一棵开花的树sysu

摘要： 一、笔记 1.cp -r dir2 dir1 复制dri2到dir1里边（同个目录下） 2.cp -r * ../dir2 将dir1里边的所有文件复制到上一级目录的dir2里边（现在所在目录为dir1） 3.mv dir1 new_dir2 重命名/移动一个目录 4.history 看之前的命令（ 阅读全文

摘要： 1.rdf的in文件编写： 2.计算结果文件： 阅读全文

摘要： 转载:https://www.cnblogs.com/zll-52011/p/10960905.html 1.从美国矿物数据库下载矿物CIF（有晶格） 2.晶胞CIF导入MS 3.选择display style中的ball and stick视图 4.加键add bonds,看看有没有错。此步骤前根 阅读全文

摘要： 1.minimize后，lammps生成的data文件 2.pdb： 阅读全文

摘要： 1.力场中的例子电荷是有效电荷（clayff），有别于化学式中的电荷。 2.游离状态的阳离子（如层间阳离子）的电荷不能变动；而Al-O八面体、Si-O四面体中的离子（Al、Si等）电荷可以微调。 3.minimize是在绝对0度、动能为0的条件下进行结构优化（分子静力学），只对从数据库中得来的模型进 阅读全文

摘要： 1.ERROR: Incorrect sign arg for dihedral coefficients (../dihedral_harmonic.cpp:291) 阅读全文

摘要： 本文所建蒙脱石模型，具体置换原则，建模过程见已发表论文：Wei, P., Zheng Y. et al. Effect of water content and structural anisotropy on tensile mechanical properties of montmorillo 阅读全文

摘要： 转载自：http://blog.sciencenet.cn/misc.php?id=235119&mod=tag 级联效应 （ Cascade effect) 是由一个动作影晌系统而导致一系列意外事件发生的效应，类似于多米诺骨牌效应。 参见： http://www.baike.com/wiki/%E 阅读全文

摘要： 转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_63f794950101dtte.html 很多同学想从dcd(NAMD)或者trr(gromac)文件提取一段轨迹文件做成动画。我们接下来看看该怎么做。这里拿Gromacs举例，NAMD也差不多。 第一步： 提取轨迹。 往往轨迹 阅读全文

摘要： 1.收敛性测试 （1）由不同尺寸模型（不同的原子数）和E的关系曲线，再确定尺寸n*n*n； 2.优化结构（nve-nvt-npt） 系综的实现方式（相关命令）：https://www.cnblogs.com/sysu/p/10808805.html； 三种系综都要设置，依次进行（nve-nvt-np 阅读全文