爬行的乌龟

摘要： 一、软件配置 curl -O ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz tar zxvf ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar. 阅读全文

摘要： 一.软件配置： 1.下载 curl -OL http://iubio.bio.indiana.edu/soft/molbio/readseq/java/readseq.jar 2.运行方式： java -jar readseq.jar [options] 3.改运行方式稍显麻烦，且必须在readse 阅读全文

摘要： 一、安装好Entrez Driect 见：http://www.cnblogs.com/lmt921108/p/8087474.html 二、在NCBI官网找到需要下载的文件的accession号 二.创建bash脚本文件 1.下载全基因组fasta序列(get_comseq.sh) 运行：bash 阅读全文

摘要： 方法一：（见方法三的编程版） 1.表达矩阵56sr.count 57sr.count 2.利用pandas的合并函数进行合并，注意需要取并集 datamerge=pd.merge(data1, data2, on='gene', how='outer') 3.将缺失值重新赋值 datamerge.f 阅读全文

摘要： 一、软件的安装 1.软件下载： curl ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/entrezdirect/edirect.zip -O （熟悉curl下载文件的方法，见http://www.cnblogs.com/duhuo/p/5695256.html） 2.解压 u 阅读全文

摘要： 1.软件的安装： 网站：http://www.megasoftware.net/ windows上安装，下载windows-command line（cc）版本的，格式为zip，解压之后，里面有两个主程序，MEGACC和MEGA-PROTO，安装完后之后，将megacc的环境变量添加到系统的环境变量 阅读全文

摘要： #::!/usr/bin/python3 #-*- coding:utf-8 -*- #计算fasta文件中各个氨基酸的含量 import sys args=sys.argv f=open(args[1], 'r') fw=open('out.txt', 'w') line=f.read() txt=''.join(line.split('\n')[1:]) #可以得到氨基酸序... 阅读全文

摘要： >>> c = Counter('abcdeabcdabcaba') # count elements from a string | | >>> c.most_common(3) # three most common elements | [('a', 5), ('b', 4), ('c', 3)] | >>> sorted(c) ... 阅读全文

摘要： 利用python脚本，提取指定ID名称的序列 阅读全文

摘要： 1.使用match()匹配字符串： match()函数试图从字符串的开始部分对模式进行匹配， 匹配对象的group()方法能够用于显示那个成功的匹配。 2.使用search()函数匹配字符串 search()的工作方式和match()完全一样，不同之处在于search()会用它的字符串参数， 在任意 阅读全文