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摘要： Seurat是一个老牌的单细胞分析工具了（satija的力作），我之前测试过，但是没怎么用。 最近发现这个工具又publish在了NBT上，所以很有必要看一下这篇文章。 Integrating single-cell transcriptomic data across different cond 阅读全文

摘要： 这么多工具和基因组版本，选择困难症犯了，到底用哪个好呢？ 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory interneurons : ENSEMBL release 84 Mus musculus genome 阅读全文

摘要： 取出一个数字序列中的百分位数 1. 求某一个百分比 2. 求一系列的百分比 3. 只取数值：unname()。去掉百分符号 4. 多数值，去重复 cut函数将一列点划分到各自的区间里。 如有1000个学生的考试分数（满分100），想要按照分数评等级，如果是均匀划分（90-100，80-90，70-8 阅读全文

摘要： How TermFinder calculates P-values Readme: MGI GO Term Finder The GoTermFinder attempts to determine whether an observed level of annotation for a gro 阅读全文

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摘要： 搞了将近一年的单细胞，聚类也是自认为得心应手了，自信满满。 但是多半是跑软件，对聚类的深层次的思想不甚了了。 Google了一下clustering，看了一篇文章，突然了解到了clustering的算法之美。 不想再跑软件了，我想了解算法的思想。 The 5 Clustering Algorithm 阅读全文

摘要： 2024年07月30日 第六次上传 这次不同的情况： 数据不在Server上，在我们电脑远程连接的storage里，所以需要在Mac上操作 主要是整理数据，样品名+fq1+fq2 然后建立softlinks 最后就是准备那两个Excel表了，sample表+SRA数据表 其他：Mac的ascp命令在 阅读全文

摘要： 一般我们常用的浏览器肯定是基于可视化界面的图文结合的浏览界面效果，比如FireFox、Chrome、Opera等等，但是有些时候折腾和项目 的需要，在Linux环境中需要查看某个页面的文字字符，我们需要简单的浏览网页页面，但是也不需要特别复杂的视频、图片功能。 我们可以采用本地客户端的浏览然后再去校 阅读全文

摘要： 个人的一些碎碎念： 聚类，直觉就能想到kmeans聚类，另外还有一个hierarchical clustering，但是单细胞里面都用得不多，为什么？印象中只有一个scoring model是用kmean进行粗聚类。（10x就是先做PCA，再用kmeans聚类的） 鉴于单细胞的教程很多，也有不下于1 阅读全文

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摘要： 之前看到过高手写的一个monitor，用python面向对象实现的，依赖几个核心的python包，drmaa，zodb，理论上来说解决了所有的任务投递问题。 但是在复杂的集群环境下还是会经常出问题，这就是更复杂的调试了，需要对集群环境有深刻的认识。 这里不搞那么复杂的东西，就是在一个单一的PBS集群 阅读全文

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摘要： 记忆是智能体共有的一种能力，对人来说，感知和记忆的结合是非常紧密的，甚至我们无法将它们区分。 感知是具有输入信息的自我意识所产生的结果，就像一个刚出生的baby，他具有自我意识而不具备记忆，当他处在外界信息中，他就会本能的产生感知。 现时的感知、经验会被存储在我们的大脑当中，在未来的某个时刻，一旦我 阅读全文

摘要： 分布图 PCA图 画PCA，还是推荐scater，速度很快，一般的R包真是慢到你难以想象。 Scatterplot with marginal boxplots 在散点图的侧边画箱线图，可以在一张图上提供最多的信息。教程1，教程2. 教程 阅读全文

摘要： 先读几篇文章： Interpretation of Association Signals and Identification of Causal Variants from Genome-wide Association Studies GWAS have been successful in 阅读全文

摘要： Genome-wide gene-environment analyses of depression and reported lifetime traumatic experiences in UK Biobank 全基因组的，基因环境分析，抑郁症和已经报道的终身创伤经历，UKBB Depres 阅读全文

摘要： GWAS入门必看教程：Statistical analysis of genome-wide association (GWAS) data 名词解释和基本问题： 关联分析：就是AS的中文，全称是GWAS。应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态；SNP为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关 阅读全文

摘要： 协方差分析是方差分析、回归分析和协方差的结合体。 我觉得这种分析思想非常实用，尤其是对confounder云集的生物学数据。 回顾： 什么是协方差？co-vary 协方差和相关性？standardize 协方差分析最经典的一个例子就是GWAS中移除SNP中的人种因素。 If you are worr 阅读全文

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摘要： 打工久了自然就会遇到瓶颈，通常在遇到挫折时才会发现瓶颈，这时你就需要好好反思一下自己了。 平时工作时你很难全面地认识自己，只有在和朋友八卦或者看一些好文时，你才能接触多方面的信息，才能有所反思。 下面是一篇好文，讲述了一些科研圈的潜规则，以及如何成为一名优秀的科研工作者。 Q（Cell Stem C 阅读全文