随笔分类 - 基因组学
摘要：中花11号（ZH11）作为一种重要的粳稻（Oryza sativa ssp. japonica）模式品种，因其高效的遗传转化能力和广泛的适应性而被广泛应用于水稻研究。然而，此前发布的ZH11基因组组装仍存在25个缺口，未能达到完整水平。 本研究旨在利用最新的长读长测序技术——PacBio HiFi（
阅读全文
摘要：NGDC概况：从追赶者到引领者的蜕变 成立背景 国际依赖之痛：长期以来，全世界科学家产生的组学数据都要提交给三大数据库——美国国立生物技术信息中心（NCBI）、欧洲生物信息学研究所（EBI）、日本核酸数据库（DDBJ）。我国科学家需要在发表论文时通过互联网将数据提交到这些数据库，而做科研时则需要将数
阅读全文
摘要：2025年4月4日，Journal of Genetics and Genomics在线发表中国农业科学院深圳农业基因组研究所程时锋研究员团队题为“Structural variation-based and gene-based pangenome construction reveals unt
阅读全文
摘要：近期，研究团队在Bioinformatics上发表了最新研究成果，团队开发了 wgatools——一款基于 Rust 语言的高效工具包，支持全基因组比对数据的格 式转换、处理分析、变异检测及可视化。该工具凭借其跨平台兼容性、超高速处理能力以及 对大规模数据的支持，已在多基因组研究项目中展现重要价值，
阅读全文
摘要：近日，西北农林科技大学于太永教授课题组联合国内外多家单位，在猪泛基因与结构变异研究方面取得重要进展。相关成果以题为“Pangenome and genome variations analysis of pigs unveil genomic facets for its adaptation an
阅读全文
摘要：结构变异（SVs）是基因组中多样化的遗传变异形式，并且与多种人类疾病的发生密切相关。然而，从短读长测序数据中准确鉴定结构变异，尤其是那些发生在重复序列区域的变异，仍然是一个巨大的挑战。 2025年3月11日西北农林科技大学姜雨等团队在Nature Communications（IF=14.7）发表了
阅读全文
摘要：高通量表型组和基因组的关联，这种学科交叉性的研究是比较好出文章的，比如华农杨万能老师等早就在水稻发表过类似，但这涉及到不同课题组的联合研究，毕竟术业有专攻，各有所长。 今天分享一篇来自Plant Phenomics的棉花研究。 棉花作为全球最重要的天然纤维作物之一，其重要农艺性状的功能基因组研究
阅读全文
摘要：随着高通量测序技术的快速发展，越来越多的物种开展基因组组装、注释以及比较基因组学研究。尽管已有各类工具可以分别处理这些步骤，但用户对能够整合这些不同工具的需求日益增加。在此，我们介绍JCVI库，这是一个功能多样的基于Python的库，其模块化设计能够处理格式解析、图形生成、基因组挂载和植物表型提取等
阅读全文
摘要：介绍近期ICRISAT发表的一篇关于复杂植物泛基因组研究的综述：Developing pangenomes for large and complex plant genomes and their representation formats。这篇文章主要探讨了植物泛基因组（pangenome）的
阅读全文
摘要：葡萄（Vitis）在全球范围种植广泛，即可鲜食又可加工成葡萄酒等，具有很高的经济价值，是农民致富、乡村振兴、人民美好生活中不可或缺的重要园艺作物。葡萄属于葡萄科葡萄属植物，该属包括两个亚属，麝香葡萄亚属(Muscadinia Planch)和真葡萄亚属(Euvitis Planch），共计70余个种
阅读全文
摘要：2024年10月11日，中国农业大学园艺学院高俊平团队在植物学领域国际著名期刊Nature Plants杂志上发表了题为“Haplotype-resolved genome assembly and resequencing provide insights into the origin and
阅读全文
摘要：文末有福利。 PPT 下载地址：https://github.com/pangenome/pggb-workshop 你如果下载不了，可以关注公众号：生物信息与育种，联系小编（MiyuanBiotech）索取。
阅读全文
摘要：葡萄是一种具有重要经济价值的多年生水果作物，可作为水果食用或作为酿造葡萄酒的原材料，已有逾万年的驯化历史[1]，并且在驯化过程中积累了大量的有害突变[1-3]。由于育种周期长，育种性状的遗传学研究不深入，遗传转化体系不成熟，尚未广泛应用多组学与人工智能等革命性技术，葡萄的生物育种体系明显滞后于一年生
阅读全文
摘要：分享一篇2023年7月25日发表在Molecular Plant上的一篇综述文章：“Plant genome resequencing and population genomics: Current status and future prospects”，总结了植物基于群体的基因组重测序研究的进
阅读全文
摘要：DNA Subway 是一个综合性的生物信息学资源平台，由 CyVerse 开发，旨在提供一个教育性的生物信息学平台，通过将研究级的生物信息学工具、高性能计算和数据库整合到工作流程中，使得用户能够通过一个易于使用的界面进行基因预测、基因注释、基因组分析、系统发育分析和下一代测序数据的分析。 地址：h
阅读全文
摘要：要找到基因组上特定位置，仅凭标记引物序列，可以采用以下几种方法： 利用在线工具进行In-Silico PCR： 可以使用UCSC Genome Browser提供的In-Silico PCR工具（http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr）进行在线分析。这个工具允许你输
阅读全文
摘要：导读：七月份，李恒开发的基因内容图谱构建软件——Pangene，以标题为：Exploring gene content with pangene graphs 的论文论文形式一并发表，发表期刊为Bioinformatics杂志。该软件迎合了群体基因组学时代数据井喷的现状，而一定程度上分析工具和软件算
阅读全文
摘要：分享一篇近期发表在 Bioinformatics 上的文章：AssemblyQC: A Nextflow pipeline for reproducible reporting of assembly quality，这是一个基因组组装质量评估的综合性流程，集合了准确性、连续性和完整性等多项指标（这
阅读全文
摘要：分享一篇近期发表在 Genome Biology 上 的一个基因家族分析软件：Seqrutinator。该软件用于识别和去除基因家族数据集中的无功能基因，包括假基因、测序错误、基因结构错误、比对错误等，从而避免基因家族鉴定中的假阳性结果，进一步确保基因家族注释的准确性，以便于后续系统发育分析和功能聚
阅读全文
摘要：GATK（Genome Analysis Toolkit）中的joint calling是一种变异检测策略，它允许同时对多个样本进行变异位点的分析，以提高变异检测的准确性和效率。 以下是joint calling的一些关键原理和优势： 数据共享：在joint calling过程中，信息在所有样本间共
阅读全文
浙公网安备 33010602011771号