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1.使用match()匹配字符串： match()函数试图从字符串的开始部分对模式进行匹配， 匹配对象的group()方法能够用于显示那个成功的匹配。 2.使用search()函数匹配字符串 search()的工作方式和match()完全一样，不同之处在于search()会用它的字符串参数， 在任意 阅读全文
posted @ 2017-12-11 19:02
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输出结果： [(23, 27), (55, 59), (70, 74), (78, 82)] 阅读全文
posted @ 2017-12-11 17:06
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seq=['A', 'C', 'G', 'T', 'S'] 计算出seq中两两排列组合，并以列表的方式排列。 阅读全文
posted @ 2017-12-11 16:07
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DNA序列： ATGGTCTACATAGCTGACAAACAGCACGTAGCAATCGGTCGAATCTCGAGAGGCATATGGTCACATGATCGGTCGAGCGTGTTTCAAAGTTTGCGCCTAG 内含子1：ATCGGTCGAA 内含子2：ATCGGTCGAGCGTGT 剪切之后的 阅读全文
posted @ 2017-12-11 15:33
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#!/usr/bin/python #-*- coding:utf-8 -*- "处理fasta文件，将ID号和序列放在一行" import sys with open(sys.argv[1]) as f: fw=open('out.fasta', 'w') line=f.read() line=line.replace('\n', '').replace('>', '\... 阅读全文
posted @ 2017-12-11 15:13
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def translate_rna(sequence): # 密码子表 codonTable = { 'AUA': 'I', 'AUC': 'I', 'AUU': 'I', 'AUG': 'M', 'ACA': 'T', 'ACC': 'T', 'ACG': 'T', 'ACU': 'T', 'AAC': 'N' 阅读全文
posted @ 2017-12-11 15:08
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"计算数组中最小的两个数的和" #!usr/bin/python3 #-*- coding:utf-8 -*- numbers=np.array((4,3,7,5,6)) def sum_two_smallest_numbers(numbers): numbers.sort() return numbers[0]+numbers[1] 阅读全文
posted @ 2017-12-11 15:07
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用法： python3 proweight.py filename 阅读全文
posted @ 2017-12-11 15:05
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思路：寻找序列两个序列的差异 阅读全文
posted @ 2017-12-11 14:39
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在匹配模式中?可以查找重叠区域。 ###上述的结果为 (2,5) (4,7) (10,13) ###假如不用？ 输出结果为： (2,5) (10,13) 从上述结果可以看出，重叠的区域无法查找出来，我也不晓得为啥？？？？ 阅读全文
posted @ 2017-12-11 14:37
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#!/usr/bin/python #-*- coding:utf-8 -*- from Bio import SeqIO def fq2fa(my_file): with open(my_file) as handle: record=SeqIO.parse(handle, "fastq") SeqIO.write(record, "./... 阅读全文
posted @ 2017-12-11 14:35
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"""将多行文件转换为一行 例： >001 AAGTCCGGTAA GGCTAGCTAAC TTCGAACGACA >002 GGCTAGCATGA CACATCGACAC CAGTAGCATCT 转换为： >001 AAGTCCGGTAAGGCTAGCTAACTTCGAACGACA >002 GGCTAGCATGACACATCGACACCAGTAGCATCT """ fr=open('test... 阅读全文
posted @ 2017-12-11 14:30
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""" 当add已有元素时，则不会有任何变化，这也是集合唯一性的表现，现在有一个全是字符串的集合，你设计程序，当加入一个字符串是集合中已有元素时，会自动在字符串后面加上“_1”再加入元素中，如 set1 = {'qwe', 'asd', 'z'} #加入'qwe',实际加入qwe_1，集合变成 {'qwe_1', 'qwe', 'asd', 'z'} """ set1 = {'qwe_1',& 阅读全文
posted @ 2017-12-11 14:03
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#例如： dna = "GATGGAACTTGACTACGTAAATT" ##输出结果： """['GAT', 'ATG', 'TGG', 'GGA', 'GAA', 'AAC', 'ACT', 'CTT', 'TTG', 'TGA', 'GAC', 'ACT', 'CTA', 'TAC', 'AC 阅读全文
posted @ 2017-12-11 14:01
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"""一段DNA序列，每3个字符作为一个整体，放入一个列表中，若最后不够3个，则剩下的作为一个整体。 例如： dna = "GATGGAACTTGACTACGTAAATT" 结果为： ['GAT', 'GGA', 'ACT', 'TGA', 'CTA', 'CGT', 'AAA', 'TT'] """ dna = "GATGGAACTTGACTACGTAAATT" t= 阅读全文
posted @ 2017-12-11 13:59
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1 #!/usr/bin/python 2 #-*- coding:utf-8 -*- 3 "将DNA序列转换为RNA序列，即将T转换为U即可，利用字符串的replace方法" 5 f=open('./test.txt', 'r') 6 line=f.read() 7 dna2rnaline=line.replace('T', 'U') 8 f.close() 9 f=open... 阅读全文
posted @ 2017-12-11 13:48
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#!/usr/bin/python3 #-*-coding:utf-8 -*- "得到DNA的互补链或者反向互补链" f=open('./test.txt') line=f.read() transline=line[::-1].replace('A','t').replace('T','a').replace('G','c').replace('C','g').upper() f.close(... 阅读全文
posted @ 2017-12-11 13:46
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1 #!/usr/bin/python3 2 #-*- coding:utf-8 -*- 3 "计算fatsa文件中的不同类型的碱基含量" 4 f=open('./test.txt','r') 5 line=f.read() 6 dict={} #创建一个空字典 7 for i in ['A', 'T', 'G', 'C']: 8 dict[i]=line.count(... 阅读全文
posted @ 2017-12-11 13:39
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