Life·Intelligence

2018年4月9日

摘要：参考： https://blog.csdn.net/xianlingmao/article/details/7340099 wiki 理解了贝叶斯之后，再理解这些概念就轻松很多，原文如下。在贝叶斯统计中，如果后验分布与先验分布属于同类，则先验分布与后验分布被称为共轭分布，而先验分布被称为似然函数的阅读全文

posted @ 2018-04-09 18:42 Life·Intelligence 阅读(1693) 评论(0) 推荐(0)

神奇的伽玛函数(上) | 数学之美

摘要：神奇的伽玛函数(上) - 火光摇曳看一个NB GLM模型，死活看不懂里面的一个符号，后来发现是伽马函数，二项分布函数居然能写成伽马函数形式，看了上文才发现伽马函数是阶乘在实数域的推广，俺确实是感受到了数学之美。顺便wiki了一下欧拉，确实被此人震撼了，上天选中的天才。看完之后使命感爆棚，不想再做阅读全文

posted @ 2018-04-09 17:43 Life·Intelligence 阅读(1942) 评论(0) 推荐(0)

概率分布之间的推导关系 | Univariate Distribution Relationships

摘要： Univariate Distribution Relationships APPL: A Probability Programming Language Maplesoft - Software for Mathematics, Online Learning, Engineering 也有国内阅读全文

posted @ 2018-04-09 16:13 Life·Intelligence 阅读(1925) 评论(0) 推荐(0)

breakthroughs in statistics | 统计学历史

摘要：《breakthroughs in statistics》- 这本书理解透了，统计方面应该可以封神了。亚马逊上有卖，貌似还有好几卷。 Breakthroughs in Statistics: Vol 3 (Springer Series in Statistics) 阅读全文

posted @ 2018-04-09 15:49 Life·Intelligence 阅读(515) 评论(0) 推荐(0)

2018年4月8日

线性代数 | Linear Algebra

摘要：网上说《线性代数应该这样学》非常不错，再配合大学教材，把线性代数的基本知识点过一遍。线性代数 - 知乎最近在跟一个教程：李宏毅的线性代数基本知识： Rn :We denote the set of all vectors with n entries by Rn . We use Mmxn t 阅读全文

posted @ 2018-04-08 11:45 Life·Intelligence 阅读(1617) 评论(0) 推荐(0)

图片特征提取 | 图像识别

摘要： HOG特征 HOG特征是特别适合于做图像中的人体检测的。看一看原版英文论文：Histograms of Oriented Gradients for Human Detection （引用数2w）YouTube上有作者自己的讲解参见：目标检测的图像特征提取之（一）HOG特征阅读全文

posted @ 2018-04-08 00:29 Life·Intelligence 阅读(1652) 评论(0) 推荐(0)

2018年4月7日

如何理解机器学习/统计学中的各种范数norm | L1 | L2 | 使用哪种regularization方法？

摘要：参考： L1 Norm Regularization and Sparsity Explained for Dummies 专为小白解释的文章，文笔十分之幽默减少feature的数量可以防止over fitting，尤其是在特征比样本数多得多的情况下。 L1就二维而言是一个四边形（L1 norm 阅读全文

posted @ 2018-04-07 19:02 Life·Intelligence 阅读(2895) 评论(0) 推荐(0)

技能树 | 附学习资料

只有注册用户登录后才能阅读该文。阅读全文

posted @ 2018-04-07 16:13 Life·Intelligence 阅读(96) 评论(0) 推荐(2)

单细胞数据初步处理 | drop-seq | QC | 质控 | 正则化 normalization

摘要：比对 The raw Drop-seq data was processed with the standard pipeline (Drop-seq tools version 1.12 from McCarroll laboratory). Reads were aligned to the E 阅读全文

posted @ 2018-04-07 14:27 Life·Intelligence 阅读(5071) 评论(0) 推荐(0)

Lasso linear model实例 | Proliferation index | 评估单细胞的增殖指数

摘要：背景：We developed a cell-cycle scoring approach that uses expression data to compute an index for every cell that scores the cell according to its expre 阅读全文

posted @ 2018-04-07 14:27 Life·Intelligence 阅读(1172) 评论(0) 推荐(0)

决策论 | 信息论 | decision theory | information theory

摘要：参考：模式识别与机器学习（一）：概率论、决策论、信息论 Decision Theory - Principles and Approaches 英文图书 What are the best beginners books about decision theory? - Quora Statist 阅读全文

posted @ 2018-04-07 00:25 Life·Intelligence 阅读(519) 评论(0) 推荐(0)

