随笔分类 - 基因组学
摘要：2024年1月13日，中国农科院深圳基因组研究所武志强教授团队综述了植物细胞器基因组研究进展，文章发表在《Trends in Plant Science》，题为：Plant organellar genomes: much done, much more to do。 质体和线粒体是唯一具有内共生起
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摘要：今天处理一个客户的基因型数据，遇到了一个格式转化的问题。 我想将标准vcf转为某特定格式（类hapmap），之前基于pysam库写了一个比较成熟的脚本，运行了n年都没问题。 但这次出错如下： a,b = v['GT'] ValueError: not enough values to unpack
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摘要：今年4月，华中农业大学焦文标团队在Genome Biology上发表论文：A comprehensive benchmark of graph‑based genetic variant genotyping algorithms on plant genomes for creating an a
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摘要：昆士兰大学Robert J. Henry教授团队利用改进的单倍型水平基因组组装揭示更多的水稻基因。 本研究利用更准确的测序技术，分析组装了一个改进的单倍型水平水稻基因组。该改进的基因组组装包含了早期基因组序列中缺失的区域，并且基于更高的序列准确性注释了3000多个新的基因。这个单倍体型基因组将成为水
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摘要：今年2月，Nature Biotechnology在线发表论文：Quality assessment of gene repertoire annotations with OMArk，描述了一个用于评估蛋白质编码基因注释质量的OMArk软件包。 许多研究直接依赖于从基因组组装中预测的蛋白质编码基因
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摘要：推荐一个高效做PCA分析的工具，从VCF文件到直接出图的一键式分析，对于小白非常友好。小明哥刚开发时小编就在用了，那时还叫MingPCACluster，今年五月终于发表见刊，恭喜。 VCF2PCACluster 是基于群体SNP数据VCF格式开发的PCA分析和聚类软件，同时兼并了Genotype 等
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摘要：目录影响组装的基因组特性长读长和长范围（long-range）测序技术近T2T基因组组装核心组装算法评估序列组装李恒的观点 生信领域大神李恒今年发在预印本上的一篇综述：Genome assembly in the telomere-to-telomere era，小编总结下要点。 影响组装的基因组特
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摘要：目录Mastering Python for BioinformaticsPlant BioinformaticsComparative GenomicsBioinformatics with Python CookbookBioinformatics Data SkillsBioinformati
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摘要：目录 近日，西北农林科技大学生命科学学院马闯教授科研团队发布了植物多组学数据跨物种比较和进化研究的在线分析平台 IPOP (Integrative Plant multi-Omics Platform)。 IPOP平台地址：http://omicstudio.cloud:4012/ipod/。 相关
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摘要：目录基本信息背景方法结果碎碎念 前不久才刚总结完大豆T2T基因组：哪个才是首个（中国）大豆的T2T基因组版本？，谁能想到最近又出来一个大豆品种Jack的T2T基因组。 基本信息 标题: A complete reference genome for the soybean cv Jack (大豆品种
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摘要：目录摘要泛基因组的重要性植物泛基因组的主要结构变异（SV）驱动力植物泛基因组的发展植物泛基因组应用育种 今日分享一篇去年底今年初发表的植物泛基因组综述，作者史俊鹏、田志喜、赖锦盛、黄学辉，全员大佬。 该文详细介绍了植物泛基因组的概念、研究进展和应用。 摘要 植物基因组高度多样化，很大一部分序列在不同
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摘要：目录问答1问答2问答3问答4问答5问答6问答7问答8问答9问答10 关于生物信息的专业回答与建议，GPT4刷新了我对它的认知。 详见如下对话： 问答1 问答2 问答3 问答4 问答5 反过来又测试它一下。 问答6 会通过Bing联网进行检索。 问答7 问答8 问答9 会联网进行检索。 问答10 不得
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摘要：多基因组比对 （multiple genome alignment, MGA）首先要定义多序列比对 （multiple sequence alignment, MSA）。MSA 是将同源关系分配给 3 个或更多序列的方法（对于 2 个序列，使用“成对”而非“多个”），其中一组核苷酸是同源的，如果它们
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摘要：目录主要结果主要方法数据策略工具问题来了 2023年9月29日，哈尔滨工业大学王亚东团队联合中国农科院韩天富团队在bioRxiv发表了题为“A telomere-to-telomere genome assembly of Zhonghuang 13, a widely-grown soybean
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摘要：Dr. Qi Sun是康奈尔大学高级研究员和生物信息学中心主任，长期以来从事生物信息学工作，在大数据的管理与分析上，特别是Genotype-By-Sequence (GBS)，RNA-seq，ChIP-seq，small RNA，基因调控网络等方面积累了丰富的经验。在Science，Cell，Nat
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摘要：目录需求描述尝试解决正确解决 需求描述 一个很简单的需求：一批水稻材料的芯片数据（位点少），想看看它们在3K Rice中处于何种亚群和位置。就需要将芯片位点与3K RG位点整合后进行分析。 已知3K Rice位点可从SNP-Seek中下载：https://snp-seek.irri.org/_dow
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摘要：目录图形泛基因组的构建图泛构建方法获取和合并PAV变异图泛的存储格式线性参考基因组坐标的恢复图泛的可视化图泛的注释基因结构注释图泛的变异注释结构变异鉴定与基因分型图泛比对软件的优势图泛的应用功能元件的鉴定现有物种中的图泛规模基于图泛的GWAS未来应用结论与未来展望 图形泛基因组（图泛）以节点和路径的
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摘要：目录深度学习：概念、工具和注意事项沿着分子生物学的中心法则进行深度学习DNA和基因特性蛋白质特性模型和数据共享理解基因组变异：从关联到因果关系和分子机制深度学习育种4.0：编辑育种结论 植物基因组学取得了巨大进步，其特点是高通量技术的爆炸式增长，以低成本识别多维全基因组分子表型。更重要的是，基因组学
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摘要：目录基因组特征评估Survey简单植物基因组组装高杂合基因组组装高重复基因组组装高倍性基因组组装植物泛基因组组装测序技术发展与组装质量 基因组特征评估Survey 基因组大小、杂合度和重复序列含量是决定测序成本、组装难度和最终组装效果的最重要的几个特征。 全部测序read 中K-mer（在测序rea
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摘要：目录关于GLNexus由于重叠变异产生的half-callsGATK joint calling对于half-calls的处理建议处理 关于GLNexus GLnexus是由DNAnexus开发，用于可扩展的gVCF合并和联合变异（joint calling）要求群体测序项目，GL即genotype
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