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摘要: 摘自:http://dxli75.blog.163.com/blog/static/106768289201142893419587/ lammps计算的应力有两种: 一是体系整体的应力状态,通过在thermo_style custom里加上pxx pyy pzz pxy pxz pyz字段可将给定 阅读全文
posted @ 2019-05-04 16:37 一棵开花的树sysu 阅读(9668) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 每个动力学模拟必须要通过fix命令设置系综,若没有设置系综,则就没有时间积分。 一、NVE系综 更新位置和速度,V和E恒定。 velocity all create 300.0 4928459 rot yes dist gaussian #控制原子的初始速度 fix 1 all nve 二、NVT系 阅读全文
posted @ 2019-05-04 16:19 一棵开花的树sysu 阅读(16802) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 一、notes: 1、不在data文件里写“#”(注释),否则,容易出错; 2、前两行不用写东西(建议); 3、相互作用系数可以不用写在data里边(如pair_coeff等),可有可无,but for pair_coeff,最好还是在data文件中设定,因为它比在in文件中设定更加方便、简洁。 二 阅读全文
posted @ 2019-05-04 15:46 一棵开花的树sysu 阅读(7248) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 一、建模流程(modelling procedure): 1.美国数据库下载amc、cif文件:http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php 2.导入vesta转成pdb1文件 3.再将pdb1文件放到vmd转成pdb2文件 (1)测模型中心点的坐标, 命令: 阅读全文
posted @ 2019-04-15 18:44 一棵开花的树sysu 阅读(4635) 评论(12) 推荐(0)
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