，因为其来自不同的外显子区域，直接比对的话不允许这么大片段的缺失，那么如何区分剪切的sp 阅读全文

摘要： CIRI 根据circRNA 连接点处的reads来识别circRNA， 在连接点处的reads 其比对情况非常特殊； CIRI 根据3种模型来识别circRNA， 连接点处的read 叫做junction read A) circRNA 由3个外显子环化形成， 由于测序读长的限制，junction 阅读全文

摘要： 在预测circRNA时，都是检测breakpoint 处的reads 数，最后给出的环状RNA的ID 都是诸如 chr14:106994222-107183708 这样的形式，给出了起始和终止位置； 对于某一个基因来说，其可能产生的circRNA的类型是多样的，以下图为例进行说明 1） 由单个外显子 阅读全文

摘要： tRNAdb 收录了来自104个物种的623条tRNA 序列，从数据库中下载对应物种的tRNA 序列和二级结构，以人为例 打开下面的链接 http://trna.bioinf.uni-leipzig.de/DataOutput/Search， 物种输入为 human , 然后点击 search da 阅读全文

摘要： KEGG Orthology数据库不仅对基因的功能进行了扩充和整理，还对功能进行了细致的分类； 针对基因的功能，共有3级分类，第一级有6个大类； 打开下面这个链接 http://www.genome.jp/kegg-bin/get_htext?ko00001.keg， 可以看到 如下所示的一级分类 阅读全文