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log mmt.log #目前的笔记，正在studying，不一定全对 in文件很好解释的链接：https://www.docin.com/p-680967917.html # 一、初始化（边界条件）；前两行不要写东西，第一行默认，不用改echo screen #如果脚本有错误可以记录下来，可有可无 阅读全文
posted @ 2019-05-07 15:24
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转载自:https://www.cnblogs.com/sysu/p/10817315.html 和 https://www.cnblogs.com/panscience/p/4953940.html lammps做分子动力学模拟时，需要一个输入文件（input script），也就是in文件，以及 阅读全文
posted @ 2019-05-06 18:13
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转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_64813e370100ngsz.html 注明：黄色部分基本上为不懂的部分，红色字体为所做注释 一、各种文件的介绍： 1 in file:建立该文件以便程序的写入 2 log file：写入状态信息（if the switch 阅读全文
posted @ 2019-05-06 00:17
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转载自：http://muchong.com/html/201411/8149677.html 写在开头：1.尽量列举了大部分（几乎）的命令2.带星号命令非常重要，大家在看mannual中命令的解释的时候可以重点先看带星号的3.非斜命令是运行一个 常用 模拟所必备的4.命令顺序为一个基本的脚本文件命 阅读全文
posted @ 2019-05-06 00:12
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输出体系的整个带电量：measure sumweights $all weight charge 给PDB文件设置周期边界条件：pbc set {54 54 24 } -all 将此晶胞内原子脱除周期性pbc unwrap 显示晶胞边界pbc box 体系总质量：measure sumweights 阅读全文
posted @ 2019-05-05 22:35
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转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_b48a7ac30102w6xg.html 自我学习总结： 1、打开VMD main上Extensions中的TkConsole这是VMD的控制命令区域。 2、围绕x轴旋转90：rotat x by 90 (或者rotat x t 阅读全文
posted @ 2019-05-04 21:21
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本文转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_b48a7ac30102w4km.html 注意：lammps中并没有完整的clayff势函数，需要将一下三者结合使用。 angle_style harmonic bond_style harmonic pair_style 阅读全文
posted @ 2019-05-04 21:13
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一、认清模型——data文件； 二、读懂in文件； 三、当遇到error时，we can do： 1.查错： （1）从out文件中，复制里边的错误信息（copy一部分，不用全部）； （2）进入到lammps官网的13.3.Error messages中，输入“ctrl+F”，出现下图； （3）“粘贴 阅读全文
posted @ 2019-05-04 21:11
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Note： 1.分子动力学结果分析（学习资料）： https://wenku.baidu.com/view/6d9b9e3a5a8102d277a22f03.html### 2.需要进行计算，可以根据自己的需求去lammps官网上，看相关命令（如：compute命令等）。 一、热力学量的分析 二、动 阅读全文
posted @ 2019-05-04 20:01
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（转载：http://blog.sina.com.cn/s/blog_b48a7ac30102w4mg.html###） 以下取自：http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=11368&jdfwkey=cnypw3 收集1：neighbor选取的 阅读全文
posted @ 2019-05-04 17:06
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