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摘要: 1.whereis whereis who whereis 只能搜索二进制文件(-b),man 帮助文件(-m)和源代码文件(-s) 2.locate 所以有时候你刚添加的文件,它可能会找不到,需要手动执行一次 updatedb 命令 (在我们的环境中必须先执行一次该命令)。它可以用来查找指定目录下 阅读全文
posted @ 2017-08-30 08:53 遗世独立的愚公 阅读(759) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1.暂时性的修改方法,只在当前shell终端有效 $ PATH=$PATH:/home/lmt/desktop/biosoft/bwa 2.永久有效的方法;修改配置文件 在每个用户的 home 目录中有一个 Shell 每次启动时会默认执行一个配置脚本, 以初始化环境,包括添加一些用户自定义环境变量 阅读全文
posted @ 2017-08-30 08:06 遗世独立的愚公 阅读(230) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1.创建一个shell脚本文件 gedit hello_shell.sh ##创建文件 2.###在文件内添加一下内容 #!/bin/bash for ((i=0;i<10;i++));do echo "hello shell" done exit 0 3.为文件添加可执行权限 chmod 755 阅读全文
posted @ 2017-08-30 07:47 遗世独立的愚公 阅读(3042) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1.cat 为正序显示,tac为倒序显示 2.cat -n 参数,可以显示行号 3.nl添加行号并打印,这是个比cat -n 更加专业的行号打印命令。 4.less 和more,具体用法参看手册 5.head和tail ,用于查看文件的前面或后面指定的行数 用法:head/tail -n 100 6 阅读全文
posted @ 2017-08-29 21:16 遗世独立的愚公 阅读(164) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 参考网址: https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567 阅读全文
posted @ 2017-08-29 20:14 遗世独立的愚公 阅读(248) 评论(0) 推荐(0)
摘要: rename 1.不过它要用 perl 正则表达式来作为参数, 2.举例如下: touch test{1..5}.txt ##使用通配符创建5个文件 rename 's/\.txt/\.doc/' *.txt ##将后缀为TXT的文件重命名为doc文件 rename 'y/a-z/A-Z/' *.d 阅读全文
posted @ 2017-08-29 20:08 遗世独立的愚公 阅读(947) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1.SAM(sequence Alignment/mapping)数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式,当然他可以用于存放未比对的数据 2.AMTools的主要功能如下: view: BAM-SAM/SAM-BAM 转换和提取部分比对 sort: 比对排序 merge: 聚合多个排序比对 阅读全文
posted @ 2017-08-29 09:57 遗世独立的愚公 阅读(5637) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1.参考网址: https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247484744&idx=1&sn=2dbe0ea619d4e1595fc4b37fa09a1563&chksm=9b4845f3ac3fcce5a62fd7a505763 阅读全文
posted @ 2017-08-29 08:40 遗世独立的愚公 阅读(1482) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1.下载参考基因组的三大网站: NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc) UCSC (http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html) Ensemble (http://asia.ensembl.org/index.h 阅读全文
posted @ 2017-08-29 07:43 遗世独立的愚公 阅读(494) 评论(0) 推荐(0)
摘要: 1.软链接--相当于Windows上的快捷方式 阅读全文
posted @ 2017-08-28 21:41 遗世独立的愚公 阅读(118) 评论(0) 推荐(0)
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