随笔分类 - 基因组学
摘要：“ 近日，《自然·植物（Nature Plants）》在线发表了中国农业科学院深圳农业基因组研究所（岭南现代农业科学与技术广东省实验室深圳分中心，以下简称“基因组所”）张兴坦团队联合南方科技大学陈国安副教授课题组、湖南农业大学易自力教授团队的研究论文，题为“Chromosome-level scaf
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摘要：基于长reads进行结构变异的工具有很多，很多文章也进行过综合比较。今天分享一个新工具VolcanoSV。 Github： https://github.com/maiziezhoulab/VolcanoSV 结构变异（SV）对人类基因组多样性有重要贡献，并在精准医学中发挥关键作用。尽管单分子长读序
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摘要：首个豌豆大规模群体基因组与GWAS见刊 今天，浙江省农科院与浙江大学联合在Nature Genetics （NG）上发表豌豆群体基因组文章：Reference genome sequence and population genomic analysis of peas provide insigh
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摘要：Liftoff 是一个可以准确根据同一物种或近缘物种基因组进行基因注释映射的工具（与liftOver进行不同基因组版本的染色体位置转换有点类似）。该工具仅需两个基因组序列和参考基因组的基因注释文件即可进行基因注释。 Liftoff使用minimap2将参考基因组的基因序列与目标基因组比对，这样的好处
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摘要：分享一篇去年由中国农科院作物所张红伟和华中农业大学李林团队发表在Cell Reports上的综述文章：Next-generation bulked segregant analysis for Breeding 4.0。 该综述在总结传统混池测序技术（BSA）的基础上，提出了NG-BSA的研究策略。
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摘要：近期，Rajeev K. Varshney团队在Nature genetics发表综述文章：Unlocking plant genetics with telomere-to-telomere genome assemblies。 摘要 连续基因组序列组装将帮助我们实现作物转化基因组学的全面潜力。最
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摘要：Resistify是一个用于快速且准确地注释植物中的NLRs（Nucleotide-binding domain Leucine-rich Repeat，核苷酸结合域富含亮氨酸重复序列）并提供准确结构分类的工具。NLRs是植物先天免疫系统的关键组成部分，具有显著的存在/缺失变异和序列多样性。Resi
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摘要：果树基因组与遗传改良 2023年，南京农业大学吴俊教授团队发表在Plant Physiology的题为 “Genomic insights into domestication and genetic improvement of fruit crops”的长篇综述，系统总结了果树基因组学与遗传改良
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摘要：Resistify是一个用于快速且准确地注释植物中的NLRs（Nucleotide-binding domain Leucine-rich Repeat，核苷酸结合域富含亮氨酸重复序列）并提供准确结构分类的工具。NLRs是植物先天免疫系统的关键组成部分，具有显著的存在/缺失变异和序列多样性。Resi
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摘要：果树基因组与遗传改良 2023年，南京农业大学吴俊教授团队发表在Plant Physiology的题为 “Genomic insights into domestication and genetic improvement of fruit crops”的长篇综述，系统总结了果树基因组学与遗传改良
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摘要：黄学辉教授师从韩斌院士，韩是国内数量遗传学应用作物育种研究的先驱者，黄是实践者，名师出高徒的典范。 来源：https://pms.shnu.edu.cn/36/64/c26333a734820/page.htm 课题组网站：http://www.xhhuanglab.cn/index.html 让我
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摘要：VIPdb简介 VIPdb（Variant Impact Predictor database）是一个专门收集和总结变异影响预测工具（Variant Impact Predictors，简称VIPs，也称为Variant Effect Predictors，简称VEPs）的数据库。这些工具用于帮助科
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摘要：今年4月，华中农业大学焦文标团队在Genome Biology上发表论文：A comprehensive benchmark of graph‑based genetic variant genotyping algorithms on plant genomes for creating an a
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摘要：SV鉴定方法概述 近日，范德堡大学发表一篇关于长读长鉴定SV比较的文章。 Tradeoffs in alignment and assembly-based methods for structural variant detection with long-read sequencing data
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摘要：近日，Wing-Kin Sung(宋永健)博士在Nature Methods发文Creating diploid assemblies from Nanopore and Illumina reads with hypo-assembler，报道其开发的基因组组装新工具hypo-assembler，
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摘要：通过代码指导 Minimmap2 基因组比对和 seq-seq-pan 泛基因组比对，并在 R 中进行可视化。本教程提供了一个示例，该示例使用Heliconius butterflies中optix基因位点的两种单倍型。 教程： https://stevenvb12.github.io/ 代码： h
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摘要：mapmixture简介 群体结构（admixture）绘图，R包pophelper是神器（https://github.com/royfrancis/pophelper），立个flag，下次投稿。今天给大家介绍的是另一个R包mapmixture，同样可绘制群体结构图，并与地图分布相结合。小小R包竟
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摘要：如题，如何从vcf文件中快速提取基因型Genotype，得到基因型表格文件？ vcf作为标准的存储变异的文件格式。虽是标准格式，但可扩展性极强，变异属性可随意添加，真是很妙的设计！其实vcf格式和vcftools软件文章发表也不过13年而已。 基因型矩阵，类似于HapMap格式，市场上大多数芯片也是
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摘要：最近国人有几个新的基因定位方法发表，记录下备忘。 Mol Plant | 中国农科院蔬菜所开发异交物种基因高效定位的新算法工具OcBSA 经典的基因位点快速定位方法Bulked Segregant Analysis（BSA，集群分离分析法）具有适用范围广、实验成本低的优势，但现有BSA算法（例如SN
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摘要：目录论文概述论文速读论文方法论文实验论文总结 论文概述 本文主要探讨了第三代测序技术在不同基因组中的组装策略比较。随着长读序列技术的发展，如Pacific Biosciences和Oxford Nanopore技术，组装精度和计算成本得到了显著提高。然而，从头组装仍然存在计算成本高、结果质量差等挑战
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