小鲨鱼2018

2022年12月2日

摘要： 001、 [root@pc1 test4]# ls test.fa [root@pc1 test4]# cat test.fa ## 测试fasta文件 >mmm 11111 >bbb 888888 7777 >kkk 6666666 99999 >qqq 0000 33333 [root@pc1 阅读全文

posted @ 2022-12-02 12:43 小鲨鱼2018 阅读(98) 评论(0) 推荐(0)

linux 中awk命令判断每一行是否匹配指定字符串

摘要： 001、 [root@pc1 test1]# ls a.txt [root@pc1 test1]# cat a.txt 3 5 3 aa 3 3 4 3 3 aa 8 8 8 [root@pc1 test1]# awk '{a=($0 ~ "aa"); print a}' a.txt ## 匹配成功阅读全文

posted @ 2022-12-02 12:35 小鲨鱼2018 阅读(540) 评论(0) 推荐(0)

使用seqkit软件用fasta文件中提取指定的scaffold

摘要： 001、提取单条contig [root@pc1 test4]# ls test.fa [root@pc1 test4]# cat test.fa ## 测试fasta文件 >contig_1 ATAGAGACGACC >contig_2 ATAGGACNNAGACACGTTAGAT >contig 阅读全文

posted @ 2022-12-02 12:30 小鲨鱼2018 阅读(460) 评论(0) 推荐(0)

gatk中的 GenomicsDBImport 模块

摘要：官网：https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/5358869876891-GenomicsDBImport 001、一般用法，变异检测库 gatk --java-options "-Xmx4g -Xms4g" GenomicsDBImpor 阅读全文

posted @ 2022-12-02 10:09 小鲨鱼2018 阅读(2860) 评论(0) 推荐(0)

2022年12月1日

linux中指定以指定的单位显示文件的大小

摘要： 001、以bp显示 [root@PC1 test]# ls a.map [root@PC1 test]# ls -l total 1228800 -rw-r--r--. 1 root root 1258291200 Dec 1 20:03 a.map 002、以适当单位显示 [root@PC1 t 阅读全文

posted @ 2022-12-01 20:07 小鲨鱼2018 阅读(953) 评论(0) 推荐(0)

linux 中如何统计指定目录下一类文件的总的大小

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls a.map a.ped a.txt b.ped b.txt [root@PC1 test]# ll -h total 1.4G -rw-r--r--. 1 root root 200M Dec 1 19:42 a.map -rw-r--r--. 1 阅读全文

posted @ 2022-12-01 19:47 小鲨鱼2018 阅读(789) 评论(0) 推荐(0)

gatk 实现对vcf文件的合并

摘要： 001、测试数据 [root@PC1 test]# ls ## 测试数据 seg1_1.vcf seg1_2.vcf seg1_3.vcf [root@PC1 test]# ll -h total 1.2G -rw-r--r--. 1 root root 392M Dec 1 18:14 seg1_ 阅读全文

posted @ 2022-12-01 19:27 小鲨鱼2018 阅读(1327) 评论(0) 推荐(0)

AlmaLinux 9.1中安装java11

摘要： 001、系统 [root@PC1 gatk-4.1.9.0]# cat /etc/redhat-release AlmaLinux release 9.1 (Lime Lynx) 002、测试java命令 [root@PC1 test]# java bash: java: command not f 阅读全文

posted @ 2022-12-01 18:10 小鲨鱼2018 阅读(223) 评论(0) 推荐(0)

GitHub上的三个不同的压缩包都有什么关系

摘要：第一个是 release版本，里面包含了源码，和Demo代码，比较大。后两个是源码，不含Demo。后面两个压缩方式格式不同，.zip格式用于windowstar.gz 格式多用于 Unix/linux MacOS 系统。来源：https://zhidao.baidu.com/question/13 阅读全文

posted @ 2022-12-01 17:47 小鲨鱼2018 阅读(290) 评论(0) 推荐(0)

rar: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found (required by rar)

摘要： 001、问题：rar: /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.21' not found (required by rar) 002、问题原因（缺乏动态库文件） /lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4. 阅读全文

posted @ 2022-12-01 11:55 小鲨鱼2018 阅读(4886) 评论(0) 推荐(1)

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