Wuhao' Blogs

摘要： D04 ARACNe-AP和Viper算法、R语言画图 single-cell-rcc-pipeline 经典的共表达网络的构建和分析： 第一步：基于每对基因间的相关性或相互信息定义每2个基因之间的个体关系。衡量相关性的方法有：皮尔逊相关系数、斯皮尔曼相关系数。最小绝对误差回归和贝叶斯方法也可以用来 阅读全文

摘要： 1.LXC快照生成 lxc snapshot <LXC容器名> <镜像名> 列出容器的所有快照： lxc info <container-name> --show-log 2. LXC快照复制 lxc copy <LXC容器名>/<镜像名> <新LXC容器名> 3. LXC新容器config文件配置 阅读全文

摘要： 为什么要进行亚群注释呢？ 答：了解每个claster的细胞类型。 亚群注释的三种方法？ 答： 找到每个claster的marker基因；自己找 FindMaekers() 找到每个claster的保守的marker基因；FindConservedMarkers() 根据已知细胞类型的marker基因 阅读全文

摘要： 1 配置代码时，如果代码需用到R环境，应该先安装R-base和R包，再安装tensorflow等其他包，以减少包冲突出现的概率。 2 在conda下安装R包有问题时，可以尝试在R环境下使用BiocManager安装 例如通过BiocManager安装BiocVersion包： ​ BiocManag 阅读全文

摘要： 一：什么是：1.空间转录组学、2.单细胞表观基因组学、3.单细胞多组学 当涉及到"空间转录组学"、"单细胞表观基因组学"和"单细胞多组学"这些术语时，这些都是现代生物学和基因组学领域中的研究技术和方法。 空间转录组学（Spatial Transcriptomics）： 空间转录组学是一种用于研究组织 阅读全文

摘要： 起因 Xmanager7安装路径没有设置好，导致其文件散落在根目录下，看着很乱，于是希望将其卸载重装。我直接将相关文件拖入垃圾回收站进行删除，导致Xmanager的注册表信息未能够被删除，重新安装该软件时，安装程序总报错。 解决办法 1.打开注册表 2.在该路径下：\HKEY_LOCAL_MACHI 阅读全文

摘要： Cellcano通过使用ArchR获取参考数据集的基因得分，并用作模型的输入。 代码解释 def _set_ArchR(genome: str, seed: int = 2022, thread: int = 4) -> None: ''' Basic settings for running Ar 阅读全文

摘要： Identity lines（身份线） Identity lines（身份线）是数据可视化中的一条线，用于表示两个变量之间的完全一致性。在二维坐标系中，身份线是斜率为1、通过原点的直线，也称为y=x线。 身份线的作用是显示变量之间的一致性或相关性。当两个变量的取值完全相同时，数据点会落在身份线上；而 阅读全文

摘要： FRP 服务搭建 （基于Ubuntu+LXD下的FRP内网穿透，实现ssh与远程控制） Ubuntu下实现frp服务的大致流程： 下载frp软件； 配置frps.ini； 启动frps服务； 配置frpc.ini； 启动frpc服务； 配置frp服务器的自启动服务； 配置frp客户端的自启动服务。 阅读全文

摘要： 10.2 数据聚合 Data Aggregation 使用quantile计算Serise或者是DataFrame列的样本分位数: grouped=df.groupby('key1') grouped['data1'].quantile(0.9) 求各个分组90%的分位数，a组中90%的分位数是1. 阅读全文