Cellcano代码学习-使用ArchR处理原始数据01 set_ArchR()

Cellcano通过使用ArchR获取参考数据集的基因得分，并用作模型的输入。

代码解释

def _set_ArchR(genome: str, 
        seed: int = 2022, thread: int = 4) -> None:
    '''
    Basic settings for running ArchR
    ---
    Input: 
        - genome: mm9, mm10, hg19, hg38
        - threads: number of threads used to run ArchR 
            set to be 1 to avoid parallel related problem
    '''
    ArchR = importr('ArchR') ## import ArchR package in python
    ## import environment for different threads
    importr('parallel') 

    ArchR_thread_func = robjects.r['addArchRThreads']
    ArchR_thread_func(threads=thread)
    seed_func = robjects.r['set.seed']
    seed_func(seed)

    ## if the genome is not installed by BiocManager, ArchR will install it
    ArchR_genome_func = robjects.r['addArchRGenome']
    ## addArchRGenome是ArchR包中的一个函数，用于添加指定的基因组版本到ArchR中。
    ArchR_genome_func(genome)
    ## 如果指定的基因组版本（genome）没有通过BiocManager安装到ArchR中，ArchR将自动安装该基因组版本。
    

这段代码定义了一个名为_set_ArchR的函数，用于设置运行ArchR的基本配置。函数接受三个参数：genome表示基因组版本，可以是mm9、mm10、hg19或hg38；seed表示随机种子，默认为2022；thread表示用于运行ArchR的线程数，默认为4。

在函数内部，首先使用importr('ArchR')将ArchR包导入到Python环境中，然后使用importr('parallel')导入并行计算所需的环境。

（`importr()`函数是rpy2库中的一个函数，用于导入R语言的包（packages）到Python环境中。在Python中使用R语言的功能和函数时，需要先导入相应的R包。`importr()`函数接受一个字符串参数，表示要导入的R包的名称。它会自动检测并导入已安装的R包，使其在Python环境中可用。

例如，`importr('ArchR')`会导入名为"ArchR"的R包，将其加载到Python环境中，以便在Python代码中使用该包提供的功能和函数。一旦导入成功，就可以在Python中使用`robjects.r`对象来调用R包中的函数和执行R代码。）

接下来，通过robjects.r['addArchRThreads']调用R语言的addArchRThreads函数，将线程数设置为thread的值。

然后使用robjects.r['set.seed']调用R语言的set.seed函数，设置随机种子为seed的值。

最后，通过robjects.r['addArchRGenome']调用R语言的addArchRGenome函数，安装或加载指定的基因组版本。

这样，调用_set_ArchR函数时，会根据参数配置ArchR的基本设置，以便后续运行ArchR分析。

请解释 基因组版本的含义

ChatGPT

基因组版本指的是对基因组序列进行组织、注释和命名的特定版本。基因组是生物体中包含所有遗传信息的DNA序列的完整副本。由于科学研究的不断进展，基因组的序列和注释信息会随着时间不断更新和改进。

每个基因组版本都有一个特定的名称或编号，通常使用缩写来表示。常见的基因组版本包括人类基因组版本，如hg19（GRCh37），hg38（GRCh38），小鼠基因组版本，如mm9（NCBI37），mm10（GRCm38）等。

不同的基因组版本可能在基因定位、基因结构、基因注释等方面存在差异。因此，在进行基因组分析时，选择正确的基因组版本非常重要，以确保结果的准确性和可靠性。
`robjects.r`是rpy2库中的一个函数，用于在Python中调用R语言的函数和对象。它允许将R代码嵌入到Python脚本中，并直接在Python环境中执行。