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001、-O选项， 指定输出的文件名 [root@PC1 test]# wget -O download.file https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-zq-11/SRR001/770/SRR1770413/SRR177 阅读全文
posted @ 2022-12-31 22:47
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今天测试了fastq-dump直接 根据SRA号无法下载。 只有下面一种方法测试成功。 001、 002、 003、 004、 005、 [root@PC1 test]# wget https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos5/sra-pub-z 阅读全文
posted @ 2022-12-31 22:22
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001、 [root@PC1 test]# ls SraRunInfo (2).csv [root@PC1 test]# mv SraRunInfo (2).csv new_name ## 复制文件名重命名报错 -bash: syntax error near unexpected token `( 阅读全文
posted @ 2022-12-31 21:41
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001、 [root@PC1 test]# ls ## 测试数据 SraRunInfo(1).csv SraRunInfo(2).csv SraRunInfo(3).csv SraRunInfo(4).csv SraRunInfo(5).csv SraRunInfo.csv [root@PC1 te 阅读全文
posted @ 2022-12-31 21:35
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001、 [root@PC1 test]# ls a b c d.txt x y.txt [root@PC1 test]# ll -h ## 测试数据，两个文件名中都有空格 total 8.0K -rw-r--r--. 1 root root 9 Dec 31 20:56 a b c d.txt - 阅读全文
posted @ 2022-12-31 21:29
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001、 [root@PC1 test]# ls a.txt [root@PC1 test]# cat a.txt ## 测试数据 a b c d x x k a d k k [root@PC1 test]# awk '{print gsub("k", "&")}' a.txt ## 统计每一行的k 阅读全文
posted @ 2022-12-31 21:16
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001、 [root@PC1 test]# ls [root@PC1 test]# touch test{1..12} ## 创建测试数据 [root@PC1 test]# ls test1 test10 test11 test12 test2 test3 test4 test5 test6 tes 阅读全文
posted @ 2022-12-31 20:55
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001、测试数据转换为vcf格式 [root@PC1 test]# ls test.map test.ped [root@PC1 test]# plink --file test --recode vcf-iid --out test 002、将vcf转为phylip格式文件 [root@PC1 t 阅读全文
posted @ 2022-12-31 13:13
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001、软件下载： 下载地址 [root@PC1 phylip]# wget https://evolution.gs.washington.edu/phylip/download/phylip-3.697.tar.gz [root@PC1 phylip]# ls phylip-3.697.tar. 阅读全文
posted @ 2022-12-31 12:29
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001、软件下载，github [root@PC1 phylip]# wget https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip/archive/refs/tags/v2.8.tar.gz [root@PC1 phylip]# ls v2.8.tar.gz [r 阅读全文
posted @ 2022-12-31 10:38
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001、软件下载 tassel官网 002、选择 003、上传至linux中 004、利用bash命令运行，根据提示一直选择默认或者确认 [root@PC1 tassel]# bash TASSEL_5_unix.sh 以上是安装路径。 005、进入安装的目录查看，出现如下界面说明安装成功 阅读全文
posted @ 2022-12-31 10:27
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001、选件下载： 下载地址 002、下载windows安装包 003、下载后双击打开 004、点击安装 005、点击完成 006、双击打开桌面快捷图标 007、点击此处，添加 008、输入IP、用户名、密码，然后点击保存并连接 009、登录成功 010、测试上传、下载文件，ssh协议支持 sz、r 阅读全文
posted @ 2022-12-31 09:49
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