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Genome-wide gene-environment analyses of depression and reported lifetime traumatic experiences in UK Biobank 全基因组的，基因环境分析，抑郁症和已经报道的终身创伤经历，UKBB Depres 阅读全文
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GWAS入门必看教程：Statistical analysis of genome-wide association (GWAS) data 名词解释和基本问题： 关联分析：就是AS的中文，全称是GWAS。应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态；SNP为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关 阅读全文
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协方差分析是方差分析、回归分析和协方差的结合体。 我觉得这种分析思想非常实用，尤其是对confounder云集的生物学数据。 回顾： 什么是协方差？co-vary 协方差和相关性？standardize 协方差分析最经典的一个例子就是GWAS中移除SNP中的人种因素。 If you are worr 阅读全文
只有注册用户登录后才能阅读该文。 阅读全文
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打工久了自然就会遇到瓶颈，通常在遇到挫折时才会发现瓶颈，这时你就需要好好反思一下自己了。 平时工作时你很难全面地认识自己，只有在和朋友八卦或者看一些好文时，你才能接触多方面的信息，才能有所反思。 下面是一篇好文，讲述了一些科研圈的潜规则，以及如何成为一名优秀的科研工作者。 Q（Cell Stem C 阅读全文
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scRNA-seq做完该做的QC、normalization、imputation、clustering、trajectory和integration，就会开始做转录调控的分析了。 核心就是围绕着TF转录因子做文章 预测TF的靶基因 鉴定regulon 大部分都是高通量的预测，准确性有待论证，需要很 阅读全文
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最近跑一个代码，需要用到Bazel。 Bazel 阅读全文
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参考：登上《Cell》封面的AI医疗影像诊断系统：机器之心专访UCSD张康教授 Identifying Medical Diagnoses and Treatable Diseases by Image-Based Deep Learning 2018-2-22 Cell 读《Identifying 阅读全文
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Transcranial magnetic stimulation (TMS) Effect of Transcranial Magnetic Stimulation on Free Will Transcranial Magnetic Stimulation (TMS) for Depressio 阅读全文
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参考：生信技能树 ChIP-Seq综述 一些简单的copy，纯属个人笔记。 ChIP-seq的原理 用于在全基因组范围中研究DNA结合蛋白（相互反应）、组蛋白修饰（表观遗传标记）和核小体的技术，研究这三个主题可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。 在生理状态下，把细胞内的DNA与蛋白质 阅读全文
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参考：4分钟了解围棋规则 看懂柯洁和AlphaGo的对决并不难 围棋规则： 1. 19X19的棋盘上有361个落子点； 2. 黑白棋子依次落子； 3. 比赛结束时，占地多者胜； 4. 上下左右相邻的棋子可以看作一个整体； 5. 棋子的上下左右为气； 6. 失去所有气的棋子会被移除棋盘； 进阶： 有些 阅读全文
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参考：Principles of fMRI 1 问题： 1. fMRI能做什么不能做什么？ 第一周：fMRI简介，data acquisition and reconstruction 大致分为两类： Structural brain imaging（CAT，MRI，PET） Functional 阅读全文
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一些问题： 1. 什么时候我的问题可以用GLM，什么时候我的问题不能用GLM？ 2. GLM到底能给我们带来什么好处？ 3. 如何评价GLM模型的好坏？ 广义线性回归啊，虐了我快几个月了，还是没有彻底搞懂，看paper看代码的时候总是一脸懵逼。 大部分分布都能看作是指数族分布，广义差不多是这个意思， 阅读全文
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一些基本概念： intracellular biochemical signaling pathways：胞内生化信号通路 extracellular mechanical cues： 胞外机械信号 The key mechanical machinery consists of myosin mo 阅读全文
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科幻电影的经典桥段，大多数人应该很感兴趣，那我就来科普一下，顺便也自我学习一下。 脑机接口的研究进展到什么程度了？ 待续~ 阅读全文
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做生物的想发文章怎么办？转录调控来解析（huyou）！ 最简单的情形： 1. 我在研究一个非常重要的基因A，功能已经做得差不多了，现在想深挖，第一步就是想知道哪个转录因子调控这个基因A； 2. 我发现了一个新颖的转录因子B，非常想知道这个TF到底在调控哪个基因。 研究方法不过几种： 1. RNA-s 阅读全文
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管家基因就是在细胞里稳定表达的基因，及时在胁迫状态下，表达的差异也不大。 以前做实验的时候就经常听说管家基因，因为在做RT-PCR的时候需要同时检测管家基因，这样可以用于矫正我们不同批次的结果。 List of housekeeping genes Human housekeeping genes, 阅读全文
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美国的第一个脑计划：The “Decade of the Brain” (1990-1999), an initiative involving the U.S. Library of Congress and the National Institutes of Health to enhance 阅读全文
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本文已投稿“脑人言”微信公众号，欢迎关注官方公众号，普及更多脑科学知识。 人脑，重约1400克，也许是我们世界里最复杂最精密的机器。它在功能上极具多样性，几乎承载了我们所有的智能活动（注意、学习、记忆、沟通和决策等）；但它的核心结构却比较单一，一个由神经突触联结而成的神经元网络，其中包含了百亿级神经 阅读全文
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RLE Plots: Visualising Unwanted Variation in High Dimensional Data 参考：RLE Plots: Visualising Unwanted Variation in High Dimensional Data 阅读全文