2018年4月5日

再谈Lasso回归 | elastic net | Ridge Regression

摘要：前文：Lasso linear model实例 | Proliferation index | 评估单细胞的增殖指数参考：LASSO回歸在生物醫學資料中的簡單實例 - 生信技能树 Linear least squares, Lasso,ridge regression有何本质区别？你应该掌握的七阅读全文

posted @ 2018-04-05 21:17 Life·Intelligence 阅读(2574) 评论(0) 推荐(0)

机器学习 | 深度学习 | 人工智能的数学基础

摘要： AI现在随便一个人都能忽悠两句，网上甚至有三条python语句的傻瓜神经网络应用工具，似乎人人都能成为AI“砖家”。 AI入门还是比较简单的，尤其是现在python盛行，随便谁一天之内都能写出不错的AI程序。但是AI的精通其实是非常难的，大部分玩的都是别人准备好的训练数据，根本就不知道怎么处理真实阅读全文

posted @ 2018-04-05 16:47 Life·Intelligence 阅读(3743) 评论(0) 推荐(0)

摘要： 2022年12月30日无意间看到了一个讲得非常好的贝叶斯的视频，直接从简单案例到本质的拓展。数学、统计之所以难就难在抽象，抽象是反直觉的，所以如果能采用这个视频的形式，从简单案例的直觉，拓展到抽象，最后能灵活应用，那就是达标了。 Bayes theorem, the geometry of ch 阅读全文

posted @ 2018-04-05 11:33 Life·Intelligence 阅读(5880) 评论(0) 推荐(0)

摘要： Chi-square distribution introduction 这个视频真的好，完美地解释了卡方统计量是怎么来的！我们有一个标准正态分布的总体，我们从其中抽一次，取该值的平方就是Q1统计量；抽两次，取两次值得平方和，就是Q2统计量；以此类推。。。这就是自由度逐渐增加的卡方分布。卡方分阅读全文

posted @ 2018-04-05 11:13 Life·Intelligence 阅读(3541) 评论(0) 推荐(0)

2018年3月28日

R最速文件读写 | 用R的dgCMatrix包来构建稀疏矩阵 | sparse matrix by dgCMatrix

摘要：累了，写了一个多合一的读取函数，非常适合单细胞数据。 # quickly read large txt file to data.frame, matrix, or dgCMatrix fast.read.txt <- function(fileName, sep=",", format="data 阅读全文

posted @ 2018-03-28 17:16 Life·Intelligence 阅读(12206) 评论(0) 推荐(1)

GRCh38基因组和注释文件探究

摘要： ensembl/release91: 58302个ENSG id 56655个gene name（为什么有将近两千个是重复） 46种类型： GENCODE的注释gtf文件： ensembl 问题： 1. 为什么用gencode的注释文件做表达定量会出问题？ 2. 不同的release之间有什么区别？阅读全文

posted @ 2018-03-28 16:05 Life·Intelligence 阅读(6686) 评论(0) 推荐(0)

2018年3月27日

基因/转录本/任意特征表达定量工具之featureCounts使用方法 | 参数详解

摘要： featureCounts真的很厉害。常见的参数（没什么好说的，毕竟是固定的）：关键是以下几个参数怎么设置： 1. 什么时候需要在feature级别计数？ 2. 是否要计多重比对？ 3. 是否该只用最优比对？ When --primary is specified, the -M option 阅读全文

posted @ 2018-03-27 17:49 Life·Intelligence 阅读(14522) 评论(0) 推荐(0)

Bash Shell 注释多行的几种方法（转）

摘要：很实用的小技巧。我们shell脚本写好了，但是想一行一行测试，怎么办。笨方法：每行前面加一个 #，有时候我们原脚本里面本来就有注释，所以想再恢复的时候就麻烦了。 Bash Shell 注释多行的几种方法阅读全文

posted @ 2018-03-27 16:06 Life·Intelligence 阅读(1654) 评论(0) 推荐(0)

lncRNA定量分析流程 | Smart-seq单细胞数据挖掘

摘要：一直没时间碰这部分的内容，一是不擅长，二是不想摊子铺得太大。现在是快要毕业了，主要的分析数据也发了，这部分如果再不做，马上别人拿到数据就可以分析了。还有就是要清理集群，内存不够了，主要的分析做完了就可以给数据存档了。最近看了一篇NC的lncRNA的分析文章，非常的有新意，当然也是结合了疾病模型阅读全文

posted @ 2018-03-27 15:42 Life·Intelligence 阅读(2107) 评论(0) 推荐(0)

Digital-LI