2017年8月29日
Linux下查看文件cat/tac/nl/more/less/tail/head
摘要： 1.cat 为正序显示，tac为倒序显示 2.cat -n 参数，可以显示行号 3.nl添加行号并打印，这是个比cat -n 更加专业的行号打印命令。 4.less 和more，具体用法参看手册 5.head和tail ，用于查看文件的前面或后面指定的行数 用法：head/tail -n 100 6 阅读全文
posted @ 2017-08-29 21:16 遗世独立的愚公 阅读(164) 评论(0) 推荐(0)
bioconda的使用
摘要： 参考网址： https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567 阅读全文
posted @ 2017-08-29 20:14 遗世独立的愚公 阅读(248) 评论(0) 推荐(0)
Linux下批量重命名的方法
摘要： rename 1.不过它要用 perl 正则表达式来作为参数， 2.举例如下： touch test{1..5}.txt ##使用通配符创建5个文件 rename 's/\.txt/\.doc/' *.txt ##将后缀为TXT的文件重命名为doc文件 rename 'y/a-z/A-Z/' *.d 阅读全文
posted @ 2017-08-29 20:08 遗世独立的愚公 阅读(947) 评论(0) 推荐(0)
samtools的用法简介
摘要： 1.SAM（sequence Alignment/mapping)数据格式是目前高通量测序中存放比对数据的标准格式，当然他可以用于存放未比对的数据 2.AMTools的主要功能如下： view: BAM-SAM/SAM-BAM 转换和提取部分比对 sort: 比对排序 merge: 聚合多个排序比对 阅读全文
posted @ 2017-08-29 09:57 遗世独立的愚公 阅读(5637) 评论(0) 推荐(0)
可视化软件IGV的使用
摘要： 1.参考网址： https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAxMDkxODM1Ng==&mid=2247484744&idx=1&sn=2dbe0ea619d4e1595fc4b37fa09a1563&chksm=9b4845f3ac3fcce5a62fd7a505763 阅读全文
posted @ 2017-08-29 08:40 遗世独立的愚公 阅读(1482) 评论(0) 推荐(0)
常用数据库介绍
摘要： 1.下载参考基因组的三大网站： NCBI （https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc） UCSC (http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html) Ensemble （http://asia.ensembl.org/index.h 阅读全文
posted @ 2017-08-29 07:43 遗世独立的愚公 阅读(494) 评论(0) 推荐(0)