小鲨鱼2018

2023年1月1日

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls test.txt [root@PC1 test]# cat test.txt ## 测试数据 Abpink Jnzoar Bizxar Abcd [root@PC1 test]# cat -A test.txt ## 第三行出现特殊字符B-BM- A 阅读全文

posted @ 2023-01-01 17:22 小鲨鱼2018 阅读(443) 评论(0) 推荐(0)

linux 中root用户开机自动取消rm、cp、mv的命令别名

摘要： 1、 [root@PC1 home]# echo "unalias rm mv cp" >> ~/.bashrc ## 在root家目录中.bashrc配置文件后追加取消别名命令 [root@PC1 home]# source ~/.bashrc ## 使配置文件生效阅读全文

posted @ 2023-01-01 16:50 小鲨鱼2018 阅读(80) 评论(0) 推荐(0)

2022年12月31日

linux 中wget命令的几个常用选项

摘要： 001、-O选项，指定输出的文件名 [root@PC1 test]# wget -O download.file https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/SRR001/770/SRR1770413/SRR177 阅读全文

posted @ 2022-12-31 22:47 小鲨鱼2018 阅读(143) 评论(0) 推荐(0)

从NCBI中下载SRA数据

摘要：今天测试了fastq-dump直接根据SRA号无法下载。只有下面一种方法测试成功。 001、 002、 003、 004、 005、 [root@PC1 test]# wget https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-z 阅读全文

posted @ 2022-12-31 22:22 小鲨鱼2018 阅读(563) 评论(0) 推荐(0)

linux 中对带有空格、括号的文件进行重命名

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls SraRunInfo (2).csv [root@PC1 test]# mv SraRunInfo (2).csv new_name ## 复制文件名重命名报错 -bash: syntax error near unexpected token `( 阅读全文

posted @ 2022-12-31 21:41 小鲨鱼2018 阅读(956) 评论(0) 推荐(1)

linux 中删除文件名中的括号

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls ## 测试数据 SraRunInfo(1).csv SraRunInfo(2).csv SraRunInfo(3).csv SraRunInfo(4).csv SraRunInfo(5).csv SraRunInfo.csv [root@PC1 te 阅读全文

posted @ 2022-12-31 21:35 小鲨鱼2018 阅读(720) 评论(0) 推荐(1)

linux 中删除文件名中的空格

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls a b c d.txt x y.txt [root@PC1 test]# ll -h ## 测试数据，两个文件名中都有空格 total 8.0K -rw-r--r--. 1 root root 9 Dec 31 20:56 a b c d.txt - 阅读全文

posted @ 2022-12-31 21:29 小鲨鱼2018 阅读(1029) 评论(0) 推荐(0)

linux中统计文本中每一行中空格的总数目

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 a b c d x x k a d k k [root@PC1 test]# awk '{print gsub("k", "&")}' a.txt ## 统计每一行的k 阅读全文

posted @ 2022-12-31 21:16 小鲨鱼2018 阅读(230) 评论(0) 推荐(0)

linux 中实现文件名的补齐

摘要： 001、 [root@PC1 test]# ls [root@PC1 test]# touch test{1..12} ## 创建测试数据 [root@PC1 test]# ls test1 test10 test11 test12 test2 test3 test4 test5 test6 tes 阅读全文

posted @ 2022-12-31 20:55 小鲨鱼2018 阅读(113) 评论(0) 推荐(0)

使用 phylip构建进化树

摘要： 001、测试数据转换为vcf格式 [root@PC1 test]# ls test.map test.ped [root@PC1 test]# plink --file test --recode vcf-iid --out test 002、将vcf转为phylip格式文件 [root@PC1 t 阅读全文

posted @ 2022-12-31 13:13 小鲨鱼2018 阅读(1474) 评论(2) 推荐(0)

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