摘要：
在生物信息学领域，随着生物数据的爆炸性增长，分析流程的复杂性也在不断增加。传统的生物信息学工具和流程往往依赖于大量的手动操作，这不仅效率低下，而且难以扩展。近年来，基于大型语言模型（LLM）的智能代理技术为自动化生物信息学分析带来了新的希望。然而，现有的自动化系统在处理复杂、多步骤的工作流程时仍面临 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:31
生物信息与育种
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摘要：
随着大语言模型（LLMs）技术的飞速发展，其在自然语言处理（NLP）领域的成功应用逐渐扩展到了生物信息学领域。生物信息学作为一个跨学科的领域，涉及基因组学、蛋白质组学、药物发现等多个方向，LLMs的引入为这些领域带来了新的研究工具和方法。 2025年1月，佐治亚大学Tianming Liu和德克萨斯 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:30
生物信息与育种
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摘要：
今年的中科院分区表出来了，生物信息学相关的期刊又是一落千丈，一降再降，惨不忍睹！ 经典期刊Bioinformatics，中科院三区，小类三区。 Briefings in Bioinformatics，中科院二区非top，小类一区。 PLOS Computational Biology，中科院二区。 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:29
生物信息与育种
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摘要：
很多学术研究的数据上传到Figshare和Zenodo数据库中，在国内从这些网站下载数据速度很慢且经常掉线。一般来说，超过100Mb的文件登梯子很难下载下来。 我尝试利用Google云（https://drive.google.com/drive）的Colab下载到云盘，再下载到本地，曲线救国，特记 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:27
生物信息与育种
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摘要：
随着高通量测序技术的快速发展，越来越多的物种开展基因组组装、注释以及比较基因组学研究。尽管已有各类工具可以分别处理这些步骤，但用户对能够整合这些不同工具的需求日益增加。在此，我们介绍JCVI库，这是一个功能多样的基于Python的库，其模块化设计能够处理格式解析、图形生成、基因组挂载和植物表型提取等 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:26
生物信息与育种
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摘要：
文章标题 SPDC-HG: An accelerator of genomic hybrid breeding in maize 背景 玉米是全球最重要的粮食、饲料和生物能源作物之一，杂交育种是提高玉米产量潜力的最有效策略。自20世纪60年代以来，通过不同杂种优势群（heterotic groups 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:25
生物信息与育种
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摘要：
摘要 近年来，人工智能在农业领域的应用取得了显著进展，但仍面临模型数据收集标记困难、模型泛化能力弱等挑战。大模型技术作为人工智能领域新的热点技术，已在多个行业的垂直领域中展现出了良好性能，尤其在复杂关联表示、模型泛化、多模态信息处理等方面较传统机器学习方法有着较大优势。本文首先阐述了大模型的基本概念 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:24
生物信息与育种
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摘要：
最近的进展证明了大型语言模型 (LLM) 在利用核苷酸信息解决生物学问题方面的能力。人们对探索 LLM 与基因组研究之间的潜在协同作用的兴趣日益浓厚。2025年2月，Genomics Communications 在线发表了中国农业科学院深圳农业基因组研究所赵程研究员团队题为 Large langu 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:23
生物信息与育种
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摘要：
介绍近期ICRISAT发表的一篇关于复杂植物泛基因组研究的综述：Developing pangenomes for large and complex plant genomes and their representation formats。这篇文章主要探讨了植物泛基因组（pangenome）的 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:22
生物信息与育种
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摘要：
过去十年间，得益于癌症基因组图谱（TCGA）和癌细胞系百科全书（CCLE）等计划的推动，癌症组学取得显著发展，特别是在肿瘤DNA和RNA层面，并生成了大量数据；但目前人们对肿瘤中蛋白质翻译及翻译后修饰（PTM）相关知识仍有待完善。反相蛋白质微阵列（RPPA）技术可对癌症样本进行大规模功能蛋白质组学数 阅读全文
posted @ 2025-04-23 22:21
生物信息与育种
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